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万見
- EMDB-49404: Subtomogram Averaging of Liganded EGFR Dimer from Extracellular V... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49404
タイトルSubtomogram Averaging of Liganded EGFR Dimer from Extracellular Vesicle
マップデータ
試料
  • 複合体: the EGFR extracellular region in extracellular vesicles
    • Other: Liganded EGFR dimer extracellular region
キーワードEGFR / Receptor Tyrosine Kinase / Extracellular Vesicle / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Ke Z / Liu C / Gonzalez-Magaldi M / Leahy DJ
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160023 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR230050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122480 米国
Welch FoundationF-1515 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structure and organization of full-length epidermal growth factor receptor in extracellular vesicles by cryo-electron tomography.
著者: Monica Gonzalez-Magaldi / Anuradha Gullapalli / Ophelia Papoulas / Chang Liu / Adelaide Y-H Leung / Luqiang Guo / Axel F Brilot / Edward M Marcotte / Zunlong Ke / Daniel J Leahy /
要旨: We report here transport of full-length epidermal growth factor receptor (EGFR), Insulin Receptor, 7-pass transmembrane receptor Smoothened, and 13-pass Sodium-iodide symporter to extracellular ...We report here transport of full-length epidermal growth factor receptor (EGFR), Insulin Receptor, 7-pass transmembrane receptor Smoothened, and 13-pass Sodium-iodide symporter to extracellular vesicles (EVs) for structural and functional studies. Mass spectrometry confirmed the transported proteins are the most abundant in EV membranes, and the presence of many receptor-interacting proteins in EVs demonstrates their utility for characterizing membrane protein interactomes. Cryo-electron tomography of EGFR-containing EVs reveals that EGFR forms clusters in both the presence and absence of EGF with a ~3 nm gap between the inner membrane and cytoplasmic density. EGFR extracellular region (ECR) dimers do not form regular arrays in these clusters. Subtomogram averaging of the 150 kDa EGF-bound EGFR ECR dimer yielded a 15 Å map into which the crystal structure of the ligand-bound EGFR ECR dimer fits well. These findings refine our understanding of EGFR activation, clustering, and signaling and establish EVs as a versatile platform for structural and functional characterization of human membrane proteins in cell-derived membranes.
履歴
登録2025年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49404.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 192 pix.
= 324.48 Å		1.69 Å/pix.
x 192 pix.
= 324.48 Å		1.69 Å/pix.
x 192 pix.
= 324.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.08629393 - 0.20161733
平均 (標準偏差)-0.00023751064 (±0.015267028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 324.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49404_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_49404_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49404_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49404_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the EGFR extracellular region in extracellular vesicles

全体名称: the EGFR extracellular region in extracellular vesicles
要素
  • 複合体: the EGFR extracellular region in extracellular vesicles
    • Other: Liganded EGFR dimer extracellular region

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超分子 #1: the EGFR extracellular region in extracellular vesicles

超分子名称: the EGFR extracellular region in extracellular vesicles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Liganded EGFR dimer extracellular region

分子名称: Liganded EGFR dimer extracellular region / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LEEKKVCQGT SNKLTQLGTF EDHFLSLQRM FNNCEVVLGN LEITYVQRNY DLSFLKTIQE VAGYVLIALN TVERIPLENL QIIRGNMYYE NSYALAVLSN YDANKTGLKE LPMRNLQEIL HGAVRFSNNP ALCNVESIQW RDIVSSDFLS NMSMDFQNHL GSCQKCDPSC ...文字列:
LEEKKVCQGT SNKLTQLGTF EDHFLSLQRM FNNCEVVLGN LEITYVQRNY DLSFLKTIQE VAGYVLIALN TVERIPLENL QIIRGNMYYE NSYALAVLSN YDANKTGLKE LPMRNLQEIL HGAVRFSNNP ALCNVESIQW RDIVSSDFLS NMSMDFQNHL GSCQKCDPSC PNGSCWGAGE ENCQKLTKII CAQQCSGRCR GKSPSDCCHN QCAAGCTGPR ESDCLVCRKF RDEATCKDTC PPLMLYNPTT YQMDVNPEGK YSFGATCVKK CPRNYVVTDH GSCVRACGAD SYEMEEDGVR KCKKCEGPCR KVCNGIGIGE FKDSLSINAT NIKHFKNCTS ISGDLHILPV AFRGDSFTHT PPLDPQELDI LKTVKEITGF LLIQAWPENR TDLHAFENLE IIRGRTKQHG QFSLAVVSLN ITSLGLRSLK EISDGDVIIS GNKNLCYANT INWKKLFGTS GQKTKIISNR GENSCKATGQ VCHALCSPEG CWGPEPRDCV SCRNVSRGRE CVDKCKLLEG EPREFVENSE CIQCHPECLP QAMNITCTGR GPDNCIQCAH YIDGPHCVKT CPAGVMGENN TLVWKYADAG HVCHLCHPNC TYGCTGPGLE GCPT
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用したサブトモグラム数: 843
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 1602
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / ソフトウェア - 詳細: CTF estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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