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- EMDB-49827: Complex of BREX proteins BrxB and PglZ from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49827
タイトルComplex of BREX proteins BrxB and PglZ from Salmonella typhimurium
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium str. D23580
    • タンパク質・ペプチド: DUF1788 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: PglZ domain-containing protein
キーワードRestriction / Bacteriophage / Defense / BREX / Salmonella typhimurium / Salmonella / AlphaFold / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性Alkaline phosphatase-like protein PglZ / BREX protein BrxB / BREX protein BrxB / PglZ domain / PglZ domain / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / PglZ domain-containing protein / DUF1788 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.45 Å
データ登録者Doyle LA / Stoddard B / Blower TR / Kaiser B
資金援助 英国, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y003659/1 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008695/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM148166 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140375 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5 P30 CA015704-49 米国
Other private
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: PglZ from Type I BREX phage defence systems is a metal-dependent nuclease that forms a sub-complex with BrxB.
著者: Jennifer J Readshaw / Lindsey A Doyle / Maria Puiu / Abigail Kelly / Andrew Nelson / Alex J Kaiser / Sydney F McGuire / Julieta Peralta Acosta / Darren L Smith / Barry L Stoddard / Brett K ...著者: Jennifer J Readshaw / Lindsey A Doyle / Maria Puiu / Abigail Kelly / Andrew Nelson / Alex J Kaiser / Sydney F McGuire / Julieta Peralta Acosta / Darren L Smith / Barry L Stoddard / Brett K Kaiser / Tim R Blower /
要旨: BREX (Bacteriophage Exclusion) systems, identified through shared identity with Pgl (Phage Growth Limitation) systems, are a widespread, highly diverse group of phage defence systems found throughout ...BREX (Bacteriophage Exclusion) systems, identified through shared identity with Pgl (Phage Growth Limitation) systems, are a widespread, highly diverse group of phage defence systems found throughout bacteria and archaea. The varied BREX Types harbour multiple protein subunits (between four and eight) and all encode a conserved putative phosphatase, PglZ, and an equally conserved, putative ATPase, BrxC. Almost all BREX systems also contain a site-specific methyltransferase, PglX. Despite having determined the structure and fundamental biophysical and biochemical behaviours of several BREX factors (including the PglX methyltransferase, the BrxL effector, the BrxA DNA-binding protein, and a commonly-associated transcriptional regulator, BrxR), the mechanism by which BREX impedes phage replication remains largely undetermined. In this study, we identified a stable BREX sub-complex of PglZ:BrxB, generated and validated a structural model of that protein complex, and assessed the biochemical activity of PglZ from BREX, revealing it to be a metal-dependent nuclease. PglZ can cleave cyclic oligonucleotides, linear oligonucleotides, plasmid DNA and both non-modified and modified linear phage genomes. PglZ nuclease activity has no obvious role in BREX-dependent methylation, but does contribute to BREX phage defence. BrxB binding does not impact PglZ nuclease activity. These data contribute to our growing understanding of BREX phage defence.
履歴
登録2025年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 336.6 Å		1.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 336.6 Å		1.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 336.6 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-1.9594486 - 3.3819268
平均 (標準偏差)0.0011284727 (±0.05579652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 336.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49827_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from non-uniform refinement

ファイルemd_49827_additional_1.map
注釈Unsharpened map from non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_49827_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_49827_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium ...

全体名称: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium str. D23580
要素
  • 複合体: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium str. D23580
    • タンパク質・ペプチド: DUF1788 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: PglZ domain-containing protein

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超分子 #1: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium ...

超分子名称: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium str. D23580
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)

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分子 #1: DUF1788 domain-containing protein

分子名称: DUF1788 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 22.867256 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: IDPVLEYRLS QVQSRISEER FLKNNGSGNE IGFWIFDYPA QNELQVREHL KYLLRNLEKD HKFAHLNIFQ IIVDMLTERG LFDRVCQQE VKVGTEALKK QLVGLLNQKK IADYIAKKVD LQNQEFVILT GMGNAWPLVR GHELMSALQD VMGFTPLLMF Y PGTYSGHD ...文字列:
IDPVLEYRLS QVQSRISEER FLKNNGSGNE IGFWIFDYPA QNELQVREHL KYLLRNLEKD HKFAHLNIFQ IIVDMLTERG LFDRVCQQE VKVGTEALKK QLVGLLNQKK IADYIAKKVD LQNQEFVILT GMGNAWPLVR GHELMSALQD VMGFTPLLMF Y PGTYSGHD LSPLAGIDSR NYYRAFRLVP ESGPAATLNP R

UniProtKB: DUF1788 domain-containing protein

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分子 #2: PglZ domain-containing protein

分子名称: PglZ domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 102.665305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTLQNQEFIA GLKAKFAEHR IVFWHDPDKR FLEELDNLEL ENVTLLDMTD QSQLAVKKRI EIDEPEQQFL LWFPHDAPPK EFDWLLDIR LYSTEFHADF AAITLNTLGI PQLGLREHIQ RRKAFFSTKR LSALKGLVTE QENEASLDKK MVAVIAGVKT A KTEEILFS ...文字列:
MTLQNQEFIA GLKAKFAEHR IVFWHDPDKR FLEELDNLEL ENVTLLDMTD QSQLAVKKRI EIDEPEQQFL LWFPHDAPPK EFDWLLDIR LYSTEFHADF AAITLNTLGI PQLGLREHIQ RRKAFFSTKR LSALKGLVTE QENEASLDKK MVAVIAGVKT A KTEEILFS LITQYVNQQK DDDSDLENTL AMLKRHDLEG VLWDILNQEM GYQAEHPTLE NLILKLFCTD LSAQADPQKR EW LEKNVLA TPSGRASALA FMVTWRADRR YKEAYDYCAQ QMQDALRPED QYRLSSPYDL HECETTLSIE QTIIHALVTQ LLE ESTTLD REAFKKLLSE RQSKYWCQTR QEYCAIYDAL RQAERLLNLR NRHIDGFHYQ DSATFWKAYC EELFRFDQAY RLFN EYALL VHSKGAMILK SLDDYIEALY SNWYLAELSR SWNKVLETEN RMQEWRIAGV PRQQNFYNEV VKPQFNNPQI KRVFV IISD ALRYEVAEEL GNQINTEKRF TAELRSQLGV LPSYTQLGMA ALLPHDEICY QPGSGDIVYA DGLSTSGTPN RDTILK KYK GMAVKSDDLL KWKNQQGRDL IRDYEVVYIW HNTIDAMGDS ASTEEKTFEA CRNAVVELKD LVTRVINRLH GTRIIVT AD HGFLFQQQPL SGQDKTTLQI KPDNTIKNHK RFIIGHQLPA DDFCWKGKVA DTAGVSDNSE FLIPKGIQRF HFSGGARF V HGGAMLQEVC VPVLQVKALQ KTAAEKQPQR RPVDIVKHHP LIKLVNNIDK VSLLQTHPVG ELYEPRTLNI FIVDNANNV VSGKERICFD SDNNTMEKRV RDVTLKLIGA NFNRRNEYWL ILEDAQTETG YQKYPVIIDL AFQDDFFKET AAAKFERQHM DSSTSAA

UniProtKB: PglZ domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMKClPotassium chloride
20.0 mMTris
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9417 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 4686 from grid 1 and 4731 from grid 2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15593169
詳細: 10,876,932 from blob picking on dataset 1 4,716,237 from template picking on dataset 2
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 123964
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細AlphaFold model, split into domains at "hinge" points, was rigid fit into the cryo-EM map. The following domains were used: (1) BrxB + 1-96 PglZ, (2) 97-292 PglZ, (3) 293-748 PglZ, and (4) 749-867 PglZ. The model was then simulated in the ISOLDE plug-in for ChimeraX to resolve distortions from rigid domain fitiing.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9nv3:
Hybrid model of a complex of BREX proteins BrxB and PglZ from Salmonella typhimurium

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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