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- EMDB-49949: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49949
タイトルSARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: FAb B light chain
    • タンパク質・ペプチド: FAb B heavy chain
  • リガンド: (6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-methyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine-3-carboxamide
  • リガンド: water
キーワードM protein / SARS-CoV-2 / inhibitor bound complex / viral protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / SARS-CoV-2 pseudovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Mann MK / Abeywickrema P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Health & Human Services (HHS)HHSO100201700018C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into MERS and SARS coronavirus membrane proteins.
著者: Mandeep Kaur Mann / Yanting Yin / Simone Marsili / Jiexiong Xie / Jordi Doijen / Robyn Miller / Madison Piassek / Nick van den Broeck / Christopher Kinyanjui Kariuki / Heidi L M de Gruyter / ...著者: Mandeep Kaur Mann / Yanting Yin / Simone Marsili / Jiexiong Xie / Jordi Doijen / Robyn Miller / Madison Piassek / Nick van den Broeck / Christopher Kinyanjui Kariuki / Heidi L M de Gruyter / Anouk A Leijs / Eric J Snijder / Martijn J van Hemert / Ken Keustermans / Michiel Van Gool / Xiaodi Yu / Marnix van Loock / Anil Koul / Sujata Sharma / Ellen Van Damme / Pravien Abeywickrema /
要旨: The membrane (M) protein of coronaviruses is essential for maintaining structural integrity during membrane virion budding and viral pathogenesis. Given its high conservation in lineages within the ...The membrane (M) protein of coronaviruses is essential for maintaining structural integrity during membrane virion budding and viral pathogenesis. Given its high conservation in lineages within the betacoronavirus genus, such as sarbecoviruses, the M protein presents as an attractive therapeutic target; however, developing broad-spectrum antivirals targeting coronaviruses such as MERS-CoV is challenging due to lower sequence conservation and limited structural information available beyond that of the SARS-CoV-2 M protein. In this study, we report 3-3.2 Å resolution structures of MERS-CoV M protein, engineered with a SARS-CoV-2-like antibody interface, representing the first human merbecovirus M protein structure, and SARS-CoV M protein structures, with and without a previously identified SARS-CoV-2 M protein inhibitor, JNJ-9676. We highlight the structural differences between the MERS-CoV, SARS-CoV and SARS-CoV-2 M proteins, and present insights into the conservation of the JNJ-9676 binding pocket as well as key differences that could be targeted to accelerate the design of specific MERS-CoV and broad-spectrum antivirals targeting coronavirus M proteins.
履歴
登録2025年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49949.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 288 pix.
= 262.08 Å		0.91 Å/pix.
x 288 pix.
= 262.08 Å		0.91 Å/pix.
x 288 pix.
= 262.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.156
最小 - 最大-1.5042765 - 1.9561884
平均 (標準偏差)-0.00020667355 (±0.03925609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 262.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49949_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49949_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B

全体名称: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
要素
  • 複合体: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: FAb B light chain
    • タンパク質・ペプチド: FAb B heavy chain
  • リガンド: (6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-methyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine-3-carboxamide
  • リガンド: water

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超分子 #1: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B

超分子名称: SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Membrane protein

分子名称: Membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SARS-CoV-2 pseudovirus (ウイルス)
分子量理論値: 29.889562 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MADNGTITVE ELKQLLEQWN LVIGFLFLAW IMLLQFAYSN RNRFLYIIKL VFLWLLWPVT LACFVLAAVY RINWVTGGIA IAMACIVGL MWLSYFVASF RLFARTRSMW SFNPETNILL NVPLRGTIVT RPLMESELVI GAVIIRGHLR MAGHSLGRCD I KDLPKEIT ...文字列:
MADNGTITVE ELKQLLEQWN LVIGFLFLAW IMLLQFAYSN RNRFLYIIKL VFLWLLWPVT LACFVLAAVY RINWVTGGIA IAMACIVGL MWLSYFVASF RLFARTRSMW SFNPETNILL NVPLRGTIVT RPLMESELVI GAVIIRGHLR MAGHSLGRCD I KDLPKEIT VATSRTLSYY KLGASQRVGT DSGFAAYNRY RIGNYKLNTD HAGSNDNIAL LVQSNSLEVL FQGPSRGGSG AA AGSGSGS GSPSRLEEEL RRRLTEGSEP EA

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分子 #2: FAb B light chain

分子名称: FAb B light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.157424 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: ASDIVMTQSP ASLAVSLGQR ATISCKASQS IDYDGDNYMN WYQQKPGQPP KLLIYTTSNL ESGIPARFSG SGSGTDFTLN IHPVEEGDA ATYYCQQNNE DPYTFGGGTK LEIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGASVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS ...文字列:
ASDIVMTQSP ASLAVSLGQR ATISCKASQS IDYDGDNYMN WYQQKPGQPP KLLIYTTSNL ESGIPARFSG SGSGTDFTLN IHPVEEGDA ATYYCQQNNE DPYTFGGGTK LEIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGASVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS WTDQDSKDST YSMSSTLTLT KDEYERHNSY TCEATHKTST SPIVKSFNRN EC

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分子 #3: FAb B heavy chain

分子名称: FAb B heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.211092 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKTSGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWIGL INPYNGDTSY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCEVI NTYWGQGTLV TVSAAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL S SGVHTFPA ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKTSGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWIGL INPYNGDTSY NQKFKGKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCEVI NTYWGQGTLV TVSAAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL S SGVHTFPA VLQSDLYTLS SSVTVPSSTW PSETVTCNVA HPASSTKVDK KIVPRDCGSG SHHHHHH

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分子 #4: (6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-...

分子名称: (6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-methyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: A1AE8
分子量理論値: 497.495 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w2e

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryos / 使用した粒子像数: 674469
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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