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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50106 | |||||||||
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タイトル | Artificial membrane protein TMHC4_R (ROCKET) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Synthetic construct / membrane protein / artificial protein | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Abramsson ML / Anden O / Howard RJ / Lindahl E / Landreh M | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Engineering cardiolipin binding to an artificial membrane protein 著者: Abramsson M / Corey RA / Skerle J / Persson L / Anden O / Oluwole AO / Howard RJ / Lindahl E / Robinson CV / Strisovsky K / Marklund EG / Drew D / Stansfeld PJ / Landreh M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50106.map.gz | 31.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50106-v30.xml emd-50106.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50106_fsc.xml | 18.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50106.png | 78.3 KB | ||
マスクデータ | emd_50106_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-50106.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_50106_half_map_1.map.gz emd_50106_half_map_2.map.gz | 403.8 MB 403.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5076 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_50106_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50106_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50106_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Artificial membrane protein TMHC4_R (ROCKET)
全体 | 名称: Artificial membrane protein TMHC4_R (ROCKET) |
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要素 |
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-超分子 #1: Artificial membrane protein TMHC4_R (ROCKET)
超分子 | 名称: Artificial membrane protein TMHC4_R (ROCKET) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 100.40 kDa/nm |
-分子 #1: TMHC4_R (ROCKET)
分子 | 名称: TMHC4_R (ROCKET) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKDTEDSRK IWRTIMLLLV FAILLSAIIW YQITTNPDTS QIATLLSMQL LLIALMLVVI ALLLSRQTEQ VAESIRRDVS ALAYVMLGLL LSLLNRLSLA AEAYKKAIEL DPNDALAWLL LGSVLEKLKR LDEAAEAYKK AIELKPNDAS AWKELGKVLE KLGRLDEAAE ...文字列: MSKDTEDSRK IWRTIMLLLV FAILLSAIIW YQITTNPDTS QIATLLSMQL LLIALMLVVI ALLLSRQTEQ VAESIRRDVS ALAYVMLGLL LSLLNRLSLA AEAYKKAIEL DPNDALAWLL LGSVLEKLKR LDEAAEAYKK AIELKPNDAS AWKELGKVLE KLGRLDEAAE AYKKAIELDP EDAEAWKELG KVLEKLGRLD EAAEAYKKAI ELDPNDLEHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |