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- EMDB-50089: CryoEM structure of the contracted sheath in H. borinquense -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50089
タイトルCryoEM structure of the contracted sheath in H. borinquense
マップデータ
試料
  • 複合体: The sheath protein of Halogeometricum borinquense
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath protein FI
キーワードarchaea / contractile injection system / sheath / cryoEM / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage tail sheath protein FI
機能・相同性情報
生物種Halogeometricum borinquense DSM 11551 (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zachs T / Malit JJ / Xu J / Schuerch A / Sivabalasarma S / Nussbaum P / Albers SV / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_212592 スイス
European Research Council (ERC)679209/101000232European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Archaeal type six secretion system mediates contact-dependent antagonism.
著者: Tobias Zachs / Jessie James L Malit / Jingwei Xu / Alexandra Schürch / Shamphavi Sivabalasarma / Phillip Nußbaum / Sonja-Verena Albers / Martin Pilhofer /
要旨: Microbial communities are shaped by cell-cell interactions. Although archaea are often found in associations with other microorganisms, the mechanisms structuring these communities are poorly ...Microbial communities are shaped by cell-cell interactions. Although archaea are often found in associations with other microorganisms, the mechanisms structuring these communities are poorly understood. Here, we report on the structure and function of haloarchaeal contractile injection systems (CISs). Using a combination of functional assays and time-lapse imaging, we show that exhibits antagonism toward by inducing cell lysis and inhibiting proliferation. This antagonism is contact-dependent and requires a functional CIS, which is encoded by a gene cluster that is associated with toxin-immunity pairs. Cryo-focused ion beam milling and imaging by cryo-electron tomography revealed that these CISs are bound to the cytoplasmic membrane, resembling the bacterial type six secretion systems (T6SSs). We show that related T6SS gene clusters are conserved and expressed in other haloarchaeal strains, which exhibit antagonistic behavior. Our data provide a mechanistic framework for understanding how archaea may shape microbial communities and affect the food webs they inhabit.
履歴
登録2024年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.06532303 - 0.10865609
平均 (標準偏差)0.0012309289 (±0.006998095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50089_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50089_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50089_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The sheath protein of Halogeometricum borinquense

全体名称: The sheath protein of Halogeometricum borinquense
要素
  • 複合体: The sheath protein of Halogeometricum borinquense
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath protein FI

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超分子 #1: The sheath protein of Halogeometricum borinquense

超分子名称: The sheath protein of Halogeometricum borinquense / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Halogeometricum borinquense DSM 11551 (古細菌)

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分子 #1: Phage tail sheath protein FI

分子名称: Phage tail sheath protein FI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halogeometricum borinquense DSM 11551 (古細菌)
分子量理論値: 63.32082 KDa
配列文字列: MSEYQSPGVY VEEVQSGSKS VEGVSTSTAG FLGQTERGPV EPRLVTNYAD FERLYGASPK SSDLDAAVDG FFKNGGSRCF IGRVSGADI DDVATGILAD DEGNEIAEVE ANGPGQWGES VAVIVEDSQY PNQFDITVRY WSGDLEAVSK PHGDRPDPSP D VEEVYDGL ...文字列:
MSEYQSPGVY VEEVQSGSKS VEGVSTSTAG FLGQTERGPV EPRLVTNYAD FERLYGASPK SSDLDAAVDG FFKNGGSRCF IGRVSGADI DDVATGILAD DEGNEIAEVE ANGPGQWGES VAVIVEDSQY PNQFDITVRY WSGDLEAVSK PHGDRPDPSP D VEEVYDGL SADPEASNFY EKQLESSVLV DIEYKDDGTP VDGLTWLHRD SHPTAYSDGG LVETDEEETV VHIPEDLDEL EQ ESLEGIA EPLEIEIDED ADKDDLVVEL EEVREGERDV DVEIVTEKPE ADGEVTLKDY EGVNKPGLRT GLAGFKAIDE ISM VCAPDE NDIDGLTDSI VAHCENMGDR FAILQSPQNP GPVSEMETPV DSSYAAYYYP WVNVLDPVTN REKLVPPGGH IAGI YSRTD QEHGVHKAPA NETLRGIVGL QHNITKGEQD VLNPKGINCI RSFQGRGIRV WGARTTSSDP EWKYLNVRRL FLFIE QSIQ EGTQWAVFEP NEQDTWGRIR QSVTNFLRTV WRNGGLQGQS EDDAFYVKCG EETMSEDDID NGRLIVEIGV APVKPA EFV IFRISQDTEQ A

UniProtKB: Phage tail sheath protein FI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 17.09 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 33.24 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127891
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11747

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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