[日本語] English
万見
- EMDB-49901: Cryo-EM structure of a bacterial prototype ATP-binding cassette t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49901
タイトルCryo-EM structure of a bacterial prototype ATP-binding cassette transporter MalFGK2.
マップデータ
試料
  • 複合体: ATP-binding cassette transporter MalFGK2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
キーワードbacterial prototype ATP-binding cassette transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / maltose transport complex / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : ...Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Qian R / Jing W / Vinay I / Shanwen Z / Jeehae S / William GL / Luis MRH / Jong HS / Young AG / IIya L ...Qian R / Jing W / Vinay I / Shanwen Z / Jeehae S / William GL / Luis MRH / Jong HS / Young AG / IIya L / Kirill M / Baron C / Huan B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM140920 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: DeFrND: detergent-free reconstitution into native nanodiscs with designer membrane scaffold peptides.
著者: Qian Ren / Jing Wang / Vinay Idikuda / Shanwen Zhang / Jeehae Shin / W Grant Ludlam / Luis M Real Hernandez / Sara Zdancewicz / Alex J B Kreutzberger / Hucheng Chang / Volker Kiessling / ...著者: Qian Ren / Jing Wang / Vinay Idikuda / Shanwen Zhang / Jeehae Shin / W Grant Ludlam / Luis M Real Hernandez / Sara Zdancewicz / Alex J B Kreutzberger / Hucheng Chang / Volker Kiessling / Lukas K Tamm / Ahmad Jomaa / Ilya Levental / Kirill Martemyanov / Baron Chanda / Huan Bao /
要旨: Membrane scaffold protein-based nanodiscs have facilitated unprecedented structural and biophysical analysis of membrane proteins in a near-native lipid environment. However, successful ...Membrane scaffold protein-based nanodiscs have facilitated unprecedented structural and biophysical analysis of membrane proteins in a near-native lipid environment. However, successful reconstitution of membrane proteins in nanodiscs requires prior solubilization and purification in detergents, which may impact their physiological structure and function. Furthermore, the detergent-mediated reconstitution of nanodiscs is unlikely to recapitulate the precise composition or asymmetry of native membranes. To circumvent this fundamental limitation of traditional nanodisc technology, we herein describe the development of membrane-solubilizing peptides to directly extract membrane proteins from native cell membranes into nanoscale discoids. By systematically protein engineering and screening, we create a class of chemically modified Apolipoprotein-A1 mimetic peptides to enable the formation of detergent-free nanodiscs with high efficiency. Nanodiscs generated with these engineered membrane scaffold peptides are suitable for obtaining high-resolution structures using single-particle cryo-EM with native lipids. To further highlight the versatility of our approach, we directly extract a sampling of membrane signaling proteins with their surrounding native membranes for biochemical and biophysical interrogations.
履歴
登録2025年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49901.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.32 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.32 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.121
最小 - 最大-0.21544018 - 0.420911
平均 (標準偏差)0.0012776359 (±0.013291841)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_49901_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49901_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : ATP-binding cassette transporter MalFGK2

全体名称: ATP-binding cassette transporter MalFGK2
要素
  • 複合体: ATP-binding cassette transporter MalFGK2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

-
超分子 #1: ATP-binding cassette transporter MalFGK2

超分子名称: ATP-binding cassette transporter MalFGK2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 250 KDa

-
分子 #1: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF

分子名称: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 57.679711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRKNPMDVIK KKHWWQSDAL KWSVLGLLGL LVGYLVVLMY AQGEYLFAIT TLILSSAGLY IFANRKAYAW RYVYPGMAGM GLFVLFPLV CTIAIAFTNY SSTNQLTFER AQEVLLDRSW QAGKIYNFGL YPAGDEWQLA LSDGETGKNY LSDAFKFGGE Q KLQLKESA ...文字列:
MRKNPMDVIK KKHWWQSDAL KWSVLGLLGL LVGYLVVLMY AQGEYLFAIT TLILSSAGLY IFANRKAYAW RYVYPGMAGM GLFVLFPLV CTIAIAFTNY SSTNQLTFER AQEVLLDRSW QAGKIYNFGL YPAGDEWQLA LSDGETGKNY LSDAFKFGGE Q KLQLKESA TQPEGERANL RVITQNRQAL SDITAILPDG NKVMMSSLRQ FSGTQPLYTL DGDGTLTNNQ SGVKYRPNNQ IG FYQSITA DGNWGDEKLS PGYTVTTGWK NFTRVFTDEG IQKPFLAIFV WTVVFSLITV FLTVAVGMVL ACLVQWEALR GKA VYRVLL ILPYAVPSFI SILIFKGLFN QSFGEINMML SALFGVKPAW FSDPTTARTM LIIVNTWLGY PYMMILCMGL LKAI PDDLY EASAMDGAGP FQNFFKITLP LLIKPLTPLM IASFAFNFNN FVLIQLLTNG GPDRLGTTTP AGYTDLLVNY TYRIA FEGG GGQDFGLAAA IATLIFLLVG ALAIVNLKAT RMKFD

UniProtKB: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF

-
分子 #2: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG

分子名称: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 31.53134 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AMVQPKSQKA RLFITHLLLL LFIAAIMFPL LMVVAISLRQ GNFATGSLWP EQISWDHWKL ALGFSVEQAD GRIWPPPFPV LLWLWNSVK VAGISAIGIV ALSTTCAYAF ARMRFPGKAT LLKGMLIFQM FPAVLSLVAL YALFDRLGEY IPFIGLNTHG G VIFAYLGG ...文字列:
AMVQPKSQKA RLFITHLLLL LFIAAIMFPL LMVVAISLRQ GNFATGSLWP EQISWDHWKL ALGFSVEQAD GRIWPPPFPV LLWLWNSVK VAGISAIGIV ALSTTCAYAF ARMRFPGKAT LLKGMLIFQM FPAVLSLVAL YALFDRLGEY IPFIGLNTHG G VIFAYLGG IALHVWTIKG YFETIDSSLE EAAALDGATP WQAFRLVLLP LSVPILAVVF ILSFIAAITE VPVASLLLRD VN SYTLAVG MQQYLNPQNY LWGDFAAAAV MSALPITIVF LLAQRWLVN

UniProtKB: Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG

-
分子 #3: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

分子名称: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type maltose transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 40.979234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ASVQLQNVTK AWGEVVVSKD INLDIHEGEF VVFVGPSGCG KSTLLRMIAG LETITSGDLF IGEKRMNDTP PAERGVGMVF QSYALYPHL SVAENMSFGL KLAGAKKEVI NQRVNQVAEV LQLAHLLDRK PKALSGGQRQ RVAIGRTLVA EPSVFLLDEP L SNLDAALR ...文字列:
ASVQLQNVTK AWGEVVVSKD INLDIHEGEF VVFVGPSGCG KSTLLRMIAG LETITSGDLF IGEKRMNDTP PAERGVGMVF QSYALYPHL SVAENMSFGL KLAGAKKEVI NQRVNQVAEV LQLAHLLDRK PKALSGGQRQ RVAIGRTLVA EPSVFLLDEP L SNLDAALR VQMRIEISRL HKRLGRTMIY VTHDQVEAMT LADKIVVLDA GRVAQVGKPL ELYHYPADRF VAGFIGSPKM NF LPVKVTA TAIDQVQVEL PMPNRQQVWL PVESRDVQVG ANMSLGIRPE HLLPSDIADV ILEGEVQVVE QLGNETQIHI QIP SIRQNL VYRQNDVVLV EEGATFAIGL PPERCHLFRE DGTACRRLHK EPGVA

UniProtKB: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

-
分子 #4: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

分子名称: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type maltose transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 41.255527 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ASVQLQNVTK AWGEVVVSKD INLDIHEGEF VVFVGPSGCG KSTLLRMIAG LETITSGDLF IGEKRMNDTP PAERGVGMVF QSYALYPHL SVAENMSFGL KLAGAKKEVI NQRVNQVAEV LQLAHLLDRK PKALSGGQRQ RVAIGRTLVA EPSVFLLDEP L SNLDAALR ...文字列:
ASVQLQNVTK AWGEVVVSKD INLDIHEGEF VVFVGPSGCG KSTLLRMIAG LETITSGDLF IGEKRMNDTP PAERGVGMVF QSYALYPHL SVAENMSFGL KLAGAKKEVI NQRVNQVAEV LQLAHLLDRK PKALSGGQRQ RVAIGRTLVA EPSVFLLDEP L SNLDAALR VQMRIEISRL HKRLGRTMIY VTHDQVEAMT LADKIVVLDA GRVAQVGKPL ELYHYPADRF VAGFIGSPKM NF LPVKVTA TAIDQVQVEL PMPNRQQVWL PVESRDVQVG ANMSLGIRPE HLLPSDIADV ILEGEVQVVE QLGNETQIHI QIP SIRQNL VYRQNDVVLV EEGATFAIGL PPERCHLFRE DGTACRRLHK EPGVAHH

UniProtKB: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.116 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7t4e

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130237
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る