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万見
- EMDB-50115: Electron tomogram of ER-ER junction of HeLa cell in interphase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50115
タイトルElectron tomogram of ER-ER junction of HeLa cell in interphase
マップデータ
試料
  • 細胞: HeLa Kyoto cell
キーワードEndoplasmic reticulum / Nuclear envelope / Organelle contact site / Membrane junction / CELL CYCLE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Bragulat-Teixidor H / Otsuka S
資金援助 オーストリア, 2件
OrganizationGrant number国
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)LS19-001 オーストリア
Austrian Science FundP 36743-B オーストリア
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024
タイトル: The endoplasmic reticulum connects to the nucleus by constricted junctions that mature after mitosis.
著者: Helena Bragulat-Teixidor / Keisuke Ishihara / Gréta Martina Szücs / Shotaro Otsuka /
要旨: Junctions between the endoplasmic reticulum (ER) and the outer membrane of the nuclear envelope (NE) physically connect both organelles. These ER-NE junctions are essential for supplying the NE with ...Junctions between the endoplasmic reticulum (ER) and the outer membrane of the nuclear envelope (NE) physically connect both organelles. These ER-NE junctions are essential for supplying the NE with lipids and proteins synthesized in the ER. However, little is known about the structure of these ER-NE junctions. Here, we systematically study the ultrastructure of ER-NE junctions in cryo-fixed mammalian cells staged in anaphase, telophase, and interphase by correlating live cell imaging with three-dimensional electron microscopy. Our results show that ER-NE junctions in interphase cells have a pronounced hourglass shape with a constricted neck of 7-20 nm width. This morphology is significantly distinct from that of junctions within the ER network, and their morphology emerges as early as telophase. The highly constricted ER-NE junctions are seen in several mammalian cell types, but not in budding yeast. We speculate that the unique and highly constricted ER-NE junctions are regulated via novel mechanisms that contribute to ER-to-NE lipid and protein traffic in higher eukaryotes.
履歴
登録2024年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50115.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.51 Å/pix.
x 556 pix.
= 2507.56 Å		4.51 Å/pix.
x 4096 pix.
= 18472.961 Å		4.51 Å/pix.
x 4096 pix.
= 18472.961 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2075.0 - 1313.0
平均 (標準偏差)199.010439999999988 (±157.764600000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-245
サイズ40964096556
Spacing40964096556
セルA: 18472.96 Å / B: 18472.96 Å / C: 2507.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa Kyoto cell

全体名称: HeLa Kyoto cell
要素
  • 細胞: HeLa Kyoto cell

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超分子 #1: HeLa Kyoto cell

超分子名称: HeLa Kyoto cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: DMEM without Riboflavin and Phenol Red, containing 10% FBS, 1% Pen/Strep, and 50 nM SiR-DNA
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate and lead citrate
糖包埋材質: Agar 100 Epoxy resin
詳細: Frozen cells were substituted in 0.1% uranyl acetate (UA), 2% Osmium tetroxide and 5% H2O in acetone following this temperature ramp: -90 C to -80 C for 10 hours, -80 C to -30 C for 10 hours, ...詳細: Frozen cells were substituted in 0.1% uranyl acetate (UA), 2% Osmium tetroxide and 5% H2O in acetone following this temperature ramp: -90 C to -80 C for 10 hours, -80 C to -30 C for 10 hours, -30 C for 4 hours, -30 C to 0 C for 6 hours, 0 C to 20 C for 4 hours, 20 C for 5-6 hours.
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: High pressure freezing chamber was 1 mm thick, 6.0 mm diameter, with central cavities 5.0 mm x 5.0 mm x 25 um deep. The chamber had been in contact with 1-hexadecene.. The value given for _em_ ...詳細: High pressure freezing chamber was 1 mm thick, 6.0 mm diameter, with central cavities 5.0 mm x 5.0 mm x 25 um deep. The chamber had been in contact with 1-hexadecene.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% Ficoll-PM400
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica Ultracut UCT / ウルトラミクロトーム - 温度: 298 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 250
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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