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- EMDB-49235: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-00... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49235
タイトルRecombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
マップデータRecombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
試料
  • 複合体: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
キーワードAvian Influenza H5N1 monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN
生物種H5N1 subtype (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Smith G / Patel A / Rehman A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other privateNovavax, Inc.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Single-dose avian influenza A(H5N1) Clade 2.3.4.4b hemagglutinin-Matrix-M nanoparticle vaccine induces neutralizing responses in nonhuman primates.
著者: Nita Patel / Asma Rehman / Jessica F Trost / Rhonda Flores / Zach Longacre / Mimi Guebre-Xabier / Haixia Zhou / Bin Zhou / Kelsey Jacobson / Desheng Jiang / Xiaoyun Bai / Rafia Khatoon / ...著者: Nita Patel / Asma Rehman / Jessica F Trost / Rhonda Flores / Zach Longacre / Mimi Guebre-Xabier / Haixia Zhou / Bin Zhou / Kelsey Jacobson / Desheng Jiang / Xiaoyun Bai / Rafia Khatoon / Thomas Kort / James Norton / M Madhangi / Melinda Hersey / Ann M Greene / Filip Dubovsky / Gale Smith /
要旨: With the recent rise in cases of highly pathogenic avian influenza (HPAI) A(H5N1) clade 2.3.4.4b infection in humans and animals, there is an associated increase in the risk of human-to-human ...With the recent rise in cases of highly pathogenic avian influenza (HPAI) A(H5N1) clade 2.3.4.4b infection in humans and animals, there is an associated increase in the risk of human-to-human transmission. In this study, we characterize a recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b vaccine. Purified recombinant A/AW/SC/2021 HA trimers formulated with Matrix-M adjuvant, saponin-cholesterol-phospholipid combination arranged in cage-like particles, are found to non-covalently anchor to the vertices of the Matrix-M and form A(H5N1) HA-Matrix-M nanoparticles (H5-MNPs). In naïve female mice, two intranasal (IN) or intramuscular (IM) doses of A/AW/SC/2021 H5-MNP vaccine induces robust antibody- and cell-mediated immune responses, including neutralizing antibodies against A(H5N1). In non-human primates (NHPs) primed with seasonal influenza vaccine, a single IM or IN dose of the A/AW/SC/2021 H5-MNP vaccine induces geometric mean serum A(H5N1) clade 2.3.4.4b pseudovirus neutralizing titers of 1:1160 and 1:54, respectively; above the generally accepted seroconverting neutralizing titer of 1:40. Immunization with H5-MNP vaccine induces antibody responses against conserved epitopes in the A(H5N1) HA stem, vestigial esterase subdomain, and receptor binding site. This A(H5N1) H5-MNP IN and IM vaccine is immunogenic in female rodents and NHPs as a potential A(H5N1) pandemic single-dose vaccine.
履歴
登録2025年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49235.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.77 Å/pix.
x 384 pix.
= 295.296 Å		0.77 Å/pix.
x 384 pix.
= 295.296 Å		0.77 Å/pix.
x 384 pix.
= 295.296 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.769 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0218
最小 - 最大-0.3015561 - 0.41202947
平均 (標準偏差)0.00013360204 (±0.008304721)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 295.296 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49235_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49235_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-00...

全体名称: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
要素
  • 複合体: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2

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超分子 #1: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-00...

超分子名称: Recombinant A(H5N1) A/American Wigeon/South Carolina/22/000345-001/2021 (A/AW/SC/2021) clade 2.3.4.4b nanoparticle in complex with mouse monoclonal antibody NVX.73.2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: purified FL-H5N1-HA protein co-mixed with monoclonal antibody NVX.73.2
由来(天然)生物種: H5N1 subtype (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 4 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 752 / 平均露光時間: 10.4 sec. / 平均電子線量: 36.9 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 91000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 79000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 300000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 253288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 50000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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