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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50072
タイトルStructure of the extracellular subdomain of a homomeric LRRC8C truncation disease mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: Homomeric LRRC8C truncation disease mutant
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
キーワードAnion channel / Volume regulation / disease mutation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / protein hexamerization / cellular response to osmotic stress / fat cell differentiation / monoatomic ion channel complex ...Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / protein hexamerization / cellular response to osmotic stress / fat cell differentiation / monoatomic ion channel complex / intracellular signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Rutz S / Quinodoz M / Peter V / Garavelli L / Innes MA / Kellenberger S / Peng Z / Barone A / Campos-Xavier B / Unger S ...Rutz S / Quinodoz M / Peter V / Garavelli L / Innes MA / Kellenberger S / Peng Z / Barone A / Campos-Xavier B / Unger S / Rivolta C / Dutzler R / Superti-Furga A
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNo. 310030_204373 スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: De novo variants in LRRC8C resulting in constitutive channel activation cause a human multisystem disorder.
著者: Mathieu Quinodoz / Sonja Rutz / Virginie Peter / Livia Garavelli / A Micheil Innes / Elena F Lehmann / Stephan Kellenberger / Zhong Peng / Angelica Barone / Belinda Campos-Xavier / Sheila ...著者: Mathieu Quinodoz / Sonja Rutz / Virginie Peter / Livia Garavelli / A Micheil Innes / Elena F Lehmann / Stephan Kellenberger / Zhong Peng / Angelica Barone / Belinda Campos-Xavier / Sheila Unger / Carlo Rivolta / Raimund Dutzler / Andrea Superti-Furga /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) are multimeric proteins composed of different paralogs of the LRRC8 family. They are activated in response to hypotonic swelling, but little is known about ...Volume-regulated anion channels (VRACs) are multimeric proteins composed of different paralogs of the LRRC8 family. They are activated in response to hypotonic swelling, but little is known about their specific functions. We studied two human individuals with the same congenital syndrome affecting blood vessels, brain, eyes, and bones. The LRRC8C gene harbored de novo variants in both patients, located in a region of the gene encoding the boundary between the pore and a cytoplasmic domain, which is depleted of sequence variations in control subjects. When studied by cryo-EM, both LRRC8C mutant proteins assembled as their wild-type counterparts, but showed increased flexibility, suggesting a destabilization of subunit interactions. When co-expressed with the obligatory LRRC8A subunit, the mutants exhibited enhanced activation, resulting in channel activity even at isotonic conditions in which wild-type channels are closed. We conclude that structural perturbations of LRRC8C impair channel gating and constitute the mechanistic basis of the dominant gain-of-function effect of these pathogenic variants. The pleiotropic phenotype of this novel clinical entity associated with monoallelic LRRC8C variants indicates the fundamental roles of VRACs in different tissues and organs.
履歴
登録2024年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å		1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å		1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05
最小 - 最大-6.3288355 - 6.012869
平均 (標準偏差)0.0006449736 (±0.057736345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 437.47202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50072_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50072_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homomeric LRRC8C truncation disease mutant

全体名称: Homomeric LRRC8C truncation disease mutant
要素
  • 複合体: Homomeric LRRC8C truncation disease mutant
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

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超分子 #1: Homomeric LRRC8C truncation disease mutant

超分子名称: Homomeric LRRC8C truncation disease mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The compound only shows the extracellular subdomain (ESD) of the channel
コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.719941 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSIPVTEFRQ FSEQQPAFRV LKPWWDVFTD YLSVAMLMIG VFGCTLQVMQ DKIICLPKRV QPAQNHSSLS NVSQAVASTT PLPPPKPSP ANPITVEMKG LKTDLDLQQY SFINQMCYER ALHWYAKYFP YLVLIHTLVF MLCSNFWFKF PGSSSKIEHF I SILGKCFD ...文字列:
MSIPVTEFRQ FSEQQPAFRV LKPWWDVFTD YLSVAMLMIG VFGCTLQVMQ DKIICLPKRV QPAQNHSSLS NVSQAVASTT PLPPPKPSP ANPITVEMKG LKTDLDLQQY SFINQMCYER ALHWYAKYFP YLVLIHTLVF MLCSNFWFKF PGSSSKIEHF I SILGKCFD SPWTTRALSE VSGEDSEEKD NRKNNMNRSN TIQSGPEGSL VNSQSLKSIP EKFVVDKSTA GALDKKEGEQ AK ALFEKVK KFRLHVEEGD ILYAMYVRQT VLKVIKFLII IAYNSALVSK VQFTVDCNVD IQDMTGYKNF SCNHTMAHLF SKL SFCYLC FVSIYGLTCL YTLYWLFYRS LREYSFEYVR QETGIDDIPD VKNDFAFMLH MIDQYDPLYS KRFAVFLSEV SENK IKAAE LKALEVLFQ

UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224687
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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