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- EMDB-49626: Cryo-EM structure of AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49626
タイトルCryo-EM structure of AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA 3'-5' helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA 3'-5' helicase
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードATPase / helicase / DNA / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / exonuclease activity / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / DNA binding ...DNA helicase complex / recombinational repair / exonuclease activity / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type ...PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Restriction endonuclease type II-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' helicase / DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Warren GM / De la Cruz MJ / Goldgur Y / Shuman S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of an initiation complex mycobacterial helicase-nuclease AdnAB at a blunt double-strand break reveals locl melting that engages the 3' tracking strand at the ratchet pawl of the helicase motor
著者: Warren GM / De la Cruz MJ / Goldgur Y / Meir A / Greene EC / Shuman S
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 101 pix.
= 107.464 Å		1.06 Å/pix.
x 116 pix.
= 123.424 Å		1.06 Å/pix.
x 142 pix.
= 151.088 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.8572354 - 5.336732
平均 (標準偏差)0.042834274 (±0.27347732)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin938096
サイズ116142101
Spacing101116142
セルA: 107.464005 Å / B: 123.424 Å / C: 151.088 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49626_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49626_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA

全体名称: AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA
要素
  • 複合体: AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA 3'-5' helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA 3'-5' helicase
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA

超分子名称: AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and blunt end DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: MC2 155

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分子 #1: DNA 3'-5' helicase

分子名称: DNA 3'-5' helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA 3'-5' helicase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 110.986648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: SMTTRPAESA PQTASTLLEP GSNGVVRLLG GPGTGKSSLL VDTAVQHILA GADPESVLLL TGSARLRTAA RAAITARLLG AGTVGVVRE PLVRTVHSYA FAVLRLAAQR NGDPPPRLIT SAEQDGIIRE LLAGDLEDGH RSPVGWPEQL WPALTTAGFA T ELRDLMAR ...文字列:
SMTTRPAESA PQTASTLLEP GSNGVVRLLG GPGTGKSSLL VDTAVQHILA GADPESVLLL TGSARLRTAA RAAITARLLG AGTVGVVRE PLVRTVHSYA FAVLRLAAQR NGDPPPRLIT SAEQDGIIRE LLAGDLEDGH RSPVGWPEQL WPALTTAGFA T ELRDLMAR CTERGVDPIA LQRLGRTAKR PEWLAAGRFA QAYEQIMLLR SAVGMAAPQA TVPALGAAEL VGAALEALGA DD ELLDTER NRIKLLLVDD AQHLDPQAAR LVRALAAGTG LTVIAGDPDQ SVFGYRGADP VLLRDDTHPA ITLTQSYRCA PEI ASAITG LGQRLPGVSD TRHWTGNPQR EGTVTVRLAA STHAEGTMIA DALRRAHLVD GIPWSQMAVI VRSVPRVGTA LARA LTAAG VPVQDNGTDV PVGRQPAAAA LLTVLDVTAT GHLDADSAVA LLTGPIGRVD PVTLRQLRRA LRRADGSQPP RDFGD LLVD AIEREPKGLS AEHARTLRRL RAVLTAARRS DASGADPRYT LWQAWHASGL QRRWLAASER GGSVGAQADR DLDAVT TLF DVADQYVNRT AGASLRGLVD HVTRLGAAVA RTEPETAAEA VAVLSVHGAL AGEWDFVVIA GVQEGLWPNM IPRGGVL GT QHLVDVLDGV ADMTDRTVST RAPLVAEERR LLMAAMGRAR TRVMITAVDS DTGDESLLPS PFCAEISAWA TEPVAEPP L VAPRVLAPSA LVGRLRAVVC APDGAVDDDA RACAAAQLAR LAAAGVPGAD PSQWHAMTSL TTEEPLWSEP GHVVTLSPS TLQMLTDCPL RWLLERHGGD DGRDVRSTVG SLVHALVSEP GKTESQLVNE LEKVWDDLPY DAKWYSDNEL ARHRAMLETF TRWREDTRR QLTEVATEIP VEGIVVEPGE NTPGVRVRGR LDRLERDEAG RLVVVALKTG KSPVTKDDAQ NHAQLAMYQL A VAAGLLDD GDEPGGGKLV YLGKAGAAGA TEREQDPLTP DKRAEWLETV GEAAAATAGP RFVARVNNGC ANCPVRSSCP AQ ANGDRP

UniProtKB: DNA 3'-5' helicase

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分子 #2: DNA 3'-5' helicase

分子名称: DNA 3'-5' helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA 3'-5' helicase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 118.084531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT ...文字列:
MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT PAAVTAMVLR LSGALAEHLV DTDQLRDTHV ELERLVHTLP AGPYQRDRGP SQWLLRMLAT QTERTELVPL ID ALHQRMR AEKVMDFGMQ MAAAARLAAR FPQVGEQLRQ RFRVVLLDEY QDTGHAQRIA LSSLFGGGAD DGLALTAVGD PIQ SIYGWR GASATNLPRF TTDFPYSDGT PAPTLELRTS WRNPPSTLHV ANAVSEEARR RSVAVRALRP RPDAEPGTIR CALL NNVAA ERDWVADHLA RAYHGAIGRG EAAPTAAVLV RRNADAAPMA EALTARGVPV EVVGVAGLLA VPEVADLVAM LRLIA DPTA GSAVMRILTG PRWRFGARDI AALWRRAVEL DDRPKGELGT ADIVAQAAPD ADTACVADAI CDPGDAERYS PAGYER IVA LGRELTMLRA HLGHPLPELV AEVRRVLGLD AEARAARPVA AGWAGTENLD RFSDLVSDFA GHAGASVSAL LAYLDAA VE VENGLAPAEL TVSHDRVQIL TVHAAKGLEW QVVAVPHLSA RVFPSTTQAR TWLTDASDLP PLLRGDRATE SEIGVPVL D TSDIYDRKIL SDKISDHKKS LDQRRVDEER RLLYVAITRA EDTLLLSGHH WGATESKPRG PSEFLCELKT ILEEATAAG TPCGEIEHWA PDPAPGETNP LRDQVVEALW PPVASADDHV HRGAQLVAAA MAGEVSAEAD QEGWAADVDA LLAERERPPQ QEDTELPGQ LSVSTLVELS RDPKAALTRL RRRLPQRPDP HALLGTTFHE WVQRYFHAER LFDLDDLPGA VDSDSGRAVE E SLAELQDA FVKSPWAART PVEVEVPFDM VLGETVVRGR IDAVFAEPDG TTMVLAWKTG DPPETPEAKE HAAVQLAVYR LA WAAMRGC PPESVRAAFH YVRSGQTVIP ETLPGAEELV KLLAAAPTET AEEADRIT

UniProtKB: DNA 3'-5' helicase

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分子 #3: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.112617 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DA)

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ppr

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104148
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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