EMDB-50079: Tomogram showing an HA remodelled membrane in an A549wt cell infe...

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-50079

タイトル

Tomogram showing an HA remodelled membrane in an A549wt cell infected with HK68 at 16 hpi [figure 1].

マップデータ

Tomogram showing an HA remodelled membrane in an A549wt cell infected with HK68 at 16 hpi [figure 1].

試料

細胞: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.

キーワード

Influenza A virus / VIRUS

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子線トモグラフィー法

データ登録者

Wachsmuth-Melm M / Chlanda P

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Influenza A virus hemagglutinin remodels membranes into a vRNP clustering platform
著者: Wachsmuth-Melm M / Chlanda P / Peterl S / Makroczyova J / Vale-Costa S / Amorim MJ

履歴

登録	2024年4月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月23日	-
マップ公開	2025年4月23日	-
更新	2025年4月23日	-
現状	2025年4月23日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_50079.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_50079.map.gz	174.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-50079-v30.xml emd-50079.xml	8.6 KB 8.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_50079.png	174.9 KB
Filedesc metadata	emd-50079.cif.gz	3.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50079 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50079	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50067C 50070C 50078C 50080C 50081C 50082C 50083C 50084C 50085C 50086C 50087C 50088C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_50079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 281 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE

注釈

Tomogram showing an HA remodelled membrane in an A549wt cell infected with HK68 at 16 hpi [figure 1].

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 10.684 Å

密度

最小 - 最大	-128.0 - 119.0
平均 (標準偏差)	73.775469999999999 (±6.32024)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.

全体	名称: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.
要素	細胞: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.

-
超分子 #1: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.

超分子	名称: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi. / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Lung

-
構造解析

解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 95 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 100 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

緩衝液

pH: 7.4

切片作成

集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 95 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 100
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.3 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	使用した粒子像数: 41

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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超分子 #1: A549wt cell infected with HK68 virus at 16 hpi.

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