[日本語] English
万見
- EMDB-49636: SARS-CoV-2 nsp1 bound to the Rhinolophus lepidus 40S ribosome (lo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49636
タイトルSARS-CoV-2 nsp1 bound to the Rhinolophus lepidus 40S ribosome (local refinement of the 40S head)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map
    • 複合体: SARS-CoV-2 nsp1
    • 複合体: Eukaryotic translation initiation factor 1
    • 細胞器官・細胞要素: Rhinolophus lepidus ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 15種
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードSARS-CoV-2 / RIBOSOME / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gen R / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: SARS-CoV-2 nsp1 mediates broad inhibition of translation in mammals.
著者: Risako Gen / Amin Addetia / Daniel Asarnow / Young-Jun Park / Joel Quispe / Matthew C Chan / Jack T Brown / Jimin Lee / Melody G Campbell / Christopher P Lapointe / David Veesler /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) non-structural protein 1 (nsp1) promotes innate immune evasion by inhibiting host translation in human cells. However, the role of nsp1 in ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) non-structural protein 1 (nsp1) promotes innate immune evasion by inhibiting host translation in human cells. However, the role of nsp1 in other host species remains elusive, especially in bats-natural reservoirs of sarbecoviruses with a markedly different innate immune system than humans. We reveal that nsp1 potently inhibits translation in Rhinolophus lepidus bat cells, which belong to the same genus as known sarbecovirus reservoir hosts. We determined a cryoelectron microscopy structure of nsp1 bound to the R. lepidus 40S ribosomal subunit, showing that it blocks the mRNA entry channel by targeting a highly conserved site among mammals. Accordingly, we found that nsp1 blocked protein translation in mammalian cells from several species, underscoring its broadly inhibitory activity and conserved role in numerous SARS-CoV-2 hosts. Our findings illuminate the arms race between coronaviruses and mammalian host immunity, providing a foundation for understanding the determinants of viral maintenance in bat hosts and spillover.
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49636.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.06252181 - 0.2698706
平均 (標準偏差)0.00033581076 (±0.005757029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_49636_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49636_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_49636_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map

全体名称: SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map
    • 複合体: SARS-CoV-2 nsp1
    • 複合体: Eukaryotic translation initiation factor 1
    • 細胞器官・細胞要素: Rhinolophus lepidus ribosome
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS3, RPS3
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS10, RPS10
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS12, RPS12
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS19, RPS15
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS9, RPS16
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS17, RPS17
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS13, RPS18
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS19, RPS19
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS10, RPS20
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS25, RPS25
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS31, RPS27a
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein eS28, RPS28
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS14, RPS29
      • RNA: 18S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein uS7, RPS5
      • タンパク質・ペプチド: RACK1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head map
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16

+
超分子 #3: SARS-CoV-2 nsp1

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
超分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 1

超分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Rhinolophus lepidus ribosome

超分子名称: Rhinolophus lepidus ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)

+
分子 #1: 40S ribosomal protein uS3, RPS3

分子名称: 40S ribosomal protein uS3, RPS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 26.715344 KDa
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPSGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQKG GKPEPPAMPQ PV PTA

+
分子 #2: 40S ribosomal protein eS10, RPS10

分子名称: 40S ribosomal protein eS10, RPS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 18.933846 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE FQFRGGFGRG R GQPPQ

+
分子 #3: 40S ribosomal protein eS12, RPS12

分子名称: 40S ribosomal protein eS12, RPS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

+
分子 #4: 40S ribosomal protein uS19, RPS15

分子名称: 40S ribosomal protein uS19, RPS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 17.076207 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLNRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

+
分子 #5: 40S ribosomal protein uS9, RPS16

分子名称: 40S ribosomal protein uS9, RPS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 16.477377 KDa
配列文字列:
MPSKGPLQSV QVFGRKKTAT AVAHCKRGNG LIKVNGRPLE MIEPRTLQYK LLEPVLLLGK ERFAGVDIRV RVKGGGHVAQ IYAIRQSIS KALVAYYQKY VDEASKKEIK DILIQYDRTL LVADPRRCES KKFGGPGARA RYQKSYR

+
分子 #6: 40S ribosomal protein eS17, RPS17

分子名称: 40S ribosomal protein eS17, RPS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 15.552119 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGAV

+
分子 #7: 40S ribosomal protein uS13, RPS18

分子名称: 40S ribosomal protein uS13, RPS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

+
分子 #8: 40S ribosomal protein eS19, RPS19

分子名称: 40S ribosomal protein eS19, RPS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 16.104579 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYL(NMM)GGA GVGSMT KIY GGRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDG GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AANKKH

+
分子 #9: 40S ribosomal protein uS10, RPS20

分子名称: 40S ribosomal protein uS10, RPS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

+
分子 #10: 40S ribosomal protein eS25, RPS25

分子名称: 40S ribosomal protein eS25, RPS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

+
分子 #11: 40S ribosomal protein eS31, RPS27a

分子名称: 40S ribosomal protein eS31, RPS27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

+
分子 #12: 40S ribosomal protein eS28, RPS28

分子名称: 40S ribosomal protein eS28, RPS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

+
分子 #13: 40S ribosomal protein uS14, RPS29

分子名称: 40S ribosomal protein uS14, RPS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

+
分子 #15: 40S ribosomal protein uS7, RPS5

分子名称: 40S ribosomal protein uS7, RPS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

+
分子 #16: RACK1

分子名称: RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

+
分子 #14: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 603.611188 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUG(PSU)C(PSU)CAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCA C GGCUGGUACA GUGAAACUGC GAA(PSU)GGCUC(A2M) UUAAA(PSU)CAG(PSU) UAUGGU(OMU)CC(PSU) U (OMU)GGUCGCU ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUG(PSU)C(PSU)CAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCA C GGCUGGUACA GUGAAACUGC GAA(PSU)GGCUC(A2M) UUAAA(PSU)CAG(PSU) UAUGGU(OMU)CC(PSU) U (OMU)GGUCGCU CGCUCCUCUC CUACUUGGAU AACUGUGGUA (A2M)UUCUAG(A2M)GC UAA(OMU)A(OMC)AUGC CG ACGGGCG CUGACCCCCC UCGCGGGGGG GAUGCGUGCA (PSU)UUAUCAGAU CAAAACCAAC CCGGUCAGCC UCCCCUCGG CCCCGGCCGG GGGGCGGGCG CCGGCGGCUU UGGUGACUCU AGAUAACCUC GGGCCGAUCG CACGCCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUU CGAACGUC(OMU)G CCCUAUCAAC UUUCGAUGGU AGUCGCCGUG CCUACCAUGG UGACCACGGG (PSU)GA CGGGGA AUCAGGGUUC GAU(OMU)CCGGAG A(OMG)GGAGCCUG AGAAACGGCU ACCACAU(OMC)CA AGG(A2M)AGGC A GCAGGCGCGC (A2M)AAUUACCCA CUCCCGACCC GGGGA(OMG)GU(A2M)G UGA(OMC)GAAAAA UAACAAUACA GGA CUCUUU CGAGGCCCUG UAAUUGGAAU GAGUCCACU(PSU) UAA(A2M)UCCUUU AACGAGG(A2M)UC CAUUGGAG (OMG) GCAAGUC(PSU)GG UGCCAGCAGC CGCGG(OMU)AAUU CCAGCUCCAA UA(OMG)CGUA(PSU)A(PSU) UAAAG UUGC UGCAGUU(A2M)AA AAGCUCGUAG (PSU)U(OMG)GA(PSU)CUUG GGAGCGGGCG GGCGGUCCGC CGCGAGGCGA GCCACCGCC CGUCCCCGCC CCUUGCCUCU CGGCGCCCCC UCGAUGCUCU UAGCUGAGUG UCCCGCGGGG CCCGAAG (OMC)G (OMU)UUACUUUGA AAAAA(PSU)(PSU)AGA GUG(PSU)UCAAAG CAGGCCCGAG CCGCCUGGAU ACCGCAGC U AGGAA(PSU)AA(PSU)G GAAUAGGACC GCGGUUCUAU UUUGUUGGUU UUCGGAACUG AGGCCAUGAU UAAGAGGGAC G GCCGGGGG CAUUCGUAUU GCGCCGCUAG AGGUGAAAU(PSU) CUUGGACCGG CGCAAGACGG ACCAGAGCGA AAGCAUU (PSU)G CCAAGAAUGU UUUCAUUAAU CAAGA(A2M)CGAA AGUCGGAGG(PSU) (PSU)CGAAGACGA (PSU)CAGAUAC C GUCGUAGUUC CGACCA(PSU)AAA CGAUGCCGAC UGGCGAUGCG GCGGCGUUAU UCCCAUGACC CGCCGGGCAG C (PSU)UCCGGGA AACCAAAGUC UUUGGGUUCC GGGGGGAGUA (PSU)GG(PSU)UGCAAA GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGG CACCACCAGG AGUGGAGCC(PSU) GCGGC(PSU)UAAU U(PSU)GAC(B8N)CAAC ACGGGAAACC UCACC CGGC (OMC)CGGACACGG ACAGGA(OMU)UGA CAGAUUGAUA GCUCUUUUUC GAUUCCGUGG GUGG(OMU)G(OMG)UGC AUGGC(4AC)GUU CUUAGU(PSU)GGU GGAGCGAUUU GUCUGG(PSU)UAA UUCCGAUAAC GA(A2M)CGAGACU (OMC) UGGCAUGC UAACUAGUUA CGCGACCCCC GAGCGGUCGG CGUCCCCCAA CU(OMU)CU(PSU)A(OMG)AG GGACAAGUGG CGUUCAGCC ACCCGAGAUU GAGCAAUAAC A(OMG)GUCUGUGA UGCCCUUAGA UGUCCGGGGC UGCACGCGCG CUACACU GA CUGGCUCAGC GUGUGCCUAC CCUACGCCGG CAGGCGCGGG UAACCCGUUG AACCCCAUUC GUGAUGGGGA UCGGGGAU U GCAAUUAUUC CCCAUGAACG AG(G7M)AAUUCCC AGUAAGUGCG GGUCAUAAGC UUGCGUUGAU U(A2M)AGUCCCUG C CCUU(PSU)GUA CACACCG(OMC)CC GUCGCUACUA CCGAUUGGAU GGUUUAGUGA GGCCCUCGGA UCGGCCCCGC CGGG GUCGG CCCACGGCCC UGGCGGAGCG CUGAGAAGAC GGUCGAACU(OMU) GACUAUCUAG AGGAAGUAAA AGUCGUA (6MZ)C AAGGUUUC(4AC)G UAGGUG(MA6)(MA6)CC UGCGGAAGGA UCAUUA

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 21 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #19: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 9 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 827 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1205667
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る