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- EMDB-49591: Cryo-ET map of the VZV capsid vertex (5-fold axis). -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49591
タイトルCryo-ET map of the VZV capsid vertex (5-fold axis).
マップデータCryo-ET map of the VZV capsid vertex.
試料
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: ORF40
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: ORF20
    • タンパク質・ペプチド: ORF41
    • タンパク質・ペプチド: ORF43
    • タンパク質・ペプチド: ORF34
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
キーワードVaricella-zoster virus / capsid / cryo-ET / cryo-FIB / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / viral genome packaging / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral process / chromosome organization / viral penetration into host nucleus / viral capsid ...deNEDDylase activity / viral genome packaging / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral process / chromosome organization / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / DNA polymerase family B signature. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF43 / ORF41 / ORF40 / ORF34 / Small capsomere-interacting protein / ORF20 / Large tegument protein deneddylase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Oliver SL / Chen M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryogenic Electron Tomography Redefines Herpesvirus Capsid Assembly Intermediates Inside the Cell Nucleus.
著者: Stefan L Oliver / Muyuan Chen / Leeya Engel / Corey W Hecksel / Xueting Zhou / Michael F Schmid / Ann M Arvin / Wah Chiu
要旨: Herpesviruses encapsulate their double-stranded DNA (dsDNA) genomes within an icosahedral nucleocapsid formed in the infected cell nucleus. Four biochemically purified nucleocapsids have been ...Herpesviruses encapsulate their double-stranded DNA (dsDNA) genomes within an icosahedral nucleocapsid formed in the infected cell nucleus. Four biochemically purified nucleocapsids have been characterized, but their roles in herpesvirus replication remain controversial. The status of the capsid vertex-specific component (CVSC), essential for capsid stability and dsDNA packaging and retention, is also unclear. By integrating cryogenic focused ion beam milling with electron tomography and subtomogram averaging, we derived atomic models for all protein components, including the CVSC, across different herpesvirus capsid types within infected cell nuclei. Focused classification of pentonal vertex densities revealed differences in CVSC occupancy between genome-filled capsids and capsids lacking dsDNA, highlighting structural heterogeneity and providing insight into distinct capsid assembly stages . These intra-nuclear findings redefine the maturation model of herpesvirus capsid assembly, advancing the understanding of herpesvirus replication, and demonstrate the effectiveness of electron imaging by studying virus assembly within host cells.
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49591.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-ET map of the VZV capsid vertex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.44 Å/pix.
x 192 pix.
= 660.48 Å		3.44 Å/pix.
x 192 pix.
= 660.48 Å		3.44 Å/pix.
x 192 pix.
= 660.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05
最小 - 最大-7.3818445 - 14.690272
平均 (標準偏差)0.032990295 (±0.42300716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 660.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49591_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-ET odd half map of the VZV capsid vertex.

ファイルemd_49591_half_map_1.map
注釈Cryo-ET odd half map of the VZV capsid vertex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-ET even half map of the VZV capsid vertex.

ファイルemd_49591_half_map_2.map
注釈Cryo-ET even half map of the VZV capsid vertex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 3

全体名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: ORF40
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: ORF20
    • タンパク質・ペプチド: ORF41
    • タンパク質・ペプチド: ORF43
    • タンパク質・ペプチド: ORF34
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3

超分子名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / Sci species strain: pOka / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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分子 #1: ORF40

分子名称: ORF40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 155.145359 KDa
配列文字列: MTTVSCPANV ITTTESDRIA GLFNIPAGII PTGNVLSTIE VCAHRCIFDF FKQIRSDDNS LYSAQFDILL GTYCNTLNFV RFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIAS EALSLLSNTY V DGTEIDSS ...文字列:
MTTVSCPANV ITTTESDRIA GLFNIPAGII PTGNVLSTIE VCAHRCIFDF FKQIRSDDNS LYSAQFDILL GTYCNTLNFV RFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIAS EALSLLSNTY V DGTEIDSS LRIRAIQQMA RNLRTVLDSF ERGTADQLLG VLLEKAPPLS LLSPINKFQP EGHLNRVARA ALLSDLKRRV CA DMFFMTR HAREPRLISA YLSDMVSCTQ PSVMVSRITH TNTRGRQVDG VLVTTATLKR QLLQGILQID DTAADVPVTY GEM VLQGTN LVTALVMGKA VRGMDDVARH LLDITDPNTL NIPSIPPQSN SDSTTAGLPV NARVPADLVI VGDKLVFLEA LERR VYQAT RVAYPLIGNI DITFIMPMGV FQANSMDRYT RHAGDFSTVS EQDPRQFPPQ GIFFYNKDGI LTQLTLRDAM GTICH SSLL DVEATLVALR QQHLDRQCYF GVYVAEGTED TLDVQMGRFM ETWADMMPHH PHWVNEHLTI LQFIAPSNPR LRFELN PAF DFFVAPGDVD LPGPQRPPEA MPTVNATLRI INGNIPVPLC PISFRDCRGT QLGLGRHTMT PATIKAVKDT FEDRAYP TI FYMLEAVIHG NERNFCALLR LLTQCIRGYW EQSHRVAFVN NFHMLMYITT YLGNGELPEV CINIYRDLLQ HVRALRQT I TDFTIQGEGH NGETSEALNN ILTDDTFIAP ILWDCDALIY RDEAARDRLP AIRVSGRNGY QALHFVDMAG HNFQRRDNV LIHGRPVRGD TGQGIPITPH HDREWGILSK IYYYIVIPAF SRGSCCTMGV RYDRLYPALQ AVIVPEIPAD EEAPTTPEDP RHPLHAHQL VPNSLNVYFH NAHLTVDGDA LLTLQELMGD MAERTTAILV SSAPDAGAAT ATTRNMRIYD GALYHGLIMM A YQAYDETI ATGTFFYPVP VNPLFACPEH LASLRGMTNA RRVLAKMVPP IPPFLGANHH ATIRQPVAYH VTHSKSDFNT LT YSLLGGY FKFTPISLTH QLRTGFHPGI AFTVVRQDRF ATEQLLYAER ASESYFVGQI QVHHHDAIGG VNFTLTQPRA HVD LGVGYT AVCATAALRC PLTDMGNTAQ NLFFSRGGVP MLHDNVTESL RRITASGGRL NPTEPLPIFG GLRPATSAGI ARGQ ASVCE FVAMPVSTDL QYFRTACNPR GRASGMLYMG DRDADIEAIM FDHTQSDVAY TDRATLNPWA SQKHSYGDRL YNGTY NLTG ASPIYSPCFK FFTPAEVNTN CNTLDRLLME AKAVASQSST DTEYQFKRPP GSTEMTQDPC GLFQEAYPPL CSSDAA MLR TAHAGETGAD EVHLAQYLIR DASPLRGCLP LPR

UniProtKB: ORF40

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分子 #2: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 24.440119 KDa
配列文字列: MTQPASSRVV FDPSNPTTFS VEAIAAYTPV ALIRLLNASG PLQPGHRVDI ADARSIYTVG AAASAARARA NHNANTIRRT AMFAETDPM TWLRPTVGLK RTFNPRIIRP QPPNPSMSLG ISGPTILPQK TQSADQSALQ QPAALAFSGS SPQHPPPQTT S ASVGQQQH ...文字列:
MTQPASSRVV FDPSNPTTFS VEAIAAYTPV ALIRLLNASG PLQPGHRVDI ADARSIYTVG AAASAARARA NHNANTIRRT AMFAETDPM TWLRPTVGLK RTFNPRIIRP QPPNPSMSLG ISGPTILPQK TQSADQSALQ QPAALAFSGS SPQHPPPQTT S ASVGQQQH VVSGSSGQQP QQGAQSSTVQ PTTGSPPAAQ GVPQSTPPPT QNTPQGGKGQ TLSHTGQSGN ASRSRRV

UniProtKB: Small capsomere-interacting protein

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分子 #3: ORF20

分子名称: ORF20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 54.02818 KDa
配列文字列: MGSQPTNSHF TLNEQTLCGT NISLLGNNRF IQIGNGLHMT YAPGFFGNWS RDLTIGPRFG GLNKQPIHVP PKRTETASIQ VTPRSIVIN RMNNIQINPT SIGNPQVTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHAG SIVLILRHPS DMIGEANTLT Q AGRDPDVL ...文字列:
MGSQPTNSHF TLNEQTLCGT NISLLGNNRF IQIGNGLHMT YAPGFFGNWS RDLTIGPRFG GLNKQPIHVP PKRTETASIQ VTPRSIVIN RMNNIQINPT SIGNPQVTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHAG SIVLILRHPS DMIGEANTLT Q AGRDPDVL LEGLRNLFNA CTAPWTVGEG GGLRAYVTSL SFIAACRAEE YTDKQAADAN RTAIVSAYGC SRMETRLIRF SE CLRAMVQ CHVFPHRFIS FFGSLLEYTI QDNLCNITAV AKGPQEAART DKTSTRRVTA NIPACVFWDV DKDLHLSADG LKH VFLVFV YTQRRQREGV RLHLALSQLN EQCFGRGIGF LLGRIRAENA AWGTEGVANT HQPYNTRALP LVQLSNDPTS PRCS IGEIT GVNWNLARQR LYQWTGDFRG LPTQLSCMYA AYTLIGTIPS ESVRYTRRME RFGGYNVPTI WLEGVVWGGT NTWNE CYY

UniProtKB: ORF20

-
分子 #4: ORF41

分子名称: ORF41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 34.421914 KDa
配列文字列: MAMPFEIEVL LPGELSPAET SALQKCEGKI ITFSTLRHRA SLVDIALSSY YINGAPPDTL SLLEAYRMRF AAVITRVIPG KLLAHAIGV GTPTPGLFIQ NTSPVDLCNG DYICLLPPVF GSADSIRLDS VGLEIVFPLT IPQTLMREII AKVVARAVER T AAGAQILP ...文字列:
MAMPFEIEVL LPGELSPAET SALQKCEGKI ITFSTLRHRA SLVDIALSSY YINGAPPDTL SLLEAYRMRF AAVITRVIPG KLLAHAIGV GTPTPGLFIQ NTSPVDLCNG DYICLLPPVF GSADSIRLDS VGLEIVFPLT IPQTLMREII AKVVARAVER T AAGAQILP HEVLRGADVI CYNGRRYELE TNLQHRDGSD AAIRTLVLNL MFSINEGCLL LLALIPTLLV QGAHDGYVNL LI QTANCVR ETGQLINIPP MPRIQDGHRR FPIYETISSW ISTSSRLGDT LGTRAILRVC VFDGPSTVHP GDRTAVIQV

UniProtKB: ORF41

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分子 #5: ORF43

分子名称: ORF43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 73.97843 KDa
配列文字列: MEAHLANETK HALWHNDHTK GLLHVVIPNA GLIAAGIDPA LLILKKPGQR FKVEVQTRYH ATGQCEPWCQ VFAAYIPDNA LTNLLIPKT EPFVSHVFSA THNSGGLILS LPVYLSPGLF FDAFNVVAIR INTGNRKHRD ICIMYAELIP NGTRYFADGQ R VLLLCKQL ...文字列:
MEAHLANETK HALWHNDHTK GLLHVVIPNA GLIAAGIDPA LLILKKPGQR FKVEVQTRYH ATGQCEPWCQ VFAAYIPDNA LTNLLIPKT EPFVSHVFSA THNSGGLILS LPVYLSPGLF FDAFNVVAIR INTGNRKHRD ICIMYAELIP NGTRYFADGQ R VLLLCKQL IAYIRCTPRL ASSIKIYAEH MVAAMGESHT SNGDNIGPVS SIIDLDRQLT SGGIDDSPAE TRIQENNRDV LE LIKRAVN IVNSRHPVRP SSSRVASGLL QSAKGHGAQT SNTDPINNGS FDGVLEPPGQ GRFTGKKNNS SASIPPLQDV LLF TPASTE PQSLMEWFDI CYAQLVSGDT PADFWKRRPL SIVPRHYAES PSPLIVVSYN GSSAWGGRIT GSPILYHSAQ AIID AACIN ARVDNPQSLH VTARQELVAR LPFLANVLNN QTPLPAFKPG AEMFLNQVFK QACVTSLTQG LITELQTNPT LQQLM EYDI ADSSQTVIDE IVARTPDLIQ TIVSVLTEMS MDAFYNSSLM YAVLAYLSSV YTRPQGGGYI PYLHASFPCW LGNRSI YLF DYYNSGGEIL KLSKVPVPVA LEKVGIGNST QLRGKFIRSA DIVDIGICSK YLPGQCYAYI CLGFNQQLQS ILVLPGG FA ACFCITDTLQ AALPASLIGP ILDRFCFSIP NPHK

UniProtKB: ORF43

-
分子 #6: ORF34

分子名称: ORF34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 65.253941 KDa
配列文字列: MTARYGFGSI SFPNKCGIFL STTKNFIAPN FPIHYWTAPA FELRGRMNPD LEKNTLTLKN AAAVAALDNL RGETITLPTE IDRRLKPLE EQLTRMAKVL DSLETAAAEA EEADAQSEEC TRTEIIRNES IHPEVQIAKN DAPLQYDTNF QVDFITLVYL G RARGNNSP ...文字列:
MTARYGFGSI SFPNKCGIFL STTKNFIAPN FPIHYWTAPA FELRGRMNPD LEKNTLTLKN AAAVAALDNL RGETITLPTE IDRRLKPLE EQLTRMAKVL DSLETAAAEA EEADAQSEEC TRTEIIRNES IHPEVQIAKN DAPLQYDTNF QVDFITLVYL G RARGNNSP GIVFGPWYRT LQERLVLDRP VAARGVDCKD GRISRTFMNT TVTCLQSAGR MYVGDRAYSA FECAVLCLYL MY RTSNSVH EPQVSSFGNL IEHLPEYTET FVNYMTTHEN KNSYQFCYDR LPRDQFHARG GRYDQGALTS HSVMDALIRL QVL PPAPGQ FNPGVNDIID RNHTAYVDKI QQAAAAYLER AQNVFLMEDQ TLLRLTIDTI TALLLLRRLL WNGNVYGDKL KNNF QLGLI VSEATGTPTN NVILRGATGF DGKFKSGNNN FQFLCERYIA PLYTLNRTTE LTEMFPGLVA LCLDAHTQLS RGSLG RTVI DISSGQYQDR LISLIALELE HRRQNVTSLP IAAVVSIHDS VMLQYERGLG MLMHQPRVRA ALEESRRLAQ FNVNSD YDL LYFVCLGVIP QFASTP

UniProtKB: ORF34

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分子 #7: Large tegument protein deneddylase

分子名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 306.666938 KDa
配列文字列: MDIIPPIAVT VAGVGSRNQF DGALGPASGL SCLRTSLSFL HMTYAHGINA TLSSDMIDGC LQEGAAWTTD LSNMGRGVPD MCALVDLPN RISYIKLGDT TSTCCVLSRI YGDSHFFTVP DEGFMCTQIP ARAFFDDVWM GREESYTIIT VDSTGMAIYR Q GNISFIFD ...文字列:
MDIIPPIAVT VAGVGSRNQF DGALGPASGL SCLRTSLSFL HMTYAHGINA TLSSDMIDGC LQEGAAWTTD LSNMGRGVPD MCALVDLPN RISYIKLGDT TSTCCVLSRI YGDSHFFTVP DEGFMCTQIP ARAFFDDVWM GREESYTIIT VDSTGMAIYR Q GNISFIFD PHGHGTIGQA VVVRVNTTDV YSYIASEYTH RPDNVESQWA AALVFFVTAN DGPVSEEALS SAVTLIYGSC DT YFTDEQY CEKLVTAQHP LLLSPPNSTT IVLNKSSIVP LHQNVGESVS LEATLHSTLT NTVALDPRCS YSEVDPWHAV LET TSTGSG VLDCRRRRRP SWTPPSSEEN LACIDDGLVN NTHSTDNLHK PAKKVLKFKP TVDVPDKTQV AHVLPRLREV ANTP DVVLN VSNVDTPESS PTFSRNMNVG SSLKDRKPFL FEQSGDVNMV VEKLLQHGHE ISNGYVQNAV GTLDTVITGH TNVPI WVTR PLVMPDEKDP LELFINLTIL RLTGFVVENG TRTHHGATSV VSDFIGPLGE ILTGFPSAAE LIRVTSLILT NMPGAE YAI KTVLRKKCTI GMLIIAKFGL VAMRVQDTTG ALHAELDVLE ADLGGSSPID LYSRLSTGLI SILNSPIISH PGLFAEL IP TRTGSLSERI RLLCELVSAR ETRYMREHTA LVSSVKALEN ALRSTRNKID AIQIPEVPQE PPEETDIPPE ELIRRVYE I RSEVTMLLTS AVTEYFTRGV LYSTRALIAE QSPRRFRVAT ASTAPIQRLL DSLPEFDAKL TAIISSLSIH PPPETIQNL PVVSLLKELI KEGEDLNTDT ALVSWLSVVG EAQTAGYLSR REFDELSRTI KTINTRATQR ASAEAELSCF NTLSAAVDQA VKDYETYNN GEVKYPEITR DDLLATIVRA TDDLVRQIKI LSDPMIQSGL QPSIKRRLET RLKEVQTYAN EARTTQDTIK S RKQAAYNK LGGLLRPVTG FVGLRAAVDL LPELASELDV QGALVNLRTK VLEAPVEIRS QLTGDFWALF NQYRDILEHP GN ARTSVLG GLGACFTAII EIVPIPTEYR PSLLAFFGDV ADVLASDIAT VSTNPESESA INAVVATLSK ATLVSSTVPA LSF VLSLYK KYQALQQEIT NTHKLTELQK QLGDDFSTLA VSSGHLKFIS SSNVDDYEIN DAILSIQTNV HALMDTVKLV EVEL QKLPP HCIAGTSTLS RVVKDLHKLV TMAHEKKEQA KVLITDCERA HKQQTTRVLY ERWTRDIIAC LEAMETRHVF NGTEL ARLR DMAAAGGFDI HAVYPQARQV VAACETTAVT ALDTVFRHNP HTPENTNIPP PLALLRGLTW FDDFSITAPV FTVMFP GVS IEGLLLLMRI RAVVLLSADT SINGIPNYRD MILRTSGDLL QIPALAGYVD FYTRSYDQFI TESVTLSELR ADIRQAA GA KLTEANKALE EVTHVRAHET AKLALKEGVF ITLPSEGLLI RAIEYFTTFD HKRFIGTAYE RVLQTMVDRD LKEANAEL A QFRMVCQATK NRAIQILQNI VDTANATEQQ EDVDFTNLKT LLKLTPPPKT IALAIDRSTS VQDIVTQFAL LLGRLEEET GTLDIQAVDW MYQARNIIDS HPLSVRIDGT GPLHTYKDRV DKLYALRTKL DLLRRRIETG EVTWDDAWTT FKRETGDMLA SGDTYATSV DSIKALQASA SVVDMLCSEP EFFLLPVETK NRLQKKQQER KTALDVVLQK QRQFEETASR LRALIERIPT E SDHDVLRM LLHDFDQFTH LPIWIKTQYM TFRNLLMVRL GLYASYAEIF PPASPNGVFA PIPAMSGVCL EDQSRCIRAR VA AFMGEAS VVQTFREARS SIDALFGKNL TFYLDTDGVP LRYRVCYKSV GVKLGTMLCS QGGLSLRPAL PDEGIVEETT LSA LRVANE VNELRIEYES AIKSGFSAFS TFVRHRHAEW GKTNARRAIA EIYAGLITTT LTRQYGVHWD KLIYSFEKHH LTSV MGNGL TKPIQRRGDV RVLELTLSDI VTILVATTPV HLLNFARLDL IKQHEYMART LRPVIEAAFR GRLLVRSLDG DPKGN ARAF FNAAPSKHKL PLALGSNQDP TGGRIFAFRM ADWKLVKMPQ KITDPFAPWQ LSPPPGVKAN VDAVTRIMAT DRLATI TVL GRMCLPPISL VSMWNTLQPE EFAYRTQDDV DIIVDARLDL SSTLNARFDT APSNTTLEWN TDRKVITDAY IQTGATT VF TVTGAAPTHV SNVTAFDIAT TAILFGAPLV IAMELTSVFS QNSGLTLGLK LFDSRHMATD SGISSAVSPD IVSWGLRL L HMDPHPIENA CLIVQLEKLS ALIANKPLTN NPPCLLLLDE HMNPSYVLWE RKDSIPAPDY VVFWGPESLI DLPYIDSDE DSFPSCPDDP FYSQIIAGYA PQGPPNLDTT DFYPTEPLFK SPVQVVRSSK CKKMPVQPVQ PAQPVQPAQP AQPVQPAQPI EPGTQIVVQ NFKKPQSVKT TLSQKDIPLY VETESETAVL IPKQLTTSIK TTVCKSITPP NNQLSDWKNN PQQNQTLNQA F NKPILEIT SIPTDDSISY RTWIEKSNQT QKRHQNDPRM YNSKTVFHPV NNQLPSWVDT AADAPQTDLL TNYKTRQPSP NF PRDVHTW GVSSNPFNSP NRDLYESDFS EPSDGYSSES ENSIVLSLDE HRSCRVPRHV RVVNADVVTG RRYVRGTALG ALA LLSQAC RRMIDNVRYT RKLLMDHTED IFQGLGYVKL LLDGTYI

UniProtKB: Large tegument protein deneddylase

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.974 sec. / 平均電子線量: 1.577 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 3804
抽出トモグラム数: 69 / 使用した粒子像数: 3804
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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