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- EMDB-49728: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49728
タイトルTMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 6
    • タンパク質・ペプチド: REGN7999 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7999 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN8023 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN8023 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードSerine protease / Matriptase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein proteolysis / self proteolysis / Collagen degradation / collagen catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / extracellular matrix disassembly / BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / metalloendopeptidase activity ...membrane protein proteolysis / self proteolysis / Collagen degradation / collagen catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / extracellular matrix disassembly / BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / intracellular iron ion homeostasis / serine-type endopeptidase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, matriptase-2 / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Peptidase S1A, matriptase-2 / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Saotome K / Franklin MC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0162
最小 - 最大-0.12970822 - 0.23184638
平均 (標準偏差)0.000022760507 (±0.0031221935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49728_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49728_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab

全体名称: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab
要素
  • 複合体: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 6
    • タンパク質・ペプチド: REGN7999 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7999 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN8023 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN8023 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab

超分子名称: TMPRSS6 in complex with REGN7999 Fab and REGN8023 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transmembrane protease serine 6

分子名称: Transmembrane protease serine 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.15482 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: GYKAEVMVSQ VYSGSLRVLN RHFSQDLTRR ESSAFRSETA KAQKMLKELI TSTRLGTYYN SSSVYSFGEG PLTCFFWFIL QIPEHRRLM LSPEVVQALL VEELLSTVNS SAAVPYRAEY EVDPEGLVIL EASVKDIAAL NSTLGCYRYS YVGQGQVLRL K GPDHLASS ...文字列:
GYKAEVMVSQ VYSGSLRVLN RHFSQDLTRR ESSAFRSETA KAQKMLKELI TSTRLGTYYN SSSVYSFGEG PLTCFFWFIL QIPEHRRLM LSPEVVQALL VEELLSTVNS SAAVPYRAEY EVDPEGLVIL EASVKDIAAL NSTLGCYRYS YVGQGQVLRL K GPDHLASS CLWHLQGPKD LMLKLRLEWT LAECRDRLAM YDVAGPLEKR LITSVYGCSR QEPVVEVLAS GAIMAVVWKK GL HSYYDPF VLSVQPVVFQ ACEVNLTLDN RLDSQGVLST PYFPSYYSPQ THCSWHLTVP SLDYGLALWF DAYALRRQKY DLP CTQGQW TIQNRRLCGL RILQPYAERI PVVATAGITI NFTSQISLTG PGVRVHYGLY NQSDPCPGEF LCSVNGLCVP ACDG VKDCP NGLDERNCVC RATFQCKEDS TCISLPKVCD GQPDCLNGSD EEQCQEGVPC GTFTFQCEDR SCVKKPNPQC DGRPD CRDG SDEEHCDCGL QGPSSRIVGG AVSSEGEWPW QASLQVRGRH ICGGALIADR WVITAAHCFQ EDSMASTVLW TVFLGK VWQ NSRWPGEVSF KVSRLLLHPY HEEDSHDYDV ALLQLDHPVV RSAAVRPVCL PARSHFFEPG LHCWITGWGA LREGGPI SN ALQKVDVQLI PQDLCSEVYR YQVTPRMLCA GYRKGKKDAC QGDAGGPLVC KALSGRWFLA GLVSWGLGCG RPNYFGVY T RITGVISWIQ QVVTEQKLIS EEDLGGEQKL ISEEDLHHHH HH

UniProtKB: Transmembrane protease serine 6

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分子 #2: REGN7999 Fab light chain

分子名称: REGN7999 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.381912 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVI ITCRASQDFN SWLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QTDSFPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVI ITCRASQDFN SWLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QTDSFPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: REGN7999 Fab heavy chain

分子名称: REGN7999 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.604521 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMTWVRQA PGKGLEWVSA ISGSDTSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLF LQMNSLRAE DTAVYYCAKH QDYDFSYYYS AMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMTWVRQA PGKGLEWVSA ISGSDTSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLF LQMNSLRAE DTAVYYCAKH QDYDFSYYYS AMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTKTYTCN VDHKPSNTKV DKRVESKYGP PCPPCPAPEF LG

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分子 #4: REGN8023 Fab light chain

分子名称: REGN8023 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.117859 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDDGNTYLD WYLRKPGQSP QLLIYTLSYR ASGVPDRFSG SGSGTDFTLK ISRVEADDV GVYYCMQRIE FPLTFGGGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDDGNTYLD WYLRKPGQSP QLLIYTLSYR ASGVPDRFSG SGSGTDFTLK ISRVEADDV GVYYCMQRIE FPLTFGGGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #5: REGN8023 Fab heavy chain

分子名称: REGN8023 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.308553 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRI SCAASGFIFV DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNSGSIGY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMSGLRPE DTALYYCVKS GFYYVRSYFD NWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRI SCAASGFIFV DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNSGSIGY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMSGLRPE DTALYYCVKS GFYYVRSYFD NWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TKTYTCNVDH KPSNTKVDKR VESKYGPPCP PCPAPEFLG

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105142
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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