[日本語] English
万見
- EMDB-49656: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49656
タイトルRabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer
キーワードEMPEM / HIV / vaccine / VLP / VIRAL PROTEIN
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Lin RN / Torres JL / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI157299 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Antigen persistence and TLR stimulation contribute to induction of a durable HIV-1-specific neutralizing antibody response.
著者: Kenta Matsuda / Mitra Harrison / Eleanor Wettstein / Jessica Pederson / Alyssa A Pullano / Lyuba Bolkhovitinov / Breanna Kim / Isabel Steinberg / Trevor Griesman / Sarah Stuccio / Daniel ...著者: Kenta Matsuda / Mitra Harrison / Eleanor Wettstein / Jessica Pederson / Alyssa A Pullano / Lyuba Bolkhovitinov / Breanna Kim / Isabel Steinberg / Trevor Griesman / Sarah Stuccio / Daniel Rogan / Andy Patamawenu / Tulley Shofner / Nathaniel E Wright / Jonathan D Webber / Freya Van't Veer / Rachel Roenicke / Emma Koory / Peyton M Roeder / Ellison Ober / Benjamin Leach / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Ivan Del Moral-Sanchez / Ilja Bontjer / Lori W McGinnes-Cullen / Eric Chu / Jason Liang / Jonathan L Torres / Ryan N Lin / Andy S Tran / Gabrielle Dziubla / Leonid Serebryannyy / Sandeep Narpala / Bob Lin / Mike Castro / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / Peter D Kwong / Javier Guenaga / Richard Wyatt / Trudy Morrison / Mark Connors /
要旨: HIV-1 Env glycoprotein (Env) immunogenicity is limited in part by structural instability and extensive glycan shielding and is likely the greatest obstacle to an HIV-1 vaccine. Stabilized Env trimers ...HIV-1 Env glycoprotein (Env) immunogenicity is limited in part by structural instability and extensive glycan shielding and is likely the greatest obstacle to an HIV-1 vaccine. Stabilized Env trimers can elicit serum neutralizing antibodies, but the response is short-lived. Here we use Newcastle Disease Virus-like particle (NDV-VLP) platform to present stabilized versions of HIV-1 Env at high valency and in the context of varied conformational stability, adjuvants, dose, and antigen persistence. Influenza virus hemagglutinin, or SARS-CoV2 Spike-bearing VLPs rapidly induce neutralizing antibodies, in contrast, they were not induced by those bearing Env. A replicating adenovirus type 4 expressing Env rapidly induces autologous neutralizing antibodies. However, durable neutralizing antibodies are induced only when multiple features of a replicating virus infection are combined, with the largest impact from dose and escalating dose. In summary, we show here immunogenicity of HIV-1 Env could be improved by reproducing features of virus infection.
履歴
登録2025年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49656.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å		3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å		3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.061546247 - 0.11639508
平均 (標準偏差)0.00006255002 (±0.0050339308)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 362.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_49656_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_49656_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer

全体名称: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer
要素
  • 複合体: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer

-
超分子 #1: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer

超分子名称: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate / 詳細: 2% uranyl formate applied for 45 s
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v0r


詳細: coordinates converted to map using ChimeraX molmap and low pass filtered to 40 A
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 114209
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る