+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50071 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. | |||||||||
マップデータ | Sharpened map (from RELION Postprocess) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | icosahedral enzyme / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / Lumazine synthase / riboflavin synthase complex / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / riboflavin biosynthetic process / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vicia faba (ソラマメ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Chee M / Trapani S / Hoh F / Lai Kee Him J / Yvon M / Blanc S / Bron P | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. 著者: Chee M / Trapani S / Hoh F / Lai Kee Him J / Yvon M / Blanc S / Bron P | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50071.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-50071-v30.xml emd-50071.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50071_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50071.png | 231.7 KB | ||
マスクデータ | emd_50071_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-50071.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_50071_additional_1.map.gz emd_50071_half_map_1.map.gz emd_50071_half_map_2.map.gz | 95 MB 95.8 MB 95.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50071 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9ez8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map (from RELION Postprocess) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2625 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_50071_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_50071_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50071_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50071_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Icosahedral 60-mer
全体 | 名称: Icosahedral 60-mer |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Icosahedral 60-mer
超分子 | 名称: Icosahedral 60-mer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vicia faba (ソラマメ) |
分子量 | 理論値: 1.45 MDa |
-分子 #1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子 | 名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vicia faba (ソラマメ) |
分子量 | 理論値: 16.505764 KDa |
配列 | 文字列: AVRHLTGSVT RTQGLRFAVV VARFNEIITR PLLEGALGTF KNYSVQDEDI DVVWVPGCFE IGAVATRLGK SGKYHAIICI GAVIRGDTT HYDAVANSAA SGVLSAGLNS GVPCIFGVLT CEDMDQAINR AGGKSGNKGA EAALTAIEMA SLFEHHLQ UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 7.34 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: poly-Ala model manually built using Coot |
---|---|
得られたモデル | PDB-9ez8: |