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- EMDB-49537: Structure of mouse RyR1 with simvastatin (Ca2+/CFF/ATP dataset; c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49537
タイトルStructure of mouse RyR1 with simvastatin (Ca2+/CFF/ATP dataset; closed pore)
マップデータMouse RyR1 with simvastatin (Ca/CFF/ATP dataset; closed pore)
試料
  • 複合体: Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+/CFF/ATP condition)
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Simvastatin
キーワードCalcium / Ion Channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


junctional membrane complex / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / regulation of response to osmotic stress / mTORC1-mediated signalling / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / activin receptor binding / calcium-induced calcium release activity / cytoplasmic side of membrane / regulation of muscle contraction ...junctional membrane complex / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / regulation of response to osmotic stress / mTORC1-mediated signalling / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / activin receptor binding / calcium-induced calcium release activity / cytoplasmic side of membrane / regulation of muscle contraction / transforming growth factor beta receptor binding / Stimuli-sensing channels / type I transforming growth factor beta receptor binding / signaling receptor inhibitor activity / Ion homeostasis / heart trabecula formation / I-SMAD binding / terminal cisterna / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / ryanodine receptor complex / response to caffeine / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / I band / cellular response to caffeine / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / skin development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / organelle membrane / cellular response to ATP / smooth endoplasmic reticulum / outflow tract morphogenesis / T cell proliferation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / voltage-gated calcium channel activity / heart morphogenesis / striated muscle contraction / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / T-tubule / Hsp70 protein binding / cellular response to calcium ion / axon terminus / muscle contraction / sarcoplasmic reticulum / peptidylprolyl isomerase / sarcomere / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium channel regulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / sarcolemma / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium channel activity / Z disc / cytokine-mediated signaling pathway / calcium ion transport / protease binding / cell cortex / vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / calmodulin binding / calcium ion binding / synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weninger G / Marks AR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL145473 米国
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2025
タイトル: Structural basis for simvastatin-induced skeletal muscle weakness associated with type 1 ryanodine receptor T4709M mutation.
著者: Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Steven Reiken / Qi Yuan / Nan Zhao / Linda Groom / Jennifer Leigh / Yang Liu / Carl Tchagou / Jiayi Kang / Alexander Chang / Estefania Luna-Figueroa / Marco C ...著者: Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Steven Reiken / Qi Yuan / Nan Zhao / Linda Groom / Jennifer Leigh / Yang Liu / Carl Tchagou / Jiayi Kang / Alexander Chang / Estefania Luna-Figueroa / Marco C Miotto / Anetta Wronska / Robert T Dirksen / Andrew R Marks /
要旨: Statins lower cholesterol, reducing the risk of heart disease, and are among the most frequently prescribed drugs. Approximately 10% of individuals develop statin-associated muscle symptoms (SAMS; ...Statins lower cholesterol, reducing the risk of heart disease, and are among the most frequently prescribed drugs. Approximately 10% of individuals develop statin-associated muscle symptoms (SAMS; myalgias, rhabdomyolysis, and muscle weakness), often rendering them statin intolerant. The mechanism underlying SAMS remains poorly understood. Patients with mutations in the skeletal muscle ryanodine receptor 1 (RyR1)/calcium release channel can be particularly intolerant of statins. High-resolution structures revealed simvastatin binding sites in the pore region of RyR1. Simvastatin stabilized the open conformation of the pore and activated the RyR1 channel. In a mouse expressing a mutant RyR1-T4709M found in a patient with profound statin intolerance, simvastatin caused muscle weakness associated with leaky RyR1 channels. Cotreatment with a Rycal drug that stabilizes the channel closed state prevented simvastatin-induced muscle weakness. Thus, statin binding to RyR1 can cause SAMS, and patients with RyR1 mutations may represent a high-risk group for statin intolerance.
履歴
登録2025年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49537.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mouse RyR1 with simvastatin (Ca/CFF/ATP dataset; closed pore)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大0.0 - 0.7467636
平均 (標準偏差)0.0035301235 (±0.026749562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49537_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49537_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+...

全体名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+/CFF/ATP condition)
要素
  • 複合体: Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+/CFF/ATP condition)
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Simvastatin

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超分子 #1: Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+...

超分子名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 in presence of simvastatin (Ca2+/CFF/ATP condition)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: 0.03 mM free Ca2+; 5 mM Caffeine; 10 mM ATP; 10 mM Simvastatin lactone
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Ryanodine receptor 1

分子名称: Ryanodine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 565.692562 KDa
配列文字列: MGDGGGEGED EVQFLRTDDE VVLQCSATVL KEQLKLCLAA EGFGNRLCFL EPTSNAQNVP PDLAICCFIL EQSLSVRALQ EMLANTVEA GVESSQGGGH RTLLYGHAIL LRHAHSRMYL SCLTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS E GEKVRVGD ...文字列:
MGDGGGEGED EVQFLRTDDE VVLQCSATVL KEQLKLCLAA EGFGNRLCFL EPTSNAQNVP PDLAICCFIL EQSLSVRALQ EMLANTVEA GVESSQGGGH RTLLYGHAIL LRHAHSRMYL SCLTTSRSMT DKLAFDVGLQ EDATGEACWW TMHPASKQRS E GEKVRVGD DLILVSVSSE RYLHLSTASG ELQVDASFMQ TLWNMNPICS GCEEGFVTGG HVLRLFHGHM DECLTISPSD SD DQRRLVY YEGGPVCTHA RSLWRLEPLR ISWSGSHLRW GQPLRIRHVT TGRYLGLTED QGLVVVDASK AHTKATSFCF RIS KEKLDV APKRDVEGMG PPEIKYGESL CFVQHVASGL WLTYAAPDPK ALRLGVLKKK AMLHQEGHMD DALSLTRCQQ EESQ AARMI YSTAGLYNQF IKGLDSFSGK PRGSGPPAGS ALPIEGVILS LQDLIGYFEP PSEELQHEEK QTKLRSLRNR QSLFQ EEGM LSLVLNCIDR LNVYTTAAHF AEFAGEEAAE SWKEIVNLLY ELLASLIRGN RTNCALFSTN LDWLVSKLDR LEASSG ILE VLYCVLIESP EVLNIIQENH IKSIISLLDK HGRNHKVLDV LCSLCVCNGV AVRSNQDLIT ENLLPGRELL LQTNLIN YV TSIRPNIFVG RAEGSTQYGK WYFEVMVDEV APFLTAQATH LRVGWALSEG YSPYPGGGEG WGGNGVGDDL YSYGFDGL H LWTGHVARPV TSPGQHLLAP EDVVSCCLDL SVPSISFRIN GCPVQGVFES FNLDGLFFPV VSFSAGIKVR FLLGGRHGE FKFLPPPGYA PCHEAVLPRE RLHLQPIKEY RREGPRGPHL VGPSRCLSHL DFVPCPVDTI QIVLPPHLER IREKLAENIH ELWALTRIE QGWTYGPVRD 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VQEV SAVLY HLDQTEHPYK SKKAVWHKLL SKQRRRAVVA CFRMTPLYNL PTHRACNMFL ESYKASWILT EDHSFEDRMI DDLSK AGEQ EEEEEEVEEK KPDPLHQLVL HFSRTALTEK SKLDEDYLYM AYADIMAKSC HLEEGGENGE EGGEEEEVEV SFEEKE MEK QRLLYQQSRL HNRGAAEMVL QMISACKGET GAMVSSTLKL GISILNGGNA EVQQKMLDYL KDKKEVGFFQ SIQALMQ TC SVLDLNAFER QNKAEGLGMV NEDGTVINRQ NGEKVMADDE FTQDLFRFLQ LLCEGHNNDF QNYLRTQTGN TTTINIII C TVDYLLRLQE SISDFYWYYS GKDVIEEQGK RNFSKAMSVA KQVFNSLTEY IQGPCTGNQQ SLAHSRLWDA VVGFLHVFA HMMMKLAQDS SQIELLKELL DLQKDMVVML LSLLEGNVVN GMIARQMVDM LVESSSNVEM ILKFFDMFLK LKDIVGSEAF QDYVTDPRG LISKKDFQKA MDSQKQFTGP EIQFLLSCSE ADENEMINCE EFANRFQEPA RDIGFNVAVL LTNLSEHVPH D PRLRNFLE LAESILEYFR PYLGRIEIMG ASRRIERIYF EISETNRAQW EMPQVKESKR QFIFDVVNEG GESEKMEMFV SF CEDTIFE MQIAAQISEP EGEPEEDEDE GAEEAEEGAA GSDGSGSAAA AGVWVWLAAT AGRTLRGLSY RSLRRRVRRL RRL TAREAA TAVAALLWAL VTRAGGAGAG AAAGALRLLW GSLFGGGLVD SAKKVTVTEL LAGMPDPTGD EVHGQQPSGA GSDA EGEGE GEGEGDAADG AGDEEAAADQ AGTGGADGAV AVADGSPFRP EGAGGLGDMG DTTPVEPPTP EGSPILKRKL GVDGE EEEP PPEPEPEPEP 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UniProtKB: Ryanodine receptor 1

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分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.939629 KDa
配列文字列:
MGVQVETISP GDGRTFPKRG QTCVVHYTGM LEDGKKFDSS RDRNKPFKFT LGKQEVIRGW EEGVAQMSVG QRAKLIISSD YAYGATGHP GIIPPHATLV FDVELLKLE

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: CAFFEINE

分子名称: CAFFEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CFF
分子量理論値: 194.191 Da
Chemical component information

ChemComp-CFF:
CAFFEINE / 薬剤*YM

-
分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #8: Simvastatin

分子名称: Simvastatin / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: A1BYZ
分子量理論値: 418.566 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mmol/LHEPES
400.0 mmol/Lsodium chlorideNaCl
1.0 mmol/LEGTA
0.25 %CHAPS
0.01 %DOPC
0.5 mmol/LTCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7207 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 65309
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC branch-and-bound
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC branch-and-bound
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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