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- EMDB-50092: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50092
タイトルHIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with three copies of ELC07 broadly neutralizing antibody.
マップデータLocally filtered map with deepEMhancer
試料
  • 複合体: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with ELC07 broadly neutralizing antibody
    • 複合体: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • 複合体: ELC07 broadly neutralizing antibody
      • タンパク質・ペプチド: ELC07 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ELC07 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / envelope glycoprotein / gp140 / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Hope J / Alguel Y / Nans A / Cherepanov P
資金援助 米国, 英国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170791 米国
The Francis Crick InstituteCC2058 英国
Wellcome TrustCC2058 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2058 英国
Cancer Research UKCC2058 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TITLE: Preservation of memory B cell homeostasis in an individual producing broadly neutralizing antibodies against HIV-1
著者: Griffith S / Muir L / Suchanek O / Hope J / Pade C / Gibbons G / Tuong K / Fung A / Touizer E / Rees-Spear C / Nans A / Roustan C / Alguel Y / Fink D / Orkin C / Deayton J / Anderson J / ...著者: Griffith S / Muir L / Suchanek O / Hope J / Pade C / Gibbons G / Tuong K / Fung A / Touizer E / Rees-Spear C / Nans A / Roustan C / Alguel Y / Fink D / Orkin C / Deayton J / Anderson J / Gupta RK / Doores KJ / Cherepanov P / McKnight A / Clatworthy M / McCoy LE
履歴
登録2024年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally filtered map with deepEMhancer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.139
最小 - 最大-0.02846783 - 1.6101978
平均 (標準偏差)0.0012479275 (±0.022757655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 342.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in com...

全体名称: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with ELC07 broadly neutralizing antibody
要素
  • 複合体: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with ELC07 broadly neutralizing antibody
    • 複合体: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • 複合体: ELC07 broadly neutralizing antibody
      • タンパク質・ペプチド: ELC07 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ELC07 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in com...

超分子名称: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with ELC07 broadly neutralizing antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer

超分子名称: HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: ELC07 broadly neutralizing antibody

超分子名称: ELC07 broadly neutralizing antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 19.10359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGSGLND I FEAQKIEW HE

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505 SOSIP.664
分子量理論値: 57.945977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK VYSLFYRLDV VQINENQGNR SNNSNKEYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NG TGPCPSV STVQCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEEEVMI RSENITNNAK NILVQFNTPV QINCTRPNNN TRKSIRIGPG QAF YATGDI IGDIRQAHCN VSKATWNETL GKVVKQLRKH FGNNTIIRFA NSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWI SNTSV QGSNSTGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRD NWRS ELYKYKVVKI EPLGVAPTRC KRRVVGRRRR RR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: ELC07 heavy chain

分子名称: ELC07 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.586055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG EVQLVQSGAE LKKAGSSVKL SCQAYGVAFS TYSFHWVRQA PGQGLEWLGG FIPLVGKPNY TNKFRGRLT ITADESARTT YMELRSLRSD DTAIYYCAGG GAYSSGGGRF HYFGMAVWGQ GSTVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG EVQLVQSGAE LKKAGSSVKL SCQAYGVAFS TYSFHWVRQA PGQGLEWLGG FIPLVGKPNY TNKFRGRLT ITADESARTT YMELRSLRSD DTAIYYCAGG GAYSSGGGRF HYFGMAVWGQ GSTVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TK VDKRVEP KSCGSGENLY FQSAGHHHHH H

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分子 #4: ELC07 light chain

分子名称: ELC07 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.599775 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTQTPASLLF LLLLWLPGAK CDIQLTQSPS TLSAPVGAGV TITCQASQSI SNGLAWYQQK PGRAPKMLIT EGSSLKSGVP DRFRGSGSG THFILTISDL QPDDSATYFC QQYNTFPWTF GRGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
MTQTPASLLF LLLLWLPGAK CDIQLTQSPS TLSAPVGAGV TITCQASQSI SNGLAWYQQK PGRAPKMLIT EGSSLKSGVP DRFRGSGSG THFILTISDL QPDDSATYFC QQYNTFPWTF GRGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 24 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTristris

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 35337
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8fr6

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8fr6

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: L, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9f02:
HIV-1 envelope glycoprotein (BG505 gp140 SOSIP.664) trimer in complex with three copies of ELC07 broadly neutralizing antibody.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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