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- EMDB-50201: Human condensin II - M18BP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50201
タイトルHuman condensin II - M18BP1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit D3
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit H2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit G2
キーワードChromosome organisation complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20me1 reader activity / female meiosis chromosome separation / positive regulation of chromosome condensation / positive regulation of chromosome separation / meiotic chromosome condensation / positive regulation of chromosome segregation / condensin complex / kinetochore organization / bHLH transcription factor binding / meiotic chromosome segregation ...histone H4K20me1 reader activity / female meiosis chromosome separation / positive regulation of chromosome condensation / positive regulation of chromosome separation / meiotic chromosome condensation / positive regulation of chromosome segregation / condensin complex / kinetochore organization / bHLH transcription factor binding / meiotic chromosome segregation / mitotic sister chromatid separation / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / chromosome condensation / inner cell mass cell proliferation / nuclear chromosome / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / pericentric heterochromatin / intercellular bridge / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / condensed chromosome / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Condensation of Prophase Chromosomes / erythrocyte differentiation / condensed nuclear chromosome / cell chemotaxis / cell junction / single-stranded DNA binding / T cell differentiation in thymus / outer membrane-bounded periplasmic space / histone binding / transcription by RNA polymerase II / periplasmic space / nuclear speck / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensin II complex subunit H2, N-terminal / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit G2 / Condensin II complex subunit H2, middle domain / Condensin-2 complex subunit H2, C-terminal / Condensin-2 complex subunit H2 / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, N-terminal / Condensin II non structural maintenance of chromosomes subunit / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, C-terminal wHTH domain / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, mid domain ...Condensin II complex subunit H2, N-terminal / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit G2 / Condensin II complex subunit H2, middle domain / Condensin-2 complex subunit H2, C-terminal / Condensin-2 complex subunit H2 / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, N-terminal / Condensin II non structural maintenance of chromosomes subunit / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, C-terminal wHTH domain / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, mid domain / SANT associated / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / SANT/Myb domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Homeobox-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit H2 / Mis18-binding protein 1 / Condensin-2 complex subunit G2 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Borsellini A / Vannini A
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Condensin II activation by M18BP1
著者: Borsellini A / Conti D / Cutts E / Harris RJ / Walstein K / Graziadei A / Cecatiello V / Aarts TF / Xie R / Mazouzi A / Sen S / Hoencamp C / Pleuger R / Ghetti S / Oberste-Lehn L / Pan D / ...著者: Borsellini A / Conti D / Cutts E / Harris RJ / Walstein K / Graziadei A / Cecatiello V / Aarts TF / Xie R / Mazouzi A / Sen S / Hoencamp C / Pleuger R / Ghetti S / Oberste-Lehn L / Pan D / Bange T / Haarhuis JHI / Perrakis A / Brummelkamp TR / Rowland BD / Musacchio A / Vannini A
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50201.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 384. Å		2.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 384. Å		2.4 Å/pix.
x 160 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0248
最小 - 最大-0.032785103 - 0.124920234
平均 (標準偏差)0.0007828406 (±0.004783455)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50201_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50201_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment

全体名称: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment
要素
  • 複合体: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit D3
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit H2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Condensin-2 complex subunit G2

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超分子 #1: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment

超分子名称: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein 2

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135.872141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHIKSIILEG FKSYAQRTEV NGFDPLFNAI TGLNGSGKSN ILDSICFLLG ISNLSQVRAS NLQDLVYKNG QAGITKASVS ITFDNSDKK QSPLGFEVHD EITVTRQVVI GGRNKYLING VNANNTRVQD LFCSVGLNVN NPHFLIMQGR ITKVLNMKPP E ILSMIEEA ...文字列:
MHIKSIILEG FKSYAQRTEV NGFDPLFNAI TGLNGSGKSN ILDSICFLLG ISNLSQVRAS NLQDLVYKNG QAGITKASVS ITFDNSDKK QSPLGFEVHD EITVTRQVVI GGRNKYLING VNANNTRVQD LFCSVGLNVN NPHFLIMQGR ITKVLNMKPP E ILSMIEEA AGTRMYEYKK IAAQKTIEKK EAKLKEIKTI LEEEITPTIQ KLKEERSSYL EYQKVMREIE HLSRLYIAYQ FL LAEDTKV RSAEELKEMQ DKVIKLQEEL SENDKKIKAL NHEIEELEKR KDKETGGILR SLEDALAEAQ RVNTKSQSAF DLK KKNLAC EESKRKELEK NMVEDSKTLA AKEKEVKKIT DGLHALQEAS NKDAEALAAA QQHFNAVSAG LSSNEDGAEA TLAG QMMAC KNDISKAQTE AKQAQMKLKH AQQELKNKQA EVKKMDSGYR KDQEALEAVK RLKEKLEAEM KKLNYEENKE ESLLE KRRQ LSRDIGRLKE TYEALLARFP NLRFAYKDPE KNWNRNCVKG LVASLISVKD TSATTALELV AGERLYNVVV DTEVTG KKL LERGELKRRY TIIPLNKISA RCIAPETLRV AQNLVGPDNV HVALSLVEYK PELQKAMEFV FGTTFVCDNM DNAKKVA FD KRIMTRTVTL GGDVFDPHGT LSGGARSQAA SILTKFQELK DVQDELRIKE NELRALEEEL AGLKNTAEKY RQLKQQWE M KTEEADLLQT KLQQSSYHKQ QEELDALKKT IEESEETLKN TKEIQRKAEE KYEVLENKMK NAEAEREREL KDAQKKLDC AKTKADASSK KMKEKQQEVE AITLELEELK REHTSYKQQL EAVNEAIKSY ESQIEVMAAE VAKNKESVNK AQEEVTKQKE VITAQDTVI KAKYAEVAKH KEQNNDSQLK IKELDHNISK HKREAEDGAA KVSKMLKDYD WINAERHLFG QPNSAYDFKT N NPKEAGQR LQKLQEMKEK LGRNVNMRAM NVLTEAEERY NDLMKKKRIV ENDKSKILTT IEDLDQKKNQ ALNIAWQKVN KD FGSIFST LLPGANAMLA PPEGQTVLDG LEFKVALGNT WKENLTELSG GQRSLVALSL ILSMLLFKPA PIYILDEVDA ALD LSHTQN IGQMLRTHFT HSQFIVVSLK EGMFNNANVL FKTKFVDGVS TVARFTQCQN GKISKEAKSK AKPPKGAHVE V

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 2

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分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein 4

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.551078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHHHHH LEVLFQGPPR KGTQPSTARR REEGPPPPSP DGASSDAEPE PPSGRTESPA TAAETASEEL DNRSLEEILN SIPPPPPPA MTNEAGAPRL MITHIVNQNF KSYAGEKILG PFHKRFSCII GPNGSGKSNV IDSMLFVFGY RAQKIRSKKL S VLIHNSDE ...文字列:
HHHHHHHHHH LEVLFQGPPR KGTQPSTARR REEGPPPPSP DGASSDAEPE PPSGRTESPA TAAETASEEL DNRSLEEILN SIPPPPPPA MTNEAGAPRL MITHIVNQNF KSYAGEKILG PFHKRFSCII GPNGSGKSNV IDSMLFVFGY RAQKIRSKKL S VLIHNSDE HKDIQSCTVE VHFQKIIDKE GDDYEVIPNS NFYVSRTACR DNTSVYHISG KKKTFKDVGN LLRSHGIDLD HN RFLILQG EVEQIAMMKP KGQTEHDEGM LEYLEDIIGC GRLNEPIKVL CRRVEILNEH RGEKLNRVKM VEKEKDALEG EKN IAIEFL TLENEIFRKK NHVCQYYIYE LQKRIAEMET QKEKIHEDTK EINEKSNILS NEMKAKNKDV KDTEKKLNKI TKFI EENKE KFTQLDLEDV QVREKLKHAT SKAKKLEKQL QKDKEKVEEF KSIPAKSNNI INETTTRNNA LEKEKEKEEK KLKEV MDSL KQETQGLQKE KESREKELMG FSKSVNEARS KMDVAQSELD IYLSRHNTAV SQLTKAKEAL IAASETLKER KAAIRD IEG KLPQTEQELK EKEKELQKLT QEETNFKSLV HDLFQKVEEA KSSLAMNRSR GKVLDAIIQE KKSGRIPGIY GRLGDLG AI DEKYDVAISS CCHALDYIVV DSIDIAQECV NFLKRQNIGV ATFIGLDKMA VWAKKMTEIQ TPENTPRLFD LVKVKDEK I RQAFYFALRD TLVADNLDQA TRVAYQKDRR WRVVTLQGQI IEQSGTMTGG GSKVMKGRMG SSLVIEISEE EVNKMESQL QNDSKKAMQI QEQKVQLEER VVKLRHSERE MRNTLEKFTA SIQRLIEQEE YLNVQVKELE ANVLATAPDK KKQKLLEENV SAFKTEYDA VAEKAGKVEA EVKRLHNTIV EINNHKLKAQ QDKLDKINKQ LDECASAITK AQVAIKTADR NLQKAQDSVL R TEKEIKDT EKEVDDLTAE LKSLEDKAAE VVKNTNAAEE SLPEIQKEHR NLLQELKVIQ ENEHALQKDA LSIKLKLEQI DG HIAEHNS KIKYWHKEIS KISLHPIEDN PIEEISVLSP EDLEAIKNPD SITNQIALLE ARCHEMKPNL GAIAEYKKKE ELY LQRVAE LDKITYERDS FRQAYEDLRK QRLNEFMAGF YIITNKLKEN YQMLTLGGDA ELELVDSLDP FSEGIMFSVR PPKK SWKKI FNLSGGEKTL SSLALVFALH HYKPTPLYFM DEIDAALDFK NVSIVAFYIY EQTKNAQFII ISLRNNMFEI SDRLI GIYK TYNITKSVAV NPKEIASKGL C

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 4

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分子 #3: Condensin-2 complex subunit D3

分子名称: Condensin-2 complex subunit D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 169.109938 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVALRGLGSG LQPWCPLDLR LEWVDTVWEL DFTETEPLDP SIEAEIIETG LAAFTKLYES LLPFATGEHG SMESIWTFFI ENNVSHSTL VALFYHFVQI VHKKNVSVQY REYGLHAAGL YFLLLEVPGS VANQVFHPVM FDKCIQTLKK SWPQESNLNR K RKKEQPKS ...文字列:
MVALRGLGSG LQPWCPLDLR LEWVDTVWEL DFTETEPLDP SIEAEIIETG LAAFTKLYES LLPFATGEHG SMESIWTFFI ENNVSHSTL VALFYHFVQI VHKKNVSVQY REYGLHAAGL YFLLLEVPGS VANQVFHPVM FDKCIQTLKK SWPQESNLNR K RKKEQPKS SQANPGRHRK RGKPPRREDI EMDEIIEEQE DENICFSARD LSQIRNAIFH LLKNFLRLLP KFSLKEKPQC VQ NCIEVFV SLTNFEPVLH ECHVTQARAL NQAKYIPELA YYGLYLLCSP IHGEGDKVIS CVFHQMLSVI LMLEVGEGSH RAP LAVTSQ VINCRNQAVQ FISALVDELK ESIFPVVRIL LQHICAKVVD KSEYRTFAAQ SLVQLLSKLP CGEYAMFIAW LYKY SRSSK IPHRVFTLDV VLALLELPER EVDNTLSLEH QKFLKHKFLV QEIMFDRCLD KAPTVRSKAL SSFAHCLELT VTSAS ESIL ELLINSPTFS VIESHPGTLL RNSSAFSYQR QTSNRSEPSG EINIDSSGET VGSGERCVMA MLRRRIRDEK TNVRKS ALQ VLVSILKHCD VSGMKEDLWI LQDQCRDPAV SVRKQALQSL TELLMAQPRC VQIQKAWLRG VVPVVMDCES TVQEKAL EF LDQLLLQNIR HHSHFHSGDD SQVLAWALLT LLTTESQELS RYLNKAFHIW SKKEKFSPTF INNVISHTGT EHSAPAWM L LSKIAGSSPR LDYSRIIQSW EKISSQQNPN SNTLGHILCV IGHIAKHLPK STRDKVTDAV KCKLNGFQWS LEVISSAVD ALQRLCRASA ETPAEEQELL TQVCGDVLST CEHRLSNIVL KENGTGNMDE DLLVKYIFTL GDIAQLCPAR VEKRIFLLIQ SVLASSADA DHSPSSQGSS EAPASQPPPQ VRGSVMPSVI RAHAIITLGK LCLQHEDLAK KSIPALVREL EVCEDVAVRN N VIIVMCDL CIRYTIMVDK YIPNISMCLK DSDPFIRKQT LILLTNLLQE EFVKWKGSLF FRFVSTLIDS HPDIASFGEF CL AHLLLKR NPVMFFQHFI ECIFHFNNYE KHEKYNKFPQ SEREKRLFSL KGKSNKERRM KIYKFLLEHF TDEQRFNITS KIC LSILAC FADGILPLDL DASELLSDTF EVLSSKEIKL LAMRSKPDKD LLMEEDDMAL ANVVMQEAQK KLISQVQKRN FIEN IIPII ISLKTVLEKN KIPALRELMH YLREVMQDYR DELKDFFAVD KQLASELEYD MKKYQEQLVQ EQELAKHADV AGTAG GAEV APVAQVALCL ETVPVPAGQE NPAMSPAVSQ PCTPRASAGH VAVSSPTPET GPLQRLLPKA RPMSLSTIAI LNSVKK AVE SKSRHRSRSL GVLPFTLNSG SPEKTCSQVS SYSLEQESNG EIEHVTKRAI STPEKSISDV TFGAGVSYIG TPRTPSS AK EKIEGRSQGN DILCLSLPDK PPPQPQQWNV RSPARNKDTP ACSRRSLRKT PLKTAN

UniProtKB: Condensin-2 complex subunit D3

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分子 #4: Condensin-2 complex subunit H2

分子名称: Condensin-2 complex subunit H2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.040391 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEDVEARFAH LLQPIRDLTK NWEVDVAAQL GEYLEELDQI CISFDEGKTT MNFIEAALLI QGSACVYSKK VEYLYSLVYQ ALDFISGKR RAKQLSSVQE DRANGVASSG VPQEAENEFL SLDDFPDSRT NVDLKNDQTP SEVLIIPLLP MALVAPDEME K NNNPLYSR ...文字列:
MEDVEARFAH LLQPIRDLTK NWEVDVAAQL GEYLEELDQI CISFDEGKTT MNFIEAALLI QGSACVYSKK VEYLYSLVYQ ALDFISGKR RAKQLSSVQE DRANGVASSG VPQEAENEFL SLDDFPDSRT NVDLKNDQTP SEVLIIPLLP MALVAPDEME K NNNPLYSR QGEVLASRKD FRMNTCVPHP RGAFMLEPEG MSPMEPAGVS PMPGTQKDTG RTEEQPMEVS VCRSPVPALG FS QEPGPSP EGPMPLGGGE DEDAEEAVEL PEASAPKAAL EPKESRSPQQ SAALPRRYML REREGAPEPA SCVKETPDPW QSL DPFDSL ESKPFKKGRP YSVPPCVEEA LGQKRKRKGA AKLQDFHQWY LAAYADHADS RRLRRKGPSF ADMEVLYWTH VKEQ LETLR KLQRREVAEQ WLRPAEEDHL EDSLEDLGAA DDFLEPEEYM EPEGADPREA ADLDAVPMSL SYEELVRRNV ELFIA TSQK FVQETELSQR IRDWEDTVQP LLQEQEQHVP FDIHTYGDQL VSRFPQLNEW CPFAELVAGQ PAFEVCRSML ASLQLA NDY TVEITQQPGL EMAVDTMSLR LLTHQRAHKR FQTYAAPSMA QPENLYFQSW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEK

UniProtKB: Condensin-2 complex subunit H2

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分子 #5: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding pr...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.917172 KDa
組換発現生物種: Rosetta (植物)
配列文字列: MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG ...文字列:
MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DTDYSIAEAA FNKGETAMTI NGPWAWSNID TS KVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYEEELAKDP RIA ATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTRITKGSEN LYFQGSGLIQ DKEWNEKELQ KLHC AFASL PKHKPGFWSE VAAAVGSRSP EECQRKYMEN PRGKGSQKHV TKKKPANSKG QNGKRGDADQ KQTIKITAKV GTLKR KQQM REFLEQLPKD DHDDFFSTTP LQHQRILLPS FQDSEDDDDI LPNMDKNPTT PSSVIFPLVK TPQCQHVSPG MLGSIN RND CDKYVFRMQK YHKSNGGIVW GNIKKKLVET DFSTPTPRRK TPFNTDLGEN SGIGKLFTNA VESLDEEEKD YYFSNSD SA LEHHHHHHHH

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Mis18-binding protein 1

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分子 #6: Condensin-2 complex subunit G2

分子名称: Condensin-2 complex subunit G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 131.135969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEKRETFVQA VSKELVGEFL QFVQLDKEAS DPFSLNELLD ELSRKQKEEL WQRLKNLLTD VLLESPVDGW QVVEAQGEDN METEHGSKM RKSIEIIYAI TSVILASVSV INESENYEAL LECVIILNGI LYALPESERK LQSSIQDLCV TWWEKGLPAK E DTGKTAFV ...文字列:
MEKRETFVQA VSKELVGEFL QFVQLDKEAS DPFSLNELLD ELSRKQKEEL WQRLKNLLTD VLLESPVDGW QVVEAQGEDN METEHGSKM RKSIEIIYAI TSVILASVSV INESENYEAL LECVIILNGI LYALPESERK LQSSIQDLCV TWWEKGLPAK E DTGKTAFV MLLRRSLETK TGADVCRLWR IHQALYCFDY DLEESGEIKD MLLECFININ YIKKEEGRRF LSCLFNWNIN FI KMIHGTI KNQLQGLQKS LMVYIAEIYF RAWKKASGKI LEAIENDCIQ DFMFHGIHLP RRSPVHSKVR EVLSYFHHQK KVR QGVEEM LYRLYKPILW RGLKARNSEV RSNAALLFVE AFPIRDPNLH AIEMDSEIQK QFEELYSLLE DPYPMVRSTG ILGV CKITS KYWEMMPPTI LIDLLKKVTG ELAFDTSSAD VRCSVFKCLP MILDNKLSHP LLEQLLPALR YSLHDNSEKV RVAFV DMLL KIKAVRAAKF WKICPMEHIL VRLETDSRPV SRRLVSLIFN SFLPVNQPEE VWCERCVTLV QMNHAAARRF YQYAHE HTA CTNIAKLIHV IRHCLNACIQ RAVREPPEDE EEEDGREKEN VTVLDKTLSV NDVACMAGLL EIIVILWKSI DRSMENN KE AKLYTINKFA SVLPEYLKVF KDDRCKIPLF MLMSFMPASA VPPFSCGVIS TLRSREEGAV DKSYCTLLDC LCSWGQVG H ILELVDNWLP TEHAQAKSNT ASKGRVQIHD TRPVKPELAL VYIEYLLTHP KNRECLLSAP RKKLNHLLKA LETSKADLE SLLQTPGGKP RGFSEAAAPR AFGLHCRLSI HLQHKFCSEG KVYLSMLEDT GFWLESKILS FIQDQEEDYL KLHRVIYQQI IQTYLTVCK DVVMVGLGDH QFQMQLLQRS LGIMQTVKGF FYVSLLLDIL KEITGSSLIQ KTDSDEEVAM LLDTVQKVFQ K MLECIARS FRKQPEEGLR LLYSVQRPLH EFITAVQSRH TDTPVHRGVL STLIAGPVVE ISHQLRKVSD VEELTPPEHL SD LPPFSRC LIGIIIKSSN VVRSFLDELK ACVASNDIEG IVCLTAAVHI ILVINAGKHK SSKVREVAAT VHRKLKTFME ITL EEDSIE RFLYESSSRT LGELLNS

UniProtKB: Condensin-2 complex subunit G2

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTRIS
150.0 mMNaCl
5.0 mMMgCl2
1.0 mMDTT
0.03 %Octyl beta-D-glucopyranoside
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: 3D initial model generated in RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 24490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9f5w:
Human condensin II - M18BP1 complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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