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- EMDB-49645: Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49645
タイトルCryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
マップデータCryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
試料
  • 複合体: Csm/AcrIIIA2/enolase complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • タンパク質・ペプチド: AcrIIIA2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • RNA: RNA (41-MER)
キーワードANTI-CRISPR / TYPE III CRISPR / CRYO-EM / STRUCTURAL BIOLOY / ANTI-BACTERIAL / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus ...phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / magnesium ion binding / cell surface / RNA binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 ...: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / Uncharacterized protein / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / Streptococcus phage vB_SthS-VA214 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Goswami HN / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM152081 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
著者: Goswami HN / Li H
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49645.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 4:3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 463.68 Å		0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 463.68 Å		0.83 Å/pix.
x 560 pix.
= 463.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.71647894 - 1.920383
平均 (標準偏差)0.009129143 (±0.03257047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 463.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Csm/AcrIIIA2/enolase complex

全体名称: Csm/AcrIIIA2/enolase complex
要素
  • 複合体: Csm/AcrIIIA2/enolase complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
    • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • タンパク質・ペプチド: AcrIIIA2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • RNA: RNA (41-MER)

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超分子 #1: Csm/AcrIIIA2/enolase complex

超分子名称: Csm/AcrIIIA2/enolase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #5, #7-#8, #3-#4, #6, #1
詳細: AcrIIIA2 forms a stable ternary complex with the type III-A (Csm) crRNP (CRISPR RNA-Protein complex) and host enolase
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 680 KDa

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分子 #1: RNA (41-MER)

分子名称: RNA (41-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 13.055781 KDa
配列文字列:
ACGGAAACCU UGAUUCUAAC GCUACUUCUA AAUAAGCGUU A

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分子 #2: CRISPR system Cms protein Csm5

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 41.226324 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKNDYRTFKL SLLTLAPIHI GNGEKYTSRE FIYENKKFYF PDMGKFYNKM VEKRLAEKFE AFLIQTRPNA RNNRLISFLN DNRIAERSF GGYSISETGL ESDRNPNSAG AINEVNKFIR DAFGNPYIPG SSLKGAIRTI LMNTTPKWNN ENAVNDFGRF P KENKNLIP ...文字列:
MKNDYRTFKL SLLTLAPIHI GNGEKYTSRE FIYENKKFYF PDMGKFYNKM VEKRLAEKFE AFLIQTRPNA RNNRLISFLN DNRIAERSF GGYSISETGL ESDRNPNSAG AINEVNKFIR DAFGNPYIPG SSLKGAIRTI LMNTTPKWNN ENAVNDFGRF P KENKNLIP WGPKKGKEYD DLFNAIRVSD SKPFDNKRLI LVQKWDYSAK TNKAKPLPLY RESISPLTKI EFEITTTTDE AG RLIEELG KRAQAFYKDY KAFFLSEFPD DKIQANLQYP IYLGAGSGAW TKTLFKQADG ILQRRYSRMK TKMVKKGVLK LTK APLKIV KIPSGNHSLI KNHESFYEMG KANFMIKEID K

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm5

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分子 #3: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1...

分子名称: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 86.930672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKEKIDLFY GALLHDIGKV IQRATGERKK HALVGADWFD EIADNQVISD QIRYHMANYQ SDKLGNDHLA YITYIADNIA SGVDRRQSN EESDEDASAK IWDTYTNQAD IFNVFGAQTD KRYFKPTVLN LKSKPNFASA TYEPFSKGDY AAIATRIKNE L AEFEFNQA ...文字列:
MKKEKIDLFY GALLHDIGKV IQRATGERKK HALVGADWFD EIADNQVISD QIRYHMANYQ SDKLGNDHLA YITYIADNIA SGVDRRQSN EESDEDASAK IWDTYTNQAD IFNVFGAQTD KRYFKPTVLN LKSKPNFASA TYEPFSKGDY AAIATRIKNE L AEFEFNQA QIDSLLNLFE AILSFVPSST NSKEIADISL AEHSRLTAAF ALAIYDYLED KGRHNYKEDL FTKASAFYEE EA FLLASFD LSGIQDFIYN IATSGAAKQL KARSLYLDFM SEYIADSLLD KLGLNRANLL YVGGGHAYFV LANTEKTVET LVQ FEKDFN QFLLANFQTR LYVAFGWGSF AAKDIMSELN SPESYRQIYQ KASRMISEKK ISRYDYRTLM LLNRGGKSSE RECE ICHSV ENLVSYHDQK VCDICRGLYQ FSKEIAHDHF IITENEGLPI GPNACLKGVA FEKLSQESFS RVYVKNDYKA GTIKA THVF VGDYQCDEIH KYAALSKNED GLGIKRLAVV RLDVDDLGAA FMAGFSRQGN GQYSTLSRSA TFSRSMSLFF KVYINQ FAS DKKLSIIYAG GDDVFAIGSW QDIIAFTVEL RQNFIKWTNG KLTLSAGIGL FADKTPISLM AHQTGELEEA AKGNEKD SI SLFSSDYTFK FDRFITNVYD DKLEQIRYFF NHQDERGKNF IYKLIELLRN YESEEKMNVA RLAYYLTRLE ELTDKDER D KFKQFKKLFF KWYTNNESDR KEAELALLLY VYEIRKD

UniProtKB: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)

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分子 #4: CRISPR system Cms protein Csm4

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 33.828984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTYKLYIMTF QNAHFGSGTL DSSKLTFSAD RIFSALVLEA LKMGKLDAFL AEANQDKFTL TDAFPFQFGP FLPKPIGYPK HDQIDQSVD VKEVRRQAKL SKKLQFLALE NVDDYLNGEL FENEEHAVID TVTKNQPHKD DNLYQVATTR FSNDTSLYVI A NESDLLNE ...文字列:
MTYKLYIMTF QNAHFGSGTL DSSKLTFSAD RIFSALVLEA LKMGKLDAFL AEANQDKFTL TDAFPFQFGP FLPKPIGYPK HDQIDQSVD VKEVRRQAKL SKKLQFLALE NVDDYLNGEL FENEEHAVID TVTKNQPHKD DNLYQVATTR FSNDTSLYVI A NESDLLNE LMSSLQYSGL GGKRSSGFGR FELDIQNIPL ELSDRLTKNH SDKVMSLTTA LPVDADLEEA MEDGHYLLTK SS GFAFSHA TNENYRKQDL YKFASGSTFS KTFEGQIVDV RPLDFPHAVL NYAKPLFFKL EV

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm4

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分子 #5: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

分子名称: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 24.58584 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTFAKIKFSA QIRLETGLHI GGSDAFAAIG AIDSPVIKDP ITNLPIIPGS SLKGKMRTLL AKVYNEKVAE KPSDDSDILS RLFGNSKDK RFKMGRLIFR DAFLSNADEL DSLGVRSYTE VKFENTIDRI TAEANPRQIE RAIRNSTFDF ELIYEITDEN E NQVEEDFK ...文字列:
MTFAKIKFSA QIRLETGLHI GGSDAFAAIG AIDSPVIKDP ITNLPIIPGS SLKGKMRTLL AKVYNEKVAE KPSDDSDILS RLFGNSKDK RFKMGRLIFR DAFLSNADEL DSLGVRSYTE VKFENTIDRI TAEANPRQIE RAIRNSTFDF ELIYEITDEN E NQVEEDFK VIRDGLKLLE LDYLGGSGSR GYGKVAFENL KATTVFGNYD VKTLNELLTA EV

UniProtKB: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

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分子 #6: CRISPR system Cms protein Csm2

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 16.190501 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHMAIL TDENYVDKAE RAISLLEKDN KGNYLLTTSQ IRKLLSLCSS LYDRSKERKF DELINDVSYL RVQFVYQSGR NSVRVNRQT FFPVKDLVEK GQILEALKEI KDRETLQRFC RYMEALVAYF KFYGGKD

UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm2

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分子 #7: Enolase

分子名称: Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphopyruvate hydratase
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 46.948484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSIITDVYAR EVLDSRGNPT LEVEVYTESG AFGRGMVPSG ASTGEHEAVE LRDGDKARYG GLGTQKAVDN VNNVIAEHII GFDVRDQQG IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYSYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP I AFQEFMIV ...文字列:
MSIITDVYAR EVLDSRGNPT LEVEVYTESG AFGRGMVPSG ASTGEHEAVE LRDGDKARYG GLGTQKAVDN VNNVIAEHII GFDVRDQQG IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYSYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP I AFQEFMIV PAGAPTFKEA LRWGAEIFHA LKKILKERGL ETAVGDEGGF APRFNGTEDG VETIIKAIEA AGYVPGKDVF IG LDCASSE FYDAEHKVYG YTKFEGEGAA VRTAAEQIDY LEELVNKYPI ITIEDGMDEN DWDGWKALTE RLGGKVQLVG DDF FVTNTA YLEKGIAEHA ANSILIKVNQ IGTLTETFDA IEMAKEAGYT AVVSHRSGET EDSTIADIAV ATNAGQIKTG SLSR TDRIA KYNQLLRIED QLGEVAEYRG LKSFYNLKK

UniProtKB: Enolase

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分子 #8: AcrIIIA2

分子名称: AcrIIIA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus phage vB_SthS-VA214 (ファージ)
分子量理論値: 12.228902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKNFKISSTY RAARKQQKTA NRKSFYNDEG YMISPSEWAD GVIKGLINPK NSWSNDHVKG YLPRVSPRSH WTKNGYREYL GIGKSRDIP EKEPEVIEMM DLELVV

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 250.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium Chloride / 詳細: 250mM NaCl, 30mM HEPES, 10mM Beta-mercaptoethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 325120
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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