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- EMDB-49563: Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49563
タイトルComposite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
マップデータComposite map of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
試料
  • 複合体: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase/primase complex-associated protein
  • リガンド: Amenamevir
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードDNA replication / HSV-1 helicase-primase / VIRAL PROTEIN / Transferase-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA replication helicase, Herpesvirus / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication helicase / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者He Q / Baranovskiy AG / Morstadt LM / Babayeva ND / Lim C / Tahirov TH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152032 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM150023 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of herpesvirus helicase-primase inhibition by pritelivir and amenamevir.
著者: Andrey G Baranovskiy / Qixiang He / Yoshiaki Suwa / Lucia M Morstadt / Nigar D Babayeva / Ci Ji Lim / Tahir H Tahirov /
要旨: Widespread herpesvirus infections are associated with various diseases. DNA replication of human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) requires a helicase-primase (HP) complex of three core proteins: ...Widespread herpesvirus infections are associated with various diseases. DNA replication of human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) requires a helicase-primase (HP) complex of three core proteins: UL5, UL52, and UL8. This complex unwinds viral DNA and synthesizes primers for DNA replication, making it an attractive antiviral target. Although HP inhibitors pritelivir and amenamevir were identified through screening, their binding mechanisms remain unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of HSV-1 HP bound to a forked DNA template alone and in complex with pritelivir or amenamevir. The structures reveal a bilobed architecture highlighting HP coordinated action at the replication fork and providing a structural basis for HP inhibition by illustrating precisely how pritelivir and amenamevir block helicase activity. Data lay a solid foundation for the development of improved antiviral therapies.
履歴
登録2025年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065
最小 - 最大-0.7822326 - 1.2348579
平均 (標準偏差)0.000083575964 (±0.017864835)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir

全体名称: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
要素
  • 複合体: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase/primase complex-associated protein
  • リガンド: Amenamevir
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir

超分子名称: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir sovled using cryo-EM single-particle analysis
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.114381 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG) (DT)(DC)(DA)

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分子 #2: DNA replication helicase

分子名称: DNA replication helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 95.760805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GRAEAFLNFT SMHGVQPILK RIRELSQQQL DGAQVPHLQW FRDVAALESP AGLPLREFPF AVYLITGNAG SGKSTCVQTI NEVLDCVVT GATRIAAQNM YAKLSGAFLS RPINTIFHEF GFRGNHVQAQ LGQYPYTLTS NPASLEDLQR RDLTYYWEVI L DLTKRALA ...文字列:
GRAEAFLNFT SMHGVQPILK RIRELSQQQL DGAQVPHLQW FRDVAALESP AGLPLREFPF AVYLITGNAG SGKSTCVQTI NEVLDCVVT GATRIAAQNM YAKLSGAFLS RPINTIFHEF GFRGNHVQAQ LGQYPYTLTS NPASLEDLQR RDLTYYWEVI L DLTKRALA ASGGEELRNE FRALAALERT LGLAEGALTR LAPATHGALP AFTRSNVIVI DEAGLLGRHL LTAVVYCWWM IN ALYHTPQ YAARLRPVLV CVGSPTQTAS LESTFEHQKL RCSVRQSENV LTYLICNRTL REYARLSYSW AIFINNKRCV EHE FGNLMK VLEYGLPITE EHMQFVDRFV VPENYITNPA NLPGWTRLFS SHKEVSAYMA KLHAYLKVTR EGEFVVFTLP VLTF VSVKE FDEYRRLTHQ PGLTIEKWLT ANASRITNYS QSQDQDAGHM RCEVHSKQQL VVARNDVTYV LNSQIAVTAR LRKLV FGFS GTFRAFEAVL RDDSFVKTQG ETSVEFAYRF LSRLIFSGLI SFYNFLQRPG LDATQRTLAY ARMGELTAEI LSLRPK SSG VPTQASVMAD AGAPGERAFD FKQLGPRDGG PDDFPDDDLD VIFAGLDEQQ LDVFYCHYTP GEPETTAAVH TQFALLK RA FLGRFRILQE LFGEAFEVAP FSTYVDNVIF RGCEMLTGSP RGGLMSVALQ TDNYTLMGYT YARVFAFADE LRRRHATA N VAELLEEAPL PYVVLRDQHG FMSVVNTNIS EFVESIDSTE LAMAINADYG ISSKLAMTIT RSQGLSLDKV AICFTPGNL RLNSAYVAMS RTTSSEFLRM NLNPLRERHE RDDVISEHIL SALRDPNVVI VY

UniProtKB: DNA replication helicase

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分子 #3: DNA primase

分子名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 114.558562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ...文字列:
MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ASPRTGRDAA AAQYDQGASL RSLVGRTSLG QRGLTTLYVH HEVRVLAAYR RAYYGSAQSP FWFLSKFGPD EK SLVLTTR YYLLQAQRLG GAGATYDLQA IKDICATYAI PHAPRPDTVS AASLTSFAAI TRFCCTSQYA RGAAAAGFPL YVE RRIAAD VRETSALEKF ITHDRSCLRV SDREFITYIY LAHFECFSPP RLATHLRAVT THDPNPAAST EQPSPLGREA VEQF FCHVR AQLNIGEYVK HNVTPRETVL DGDTAKAYLR ARTYAPGALT PAPAYCGAVD SATKMMGRLA DAEKLLVPRG WPAFA PASP GEDTAGGTPP PQTCGIVKRL LRLAATEQQG PTPPAIAALI RNAAVQTPLP VYRISMVPTG QAFAALAWDD WARITR DAR LAEAVVSAEA AAHPDHGALG RRLTDRIRAQ GPVMPPGGLD AGGQMYVNRN EIFNGALAIT NIILDLDIAL KEPVPFR RL HEALGHFRRG ALAAVQLLFP AARVDPDAYP CYFFKSACRP GPASVGSGSG LGNDDDGDWF PCYDDAGDEE WAEDPGAM D TSHDPPDDEV AYFDLCHEVG PTAEPRETDS PVCSCTDKIG LRVCMPVPAP YVVHGSLTMR GVARVIQQAV LLDRDFVEA IGSYVKNFLL IDTGVYAHGH SLRLPYFAKI APDGPACGRL LPVFVIPPAC KDVPAFVAAH ADPRRFHFHA PPTYLASPRE IRVLHSLGG DYVSFFERKA SRNALEHFGR RETLTEVLGR YNVQPDAGGT VEGFASELLG RIVACIETHF PEHAGEYQAV S VRRAVSKD DWVLLQLVPV RGTLQQSLSC LRFKHGRASR ATARTFVALS VGANNRLCVS LCQQCFAAKC DSNRLHTLFT ID AGTPCSP SVPCSTSQPS S

UniProtKB: DNA primase

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分子 #4: DNA helicase/primase complex-associated protein

分子名称: DNA helicase/primase complex-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 80.005664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR ...文字列:
MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR VAEHPDARLA WARLAAIRDT PQCASAASLT VNITTGTALF AREYQTLAFP PIKKEGAFGD LVEVCEVGLR PR GHPQRVT ARVLLPRDYD YFVSAGEKFS APALVALFRQ WHTTVHAAPG ALAPVFAFLG PEFEVRGGPV PYFAVLGFPG WPT FTVPAT AESARDLVRG AAAAYAALLG AWPAVGARVV LPPRAWPGVA SAAAGCLLPA VREAVARWHP ATKIIQLLDP PAAV GPVWT ARFCFPGLRA QLLAALADLG GSGLADPHGR TGLARLDALV VAAPSEPWAG AVLERLVPDT CNACPALRQL LGGVM AAVC LQIEETASSV KFAVCGGDGG AFWGVFNVDP QDADAASGVI EDARRAIETA VGAVLRANAV RLRHPLCLAL EGVYTH AVA WSQAGVWFWN SRDNTDHLGG FPLRGPAYTT AAGVVRDTLR RVLGLTTACV PEEDALTARG LMEDACDRLI LDAFNKR LD AEYWSVRVSP FEASDPLPPT AFRGGALLDA EHYWRRVVRV CPGGGESVGV PVDLYPRPLV LPPVDCAHHL REILREIE L VFTGVLAGVW GEGGKFVYPF DDKMSFLFA

UniProtKB: DNA helicase/primase complex-associated protein

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分子 #5: Amenamevir

分子名称: Amenamevir / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1BXD
分子量理論値: 482.552 Da

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
100.0 mMKClpotassium chloride
0.5 percentGlycerolGlycerol
2.0 mMDTTdithiothreitol
2.0 mMCHAPSOCHAPSO

詳細: CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12660 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4689246
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: From Cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 725691
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9nn2:
Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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