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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49475
タイトルComputationally optimized broadly reactive influenza B hemagglutinin BC2 bound by antibody #3978
マップデータsharpened map after spIsoNet correction
試料
  • 複合体: Complex of a viral protein with an antibody
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab A Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab A Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / antibody / cell entry / hemagglutination / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Dzimianski JV / Kunkel I / Balasco Serrao VH / DuBois RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00052 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computationally optimized broadly reactive influenza B hemagglutinin BC2 bound by antibodies #46 and #3978
著者: Dzimianski JV / Kunkel I / Balasco Serrao VH / DuBois RM
履歴
登録2025年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49475.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map after spIsoNet correction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 576 pix.
= 329.875 Å		0.57 Å/pix.
x 576 pix.
= 329.875 Å		0.57 Å/pix.
x 576 pix.
= 329.875 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.79456 - 3.015668
平均 (標準偏差)-0.0002298655 (±0.036777884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 329.8752 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49475_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_49475_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: spIsoNet corrected half map B

ファイルemd_49475_additional_2.map
注釈spIsoNet corrected half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: spIsoNet corrected half map A

ファイルemd_49475_additional_3.map
注釈spIsoNet corrected half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_49475_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_49475_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of a viral protein with an antibody

全体名称: Complex of a viral protein with an antibody
要素
  • 複合体: Complex of a viral protein with an antibody
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Fab A Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab A Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of a viral protein with an antibody

超分子名称: Complex of a viral protein with an antibody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 57.375242 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DRICTGITSS NSPHVVKTAT QGEVNVTGVI PLTTTPTKSH FANLKGTKTR GKLCPKCLNC TDLDVALGRP KCMGTIPSAK ASILHEVRP VTSGCFPIMH DRTKIRQLPN LLRGYENIRL STHNVINAEK APGGPYRIGT SGSCPNVTNG NGFFATMAWA V PKNDNNKT ...文字列:
DRICTGITSS NSPHVVKTAT QGEVNVTGVI PLTTTPTKSH FANLKGTKTR GKLCPKCLNC TDLDVALGRP KCMGTIPSAK ASILHEVRP VTSGCFPIMH DRTKIRQLPN LLRGYENIRL STHNVINAEK APGGPYRIGT SGSCPNVTNG NGFFATMAWA V PKNDNNKT ATNPLTVEVP YICTEGEDQI TVWGFHSDNE TQMKKLYGDS KPQKFTSSAN GVTTHYVSQI GGFPNQTEDG GL PQSGRIV VDYMVQKSGK TGTIVYQRGI LLPQKVWCAS GRSKVIKGSL PLIGEADCLH EKYGGLNKSK PYYTGEHAKA IGN CPIWVK TPLKLANGTK YRPPAKLLKE RGFFGAIAGF LEGGWEGMIA GWHGYTSHGA HGVAVAADLK STQEAINKIT KNLN SLSEL EVKNLQRLSG AMDELHNEIL ELDEKVDDLR ADTISSQIEL AVLLSNEGII NSEDEHLLAL ERKLKKMLGP SAVDI GNGC FETKHKCNQT CLDRIAAGTF NAGEFSLPTF DSLNITAASS GRLVPR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Fab A Heavy Chain

分子名称: Fab A Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.610729 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGH LVQPGGSLRL SCEASGFSFD EYAMHWVREA PGKGLEWVAG ISWNSGAIGY AGSVKGRFTI SKDSAKRVLY LQMNSLRPE DAALYYCAKD MREGCSGTNC YSYYYYFYAM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EVQLVESGGH LVQPGGSLRL SCEASGFSFD EYAMHWVREA PGKGLEWVAG ISWNSGAIGY AGSVKGRFTI SKDSAKRVLY LQMNSLRPE DAALYYCAKD MREGCSGTNC YSYYYYFYAM DVWGQGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT H

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分子 #3: Fab A Light Chain

分子名称: Fab A Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.896277 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQGVTI SCTGSSSNLG ADYDVHWYQH LPGKAPKLLI YDNDKRPPGI PDRFSASRSG PSASLAISGL QGEDEADYY CQSYDSHLSG SVFGGGTKLT VVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT ...文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQGVTI SCTGSSSNLG ADYDVHWYQH LPGKAPKLLI YDNDKRPPGI PDRFSASRSG PSASLAISGL QGEDEADYY CQSYDSHLSG SVFGGGTKLT VVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 35025 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1165223
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 185640
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

9nj3

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9nj3

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9nj3

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9nj6:
Computationally optimized broadly reactive influenza B hemagglutinin BC2 bound by antibody #3978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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