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- EMDB-50173: Trypanosoma brucei nuclear cap-binding complex (CBC) bound to cap0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50173
タイトルTrypanosoma brucei nuclear cap-binding complex (CBC) bound to cap0
マップデータ
試料
  • 複合体: Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap binding complex subunit CBP110
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap binding complex subunit CBP30
  • リガンド: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
キーワードnuclear cap binding complex / CBC / cap0 / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / RNA cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / mRNA splicing, via spliceosome / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear cap-binding complex subunit CBP110 / Nuclear cap-binding complex subunit CBP30 / Nuclear cap binding complex subunit CBP30 / Nuclear cap binding complex subunit CBP110 / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Nuclear cap-binding complex subunit CBP110 / Nuclear cap-binding complex subunit CBP30 / Nuclear cap binding complex subunit CBP30 / Nuclear cap binding complex subunit CBP110 / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear cap binding complex subunit CBP30 / Nuclear cap binding complex subunit CBP110 / Nuclear cap-binding protein subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bernhard H / Dolce LG / Kowalinski E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0016 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of Spliced Leader RNA recognition by the Trypanosoma brucei cap-binding complex.
著者: Harald Bernhard / Hana Petržílková / Barbora Popelářová / Kamil Ziemkiewicz / Karolina Bartosik / Marcin Warmiński / Laura Tengo / Henri Gröger / Luciano G Dolce / Cameron D Mackereth ...著者: Harald Bernhard / Hana Petržílková / Barbora Popelářová / Kamil Ziemkiewicz / Karolina Bartosik / Marcin Warmiński / Laura Tengo / Henri Gröger / Luciano G Dolce / Cameron D Mackereth / Ronald Micura / Jacek Jemielity / Eva Kowalinski /
要旨: Kinetoplastids are a clade of eukaryotic protozoans that include human parasitic pathogens like trypanosomes and Leishmania species. In these organisms, protein-coding genes are transcribed as ...Kinetoplastids are a clade of eukaryotic protozoans that include human parasitic pathogens like trypanosomes and Leishmania species. In these organisms, protein-coding genes are transcribed as polycistronic pre-mRNAs, which need to be processed by the coupled action of trans-splicing and polyadenylation to yield monogenic mature mRNAs. During trans-splicing, a universal RNA sequence, the spliced leader RNA (SL RNA) mini-exon, is added to the 5'-end of each mRNA. The 5'-end of this mini-exon carries a hypermethylated cap structure and is bound by a trypanosomatid-specific cap-binding complex (CBC). The function of three of the kinetoplastid CBC subunits is unknown, but an essential role in cap-binding and trans-splicing has been suggested. Here, we report cryo-EM structures that reveal the molecular architecture of the Trypanosoma brucei CBC (TbCBC) complex. We find that TbCBC interacts with two distinct features of the SL RNA. The TbCBP20 subunit interacts with the mG cap while TbCBP66 recognizes double-stranded portions of the SL RNA. Our findings pave the way for future research on mRNA maturation in kinetoplastids. Moreover, the observed structural similarities and differences between TbCBC and the mammalian cap-binding complex will be crucial for considering the potential of TbCBC as a target for anti-trypanosomatid drug development.
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50173.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 284.445 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 284.445 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8127 Å
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表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.027627308 - 0.067383744
平均 (標準偏差)-0.000005646636 (±0.0013209092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 284.44498 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened cryo-EM map

ファイルemd_50173_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened cryo-EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50173_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50173_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP

全体名称: Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP
要素
  • 複合体: Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap binding complex subunit CBP110
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap binding complex subunit CBP30
  • リガンド: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP

超分子名称: Trypanosoma brucei nuclear cap binding complex (CBC) bound to m7GMP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
細胞中の位置: Nucleus

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分子 #1: Nuclear cap binding complex subunit CBP110

分子名称: Nuclear cap binding complex subunit CBP110 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 112.342773 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHHHPP SGADPMYAMP GNSGDLQCDD GKKRHIPPLS LLLSGYGSSE GRELDTSYTP KQWLWFLYVT SWARPFFTYA SSGGASEAT EGSSDNRSGS AYWGRLSFDE LLKLSGSPIP PAMVSLWMGL CMPTDDVVQE LRIMTEGKAE GRQRIYPFLP R VAESTFGR ...文字列:
HHHHHHHHPP SGADPMYAMP GNSGDLQCDD GKKRHIPPLS LLLSGYGSSE GRELDTSYTP KQWLWFLYVT SWARPFFTYA SSGGASEAT EGSSDNRSGS AYWGRLSFDE LLKLSGSPIP PAMVSLWMGL CMPTDDVVQE LRIMTEGKAE GRQRIYPFLP R VAESTFGR ALRSLAVRQH ISSWMPSHAG DVCAALDVLV RDTLEVIQNS ADVRKTARVR CEERDASGEE ALEGAFRSML SA STTAPKV VEATTYRPLF DVKASIPEGG TAQVLIRVAN AARLFAALSV EAFGRVKSEC AVLLLAHINQ RDAPEHVDAR AYG VVTGVV EYAMAYRYCR DDGTGRCPLT CAALLLHRLV ELQGIVEKDT AAGDRCMGMA VSASRFANMT VACIQELLFC VVAG DTVRW HREHQPDGVS VCPTAARTLT LHETDCLLQV FIPALLQQVG FEWPWSESLR HAKMLDRART QHIVMEDGVR LDSRS VFEE LLVSVARRTY GLRLRAILPQ SFDVIAENIF VSIHDVPNEG KSSGGNPEKV ADNSSSRFAL PLYYRTAGEV LLEYFD RCG PSGITAEETE RVLRRATDVQ PMVVQLQALG GDTNGGITDC VSYCGELSRT VYFSAREKER LLQRYRCEVL LASLVVY TQ LRTVSVVQQL TRQLAPLFEQ LLLPLAHERT LSRCPVIASR KGDGVDDNGT PLVDLTPEFK MLVDEIHYEF YPLEWVPE A VDAHIRQECG VREKEGAPYH EGGNGPPCFA QYSLFAAIAH QFGLVLEGNP RGFRGGDGSS SEVRTKAYRF FTLMLLNNL GDAVSSSCEL DGAAALAATR RVKDCQDGSE NCKQRQAAVR QRGGASFHSV VSACDVVVTM TQCLLPAHLS SHPRMATTGS MSNEWMRRV GEWTRSAYSK YTAYQQQVHG LDLPVPLISL YNSLTFDSVP LARETIRAVR SRLLEKMSVV TASPPGDVET A GKQLLEQH LSSLTVTLTA VGLLPLCVRG GSHVPCATQL LWASPFFSHE LLHCGRYEVS V

UniProtKB: Nuclear cap binding complex subunit CBP110

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分子 #2: Nuclear cap-binding protein subunit 2

分子名称: Nuclear cap-binding protein subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 21.292068 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAEYLIDLTP RMAYVDRHEL LRSLLTEKEF IERRQEQLNK STTVYVGNLS FYTTEDQIWE HFSRCGHIRD LVMGLSEVTR TPCGFCFVV FESQDGAMSA VIDLHGTLLD DRVITVSWDV GCDHTRRWGR GAHGGQVVDG VRQNLDSARG GLGVLRREEL G VGAAVAED QLVHYTWIPP RRVEKRGRS

UniProtKB: Nuclear cap-binding protein subunit 2

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分子 #3: Nuclear cap binding complex subunit CBP30

分子名称: Nuclear cap binding complex subunit CBP30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 30.235732 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRRGSGFVHL NTPAAISYSP GQQVSLSDLR QKRRREECVV LPPIMTVWRS AFSQYTKMWG LTKFAGDIEA EREGEGPILP PIREETVVK STTHSFKGKS TTVAAAVATP PGEKGIEIVS HHKLCGKQRF VYPDHDGVLS SGIVPKVVIS KEEEEEMEAN K KYYISPQE ...文字列:
MRRGSGFVHL NTPAAISYSP GQQVSLSDLR QKRRREECVV LPPIMTVWRS AFSQYTKMWG LTKFAGDIEA EREGEGPILP PIREETVVK STTHSFKGKS TTVAAAVATP PGEKGIEIVS HHKLCGKQRF VYPDHDGVLS SGIVPKVVIS KEEEEEMEAN K KYYISPQE MTEEERNAFE ELDAMWKSYA RGRSEQGARH RAFAGTVTPG DAMTEVEEET GNNRGNARRR LESHTPRQHP QE SAAEGNS VAHNTEEALD DALRLIDELL EFN

UniProtKB: Nuclear cap binding complex subunit CBP30

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分子 #4: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 7MG
分子量理論値: 379.263 Da
Chemical component information

ChemComp-7MG:
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / m7GMP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251312
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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