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- EMDB-49517: Structure of R2 retrotransposon protein from Platysternon megacep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49517
タイトルStructure of R2 retrotransposon protein from Platysternon megacephalum after second strand nicking
マップデータ
試料
  • 複合体: R2 retrotransposon protein after second strand nicking
    • タンパク質・ペプチド: R2 retrotransposon protein
    • DNA: Bottom strand of target rDNA
    • DNA: complementary DNA
    • RNA: 3'UTR RNA
    • DNA: Top strand for target rDNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRetrotransposon / Reverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
生物種Platysternon megacephalum (爬虫類) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Thawani A / Collins K / Nogales E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP1 HL156819 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structures of vertebrate R2 retrotransposon complexes during target-primed reverse transcription and after second-strand nicking.
著者: Akanksha Thawani / Anthony Rodríguez-Vargas / Briana Van Treeck / Nozhat T Hassan / David L Adelson / Eva Nogales / Kathleen Collins /
要旨: R2 retrotransposons are site-specific eukaryotic non-long terminal repeat retrotransposons that copy and paste into gene loci encoding ribosomal RNAs. Recently, we demonstrated that avian A-clade R2 ...R2 retrotransposons are site-specific eukaryotic non-long terminal repeat retrotransposons that copy and paste into gene loci encoding ribosomal RNAs. Recently, we demonstrated that avian A-clade R2 proteins achieve efficient and precise insertion of transgenes into their native safe-harbor loci in human cells. The features of A-clade R2 proteins that support gene insertion are not well characterized. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of two vertebrate A-clade R2 proteins at the initiation of target-primed reverse transcription and after cDNA synthesis and second-strand nicking. Using biochemical and cellular assays, we illuminate the basis for high selectivity of template use and unique roles for each of the three zinc-finger domains in nucleic acid recognition. Reverse transcriptase active site architecture is reinforced by an unanticipated insertion motif specific to vertebrate A-clade R2 proteins. Our work provides the first insights into A-clade R2 protein structure during gene insertion and may enable future improvement and adaptation of R2-based systems for precise transgene insertion.
履歴
登録2025年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 224 pix.
= 255.36 Å		1.14 Å/pix.
x 224 pix.
= 255.36 Å		1.14 Å/pix.
x 224 pix.
= 255.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0152
最小 - 最大-0.018005596 - 0.051070973
平均 (標準偏差)0.00023892455 (±0.002015374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 255.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49517_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49517_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : R2 retrotransposon protein after second strand nicking

全体名称: R2 retrotransposon protein after second strand nicking
要素
  • 複合体: R2 retrotransposon protein after second strand nicking
    • タンパク質・ペプチド: R2 retrotransposon protein
    • DNA: Bottom strand of target rDNA
    • DNA: complementary DNA
    • RNA: 3'UTR RNA
    • DNA: Top strand for target rDNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: R2 retrotransposon protein after second strand nicking

超分子名称: R2 retrotransposon protein after second strand nicking
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Platysternon megacephalum (爬虫類)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: R2 retrotransposon protein

分子名称: R2 retrotransposon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Platysternon megacephalum (爬虫類)
分子量理論値: 127.729367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QKTIIQLPND NPACPFCGDH VGKPSALNVH LKRNHGGREV EFQCSMCNKA DPKAHSILCH IPKCKGKVTE EPTGDWACET CNKQFNTKS GLSQHKRIAH PAIRNQERIA ASQPKPNSQR GKHNSCWTVE EEQLLAAFNN MFWGKKNINI LISDHIHMKT A KQISEKRR ...文字列:
QKTIIQLPND NPACPFCGDH VGKPSALNVH LKRNHGGREV EFQCSMCNKA DPKAHSILCH IPKCKGKVTE EPTGDWACET CNKQFNTKS GLSQHKRIAH PAIRNQERIA ASQPKPNSQR GKHNSCWTVE EEQLLAAFNN MFWGKKNINI LISDHIHMKT A KQISEKRR LLGLNKNATV TTTNPLPVSS TCHLKIRTDS PNTTTGLKDT YMCKINENIV NQGQIKFDSE VISAWMAGDS NI RSLVEST SLDILSTFLM ETPKPRKKGN NKITNKKSGK KKKWMEKRAV KKGFYKRYQH LFETDRCKLA SIILDGTERL QCQ IPLTEI LETYKSKWET LTPFEGLGQF KSHAVADNTA FEILLSAKEI MKNIKEMNKN SAPGPDKVSL RDLLLADPEC NALE KLFNT WLITGIIPNS IKECRSLLIP KTADPEALKE LGNWRPLTIG SIVLRLFSRI ITNRLAKACP INARQRGFIA TPGCS ENLK ILHTIVKQAK TSKKSLGVVF VDIAKAFDSV SHDHIMWVLQ ERGLDQHIVN IIEDSYKKIH TRMEVGTERT PPIEIK VGV KQGDPMSPLL FNLAIDPLIT ALEKANTGFS YGKNKITSLA FADDLVMLSD TWEGMNKNIQ ILETFCNLSG LKVQAKK CY GFFLSPTHDS YTINKCDAWK IDKDSLNMIQ PGESEKYLGL KVDPWIGFSK PVLAEKLTIW LKRLTEAPLK PSQKLTML N IYTIPRIIYL ADHTDTKKTL LSSLDDNIRT VVKGWLHLPP DTCNGFIYTK TRDGGLGVTR LASLIPSIQA RRLHRIATS EDETIRNIAM ANNIEEEFQN LWVTAGGKKE EIPRITDPVS IDYRLPRRIL ELLNEWEKPA PKKMYPIPCN WREAEMAHWK NLPCQGSGI EHFDNDTISN DWLQFHRGFS ERQFLMGLKI RANVYPTREY QGRGRTNKNV NCRNCTASYE SLSHILGQCP A VQGARIRR HNKLCSMLKR EAKELKWVVY EEPHLHTTEK ELRKPDLIFV KEEMALVVDV TVRFEYKEKV FEDAAAEKVR HY KDLTSQI KELTGAKEIE YFGFPLGARG KWPEINEKVL TALGMPDYQQ KRTAKRFSKR TLLYSIDVIN TFENIGKNNK NNV P

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分子 #2: Bottom strand of target rDNA

分子名称: Bottom strand of target rDNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 21.507758 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)

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分子 #3: complementary DNA

分子名称: complementary DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 22.722555 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG) (DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)

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分子 #5: Top strand for target rDNA

分子名称: Top strand for target rDNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 21.654875 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT) (DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA)

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分子 #4: 3'UTR RNA

分子名称: 3'UTR RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.837215 KDa
配列文字列:
GCAAGGUGGA CGGGCCACCU UUACUUAACC CGGAAAAGGA ACAUAUAUUA AUUAUAUGUG UUCGGAAAAU AGCC

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9195 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: RELION SGD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32239
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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