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- EMDB-49382: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49382
タイトルELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
マップデータELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
試料
  • 複合体: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
    • タンパク質・ペプチド: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel
  • リガンド: 3-AMINOPROPANE
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードELIC / ion channel / pLGIC / Structural Protein / Membrane Protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dalal V / Cheng WWL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137957 米国
American Heart Association24POST1189869 米国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a pentameric ligand-gated ion channel in liposomes.
著者: Vikram Dalal / Brandon K Tan / Hanrui Xu / Wayland W L Cheng /
要旨: Detergents and lipid nanodiscs affect the cryo-EM structures of pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) including ELIC. To determine the structure of a pLGIC in a membrane environment that ...Detergents and lipid nanodiscs affect the cryo-EM structures of pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) including ELIC. To determine the structure of a pLGIC in a membrane environment that supports ion channel function, we performed single particle cryo-EM of ELIC in liposomes. ELIC activation and desensitization were confirmed in liposomes with a stopped-flow thallium flux assay. Using WT ELIC and a non-desensitizing mutant (ELIC5), we captured resting, activated and desensitized structures at high resolution. In the desensitized structure, the ion conduction pore has a constriction at the 9' leucine of the pore-lining M2 helix, indicating that 9' is the desensitization gate in ELIC. The agonist-bound structures of ELIC in liposomes are distinct from those in nanodiscs. In general, the transmembrane domain is more loosely packed in liposomes compared to nanodiscs. It has been suggested that large nanodiscs are superior for supporting membrane protein function. However, ELIC localizes to the rim of large circularized nanodiscs, and structures of ELIC in large nanodiscs deviate from the liposome structures more than those in small nanodiscs. Using liposomes for cryo-EM structure determination of a pLGIC increases our confidence that the structures are snapshots of functional states.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a pentameric ligand-gated ion channel in liposomes
著者: Dalal V / Tan BK / Xu H / Cheng WW
履歴
登録2025年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49382.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.208 Å		0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.208 Å		0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.208 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.868 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-2.5228038 - 3.6289685
平均 (標準偏差)-0.00021671566 (±0.13147682)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 222.208 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes...

ファイルemd_49382_additional_1.map
注釈ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes...

ファイルemd_49382_half_map_1.map
注釈ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes...

ファイルemd_49382_half_map_2.map
注釈ELIC5 with Propylamine facing ECD outwards in Liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:...

全体名称: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
要素
  • 複合体: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
    • タンパク質・ペプチド: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel
  • リガンド: 3-AMINOPROPANE
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:...

超分子名称: ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Dickeya dadantii (バクテリア)

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分子 #1: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel

分子名称: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dickeya dadantii (バクテリア)
分子量理論値: 37.011055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST ...文字列:
APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST HISDIRYDHL SSVQPNQNEF SRITVRIDAV RNPSYYLWSF ILPLGLIIAA SWSVFWLESF SERLQTSFTL ML TVVAYAF YTSNILGRLP YTTYIDQMII AGYGSIFAAI LLIIFAHHRQ ANGVEDDLLI QRSRLAFPLG FLAIGCVLVI RFF TL

UniProtKB: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

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分子 #2: 3-AMINOPROPANE

分子名称: 3-AMINOPROPANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: 3CN
分子量理論値: 59.11 Da
Chemical component information

ChemComp-3CN:
3-AMINOPROPANE / プロピルアミン

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs Corrected System
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 56.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 422344
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8vuw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120578
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ngc:
ELIC5 with propylamine facing ECD outwards in liposomes with 2:1:1 POPC:POPE:POPG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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