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万見
- EMDB-50069: BasC in complex with nanobody 53 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50069
タイトルBasC in complex with nanobody 53
マップデータmap from Non-Uniform refinement
試料
  • 複合体: BasC in complex with nanobody 53
    • タンパク質・ペプチド: BasC
    • タンパク質・ペプチド: nanobody 53
キーワードTransporter / nanobody / aminoacid transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / membrane / Putative amino acid/polyamine transport protein
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア) / Lama (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Fort J / Palacin M
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021- 122802OB-I00 スペイン
Generalitat de Catalunya2021 SGR 01281 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BasC in complex with nanobody 71
著者: Fort J / Nicolas-Arago A / Maggi L / Martinez Molledo M / Kapiki D / Zijlstra N / Bodoy S / Pardon E / Llorca O / Orozco M / Cordes T / Palacin M
履歴
登録2024年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50069.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map from Non-Uniform refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.64
最小 - 最大-1.5090404 - 3.1630626
平均 (標準偏差)0.0016083262 (±0.060023785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A map from Non-uniform refinement

ファイルemd_50069_half_map_1.map
注釈half_A map from Non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B map from Non-uniform refinement

ファイルemd_50069_half_map_2.map
注釈half_B map from Non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BasC in complex with nanobody 53

全体名称: BasC in complex with nanobody 53
要素
  • 複合体: BasC in complex with nanobody 53
    • タンパク質・ペプチド: BasC
    • タンパク質・ペプチド: nanobody 53

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超分子 #1: BasC in complex with nanobody 53

超分子名称: BasC in complex with nanobody 53 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア)
分子量理論値: 46 KDa

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分子 #1: BasC

分子名称: BasC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Carnobacterium sp. AT7 (バクテリア)
配列文字列: MKEVSGITAL TVVVGTVIGA GIFFKPTAVY GAAGAPGLGL LAWFVAGIIT IAGGLTVAEI GTIYPQTGGM MIYLEKVYGR WLGFLVGWAQ MVIYYPANIA ALAIIFATQF VNLFALSDST IVPTAILTSI FLMGVNFLGT KYSGWIQTLA TILKLIPLVV IIVAGLLYPG ...文字列:
MKEVSGITAL TVVVGTVIGA GIFFKPTAVY GAAGAPGLGL LAWFVAGIIT IAGGLTVAEI GTIYPQTGGM MIYLEKVYGR WLGFLVGWAQ MVIYYPANIA ALAIIFATQF VNLFALSDST IVPTAILTSI FLMGVNFLGT KYSGWIQTLA TILKLIPLVV IIVAGLLYPG GGVIRLVPFS VETHPVLTSF GSALIATLFA YDGWINVGTL AGEMKNPGKM LPKVIIGGLS IVMAVYLLTN IAYLFVLDSS QLAGTDTPAA LVASHLFEGI GSKLVTIGIL ISVFGGINGY IISGLRVPYA LATQKMLPFS DWFARINPKT NLPINGGLVM LGIAIVMILT GQFNQLTDLI VFVIWFFITL TFIAVIILRK TQPDIERPYR VPFYPVIPLI AIIGGLYIIF NTLIVQPKNA FIGILLTLIG IPIYFYCKKK YGSPEGGGLE VLFQ

UniProtKB: Putative amino acid/polyamine transport protein

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分子 #2: nanobody 53

分子名称: nanobody 53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: nanobody created against BasC / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Lama (哺乳類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGIAFS RMSMAWYRQD PGKQRALVAR ITNDGSTYYD DSVKGRFTI SRDNAKNTVH LQMNSLKPED TAVYYCNAQL VAWSENYWGQ GTQVTVSSHH H HHHEPEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMNH2C(CH2OH)32-Amino-2-(hidroximetil)-1,3-propanodiol, Base tris
0.17 %C22H42O11n-Decyl-beta-D-Maltoside, DM
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2642 / 平均電子線量: 39.03 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 936733
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6f2g

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. v4), RELION (ver. 4.0))
詳細: GSFSC Resolution using Loose mask / 使用した粒子像数: 87775
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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