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万見
- EMDB-49592: CryoEM structure of RibD-enolase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49592
タイトルCryoEM structure of RibD-enolase complex
マップデータcryoEM map
試料
  • 複合体: RibD-enolase complex
    • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • タンパク質・ペプチド: Riboflavin biosynthesis protein RibD
キーワードreductase / deaminase / glycolysis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / riboflavin biosynthetic process / glycolytic process / cell surface ...5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / riboflavin biosynthetic process / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Riboflavin biosynthesis protein RibD / : / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain ...Riboflavin biosynthesis protein RibD / : / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Riboflavin biosynthesis protein RibD / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Liu X / Clemens D / Lee B / Aguirre R / Horwitz M / Zhou ZH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI151055 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Structure, identification and characterization of the RibD-enolase complex in Francisella.
著者: Xiaoyu Liu / Daniel L Clemens / Bai-Yu Lee / Roman Aguirre / Marcus A Horwitz / Z Hong Zhou /
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49592.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-4.030287 - 5.48025
平均 (標準偏差)-0.00020853446 (±0.10625714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49592_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_49592_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_49592_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RibD-enolase complex

全体名称: RibD-enolase complex
要素
  • 複合体: RibD-enolase complex
    • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • タンパク質・ペプチド: Riboflavin biosynthesis protein RibD

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超分子 #1: RibD-enolase complex

超分子名称: RibD-enolase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)

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分子 #1: Enolase

分子名称: Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphopyruvate hydratase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
株: strain U112
分子量理論値: 49.562883 KDa
配列文字列: MSSQIKQVFA RQILDSRGNP TVEVDVVLES GAFGRAAVPS GASTGIREAL ELRDGNKALF LGKSVYKAVE NVNTKIAQAV KGLDALDQR LIDKTMIELD GSENKKNLGA NAILGVSLAT ARAAASHLRK PFYRYLMDVK EYLMPVPMMN VINGGSHADN N VDMQEFMI ...文字列:
MSSQIKQVFA RQILDSRGNP TVEVDVVLES GAFGRAAVPS GASTGIREAL ELRDGNKALF LGKSVYKAVE NVNTKIAQAV KGLDALDQR LIDKTMIELD GSENKKNLGA NAILGVSLAT ARAAASHLRK PFYRYLMDVK EYLMPVPMMN VINGGSHADN N VDMQEFMI VPAGFDTFSE ALRCGTEVFH TLKKVLIADG YSVAGVGDEG GYAPDLPSNE AAIEAILKAV KEAGYEPGKH VF IALDPAS SEFYKDGKYE LKSENKSLTS EEMIDYYAAW VEKYPIVSIE DGLAEEDWAG WKLLTEKLGN KVQLVGDDLF VTN PSILAK GIEKGIANSI LIKLNQIGTL TETFEAMAMA GQAGYTCVVS HRSGETSDTI IADLAVATCS GQIKTGSLSR SDRI AKYNQ LLRIEEELGE NAIYPGIKAF VFNSDEEVEE DVQEIIVEDS EAEKVVVQVE E

UniProtKB: Enolase

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分子 #2: Riboflavin biosynthesis protein RibD

分子名称: Riboflavin biosynthesis protein RibD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
株: strain U112
分子量理論値: 39.638863 KDa
配列文字列: MKNIDKYYMQ QALTLANRGR LTVSPNPMVG CIIVKNGAII SEGWHETVGE AHAEVHALIK VGDKAKGATA YVTLEPCCHH GRTPPCTDT IIKAGIKKVI IATLDPNPKV AGKGVERLKN AGITVEVGLL EKQAQELNKI FFHYQTTKKP FVYAKWAMSL D GKIAVNDG ...文字列:
MKNIDKYYMQ QALTLANRGR LTVSPNPMVG CIIVKNGAII SEGWHETVGE AHAEVHALIK VGDKAKGATA YVTLEPCCHH GRTPPCTDT IIKAGIKKVI IATLDPNPKV AGKGVERLKN AGITVEVGLL EKQAQELNKI FFHYQTTKKP FVYAKWAMSL D GKIAVNDG DSKKISSHQA FVNTHELRNI CDAILIGKQT LIDDNPSLDV RININKIKHP TRFILANHLT TINHNWRVLD QR HAKTIFV CSKISAQVAT KLNQLGIEYW LLPQSQHQVC LDTLLEKMGK IGITSLLVEG GNKTLNSFIN QKLVNEFYTY LAP VIIADY NPKQQLSFNQ ISVREDIIIN SCFKENSNV

UniProtKB: Riboflavin biosynthesis protein RibD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 356717
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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