EMDB-50062: The structure of nonameric pore of RN1 variant of actinoporin Fav

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-50062

タイトル

The structure of nonameric pore of RN1 variant of actinoporin Fav

マップデータ

試料

複合体: Nonameric RN1-Fav pore
- タンパク質・ペプチド: Actinoporin
リガンド: Sphingomyelin C18

キーワード

Actinoporin / Pore-forming toxin / Pore / nonamer / Transmembrane pore / TOXIN / Protein nanopore

生物種

Orbicella faveolata (無脊椎動物)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Solinc G / Srnko M / Anderluh G / Crnkovic A / Podobnik M

資金援助

スロベニア, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of nonameric pore of RN1 variant of actinoporin Fav
著者: Solinc G / Srnko M / Anderluh G / Crnkovic A / Podobnik M

履歴

登録	2024年4月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月23日	-
マップ公開	2025年4月23日	-
更新	2025年4月23日	-
現状	2025年4月23日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_50062.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_50062.map.gz	229.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-50062-v30.xml emd-50062.xml	19.8 KB 19.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_50062_fsc.xml	13.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_50062.png	59.4 KB
Filedesc metadata	emd-50062.cif.gz	6.8 KB
その他	emd_50062_half_map_1.map.gz emd_50062_half_map_2.map.gz	225.9 MB 225.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50062	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_50062_validation.pdf.gz	827.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_50062_full_validation.pdf.gz	827.2 KB	表示
XML形式データ	emd_50062_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_50062_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50062	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eyqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_50062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 298. Å	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 298. Å	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 298. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.745 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.239
最小 - 最大	-2.646829 - 3.311781
平均 (標準偏差)	-0.00092128513 (±0.07020835)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half map B

ファイル

emd_50062_half_map_1.map

注釈

Half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイル

emd_50062_half_map_2.map

注釈

Half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Nonameric RN1-Fav pore

全体	名称: Nonameric RN1-Fav pore
要素	複合体: Nonameric RN1-Fav pore タンパク質・ペプチド: Actinoporin リガンド: Sphingomyelin C18

-
超分子 #1: Nonameric RN1-Fav pore

超分子	名称: Nonameric RN1-Fav pore / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Nonameric Fav pore prepared on 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC):sphingomyelin (1:1 molar ratio) membranes
由来(天然)	生物種: Orbicella faveolata (無脊椎動物)

-
分子 #1: Actinoporin

分子	名称: Actinoporin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: This protein was expressed with an N-terminal deletion of 67 residues compared to the wild type. The deletion construct has three additional residues at the N-terminal (S) from the expression system. コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Orbicella faveolata (無脊椎動物)
分子量	理論値: 21.307543 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: SELDSENDAA DIAAGTIIAG AELTFGLLQN LLYFFANVNR KCAVGVDNES GFRWQEGSTY FFSGTADENL PYSVSDGYAV LYGPRKTNG PVATGVVGVL AYYIPSIGKT LAVMWSVPFD YNFYQNWWNA KLYSGNQRAD YDHYVDLYYN ANPFKANGWH E RSLGSGLK ...文字列: SELDSENDAA DIAAGTIIAG AELTFGLLQN LLYFFANVNR KCAVGVDNES GFRWQEGSTY FFSGTADENL PYSVSDGYAV LYGPRKTNG PVATGVVGVL AYYIPSIGKT LAVMWSVPFD YNFYQNWWNA KLYSGNQRAD YDHYVDLYYN ANPFKANGWH E RSLGSGLK FCGSMSSSGQ ATLEIHVLKE SETCM

-
分子 #2: Sphingomyelin C18

分子	名称: Sphingomyelin C18 / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 45 / 式: A1H8M
分子量	理論値: 732.089 Da

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.8 mg/mL

緩衝液

pH: 8
構成要素:

濃度	式	名称
150.0 mM	NaCl	sodium chloride
50.0 mM		Tris
0.02 %		Brij 35

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris/HCl, 0.02 % Brij 35, pH 8

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 5147 / 平均電子線量: 32.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 446027 / 詳細: Number of particles after template picking
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₉ (9回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 97704
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
最終 3次元分類	クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model 詳細: Pore structure of the same protein from related entries
精密化	空間: REAL
得られたモデル	PDB-9eyq: The structure of nonameric pore of RN1 variant of actinoporin Fav

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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