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- EMDB-49233: Open conformation of ArsA from L. ferriphilum in presence of MgATP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49233
タイトルOpen conformation of ArsA from L. ferriphilum in presence of MgATP
マップデータ
試料
  • 複合体: ArsA D46N/D364N in presence of MgATP
    • タンパク質・ペプチド: ArsA D46N/D36N (non-hydrolyzing mutant) from L. ferriphilum
キーワードATPase / open conformation / ATP / Intradimeric Walker A / HYDROLASE
生物種Leptospirillum ferriphilum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Mahajan S / Rees DC / Clemons WM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nucleotide- and metalloid-driven conformational changes in the arsenite efflux ATPase ArsA
著者: Mahajan S / Pall AE / Li YE / Stemmler TL / Rees DC / Clemons Jr WM
履歴
登録2025年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.26327786 - 0.41858694
平均 (標準偏差)0.00023111263 (±0.0109988535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49233_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49233_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ArsA D46N/D364N in presence of MgATP

全体名称: ArsA D46N/D364N in presence of MgATP
要素
  • 複合体: ArsA D46N/D364N in presence of MgATP
    • タンパク質・ペプチド: ArsA D46N/D36N (non-hydrolyzing mutant) from L. ferriphilum

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超分子 #1: ArsA D46N/D364N in presence of MgATP

超分子名称: ArsA D46N/D364N in presence of MgATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: ArsA D46N/D364N incubated with 2 mM each of MgCl2 and ATP for 3 hours
由来(天然)生物種: Leptospirillum ferriphilum (バクテリア) / 株: ML-04

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分子 #1: ArsA D46N/D36N (non-hydrolyzing mutant) from L. ferriphilum

分子名称: ArsA D46N/D36N (non-hydrolyzing mutant) from L. ferriphilum
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: ArsA D46N/D364N (non-hydrolyzing mutant) / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leptospirillum ferriphilum (バクテリア) / 株: ML-04
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGMKFLQLPP RFMFFTGKGG VGKTSIACAT SIQLANAGKR VLLVSTNPAS NVGQVFGVDI GNRVTPIPAV PHLSALEIDP EAAASAYRER LVGPVRGVLP DDVVKGIEES LSGACTTEIA AFDEFTALLT NAVLTADYQH IIFDTAPTGH TIRLLQLPGA WSGFLEAGKG ...文字列:
MGMKFLQLPP RFMFFTGKGG VGKTSIACAT SIQLANAGKR VLLVSTNPAS NVGQVFGVDI GNRVTPIPAV PHLSALEIDP EAAASAYRER LVGPVRGVLP DDVVKGIEES LSGACTTEIA AFDEFTALLT NAVLTADYQH IIFDTAPTGH TIRLLQLPGA WSGFLEAGKG DASCLGPLAG LEKQRTQYKA AVEALADPLQ TRLVLVARAQ QATLREVART HEELATIGIK QQHLVINGIL PSAEAANDPL AAAIHEREQT ALKNIPATLT SLPRDLVQLK PFNLVGLDAL RQLLTDLPLQ AHVAADAPIE LDEPGMGDLV DGIEADGHGL VMLMGKGGVG KTTLAAAIAV ELAHRGLPVH LTTSNPAAHL TDTLEASLDN LTVSRIDPHA ETERYRQHVL ETKGAQLDAE GRALLEEDLH SPCTEEIAVF QAFSRIIREA GKKFVVMDTA PTGHTLLLLD ATGAYHREVR RQMGNKGTHF TTPMMQLRDP NQTKVLVVTL AETTPVLEAA KLQADLRRAG IEPWAWIINT SVAAASAKSP LLRQRAANEL REINAVANHH ADRYAVVPLL KEEPIGAERL RALIHPQTHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細ArsA incubated with 2 mM each of MgCl2 and ADP and 5 mM of sodium arsenite for 3 hours

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48382
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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