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- EMDB-49203: CryoEM structure of capsid from human astrovirus 1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49203
タイトルCryoEM structure of capsid from human astrovirus 1 in complex with human neonatal Fc receptor
マップデータCryoEM structure of capsid from human astrovirus 1 in complex with human neonatal Fc receptor
試料
  • ウイルス: Human astrovirus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid polyprotein VP70
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードcapsid protein / shell domain / VP90 / ORF2 / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / VIRUS
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / host extracellular region / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Human astrovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Hall PD / Nelson CA / Fremont DH / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI106688 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32DK077653 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human astrovirus in complex with the neonatal Fc receptor
著者: Hall PD / Nelson CA / Adams LJ / Harshad I / Molleston JM / Bui D / Baldridge MT / Fremont DH
履歴
登録2025年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49203.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of capsid from human astrovirus 1 in complex with human neonatal Fc receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 666 pix.
= 739.404 Å		1.11 Å/pix.
x 666 pix.
= 739.404 Å		1.11 Å/pix.
x 666 pix.
= 739.404 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11022 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.11637566 - 0.2600648
平均 (標準偏差)-0.0001850676 (±0.0112695675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ666666666
Spacing666666666
セルA=B=C: 739.40393 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49203_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49203_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human astrovirus 1

全体名称: Human astrovirus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human astrovirus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid polyprotein VP70
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Human astrovirus 1

超分子名称: Human astrovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12456 / 生物種: Human astrovirus 1 / Sci species strain: reference strain / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: ORF2 / 直径: 350.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid polyprotein VP70

分子名称: Capsid polyprotein VP70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Viral capsid protein deletions caused by trypsin protease during maturation.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human astrovirus 1 (ウイルス) / 株: reference strain
分子量理論値: 45.173895 KDa
配列文字列: MASKSNKQVT VEVSNNGRNR SKSRARSQSR GRDKSVKITV NSRNRARRQP GRDKRQSSQR VRNIVNKQLR KQGVTGPKPA ICQRATATL GTVGSNTSGT TEIEACILLN PVLVKDATGS TQFGPVQALG AQYSMWKLKY LNVKLTSMVG ASAVNGTVLR V SLNPTSTP ...文字列:
MASKSNKQVT VEVSNNGRNR SKSRARSQSR GRDKSVKITV NSRNRARRQP GRDKRQSSQR VRNIVNKQLR KQGVTGPKPA ICQRATATL GTVGSNTSGT TEIEACILLN PVLVKDATGS TQFGPVQALG AQYSMWKLKY LNVKLTSMVG ASAVNGTVLR V SLNPTSTP SSTSWSGLGA RKHLDVTVGK NATFKLKPSD LGGPRDGWWL TNTNDNASDT LGPSIEIHTL GRTMSSYKNE QF TGGLFLV ELASEWCFTG YAANPNLVNL VKSTDNQVPV TFEGSAGSPL IMNVPEGSHF ARTVLARSTT PTTLARAGER TTS DTVWQV LNTAVSAAEL VTPPPFNWLV KGGWWFVKLI AGRTRTGSRS FYVYPSYQDA LSNKPALCTG STPGGMRTRN PVTT TLQFT QMNQPSLGHG EAP

UniProtKB: Capsid polyprotein VP90

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 47.8 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#2 - 平均電子線量: 54.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5ewn

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8290
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ewn


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 80-411 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9nau:
CryoEM structure of capsid from human astrovirus 1 in complex with human neonatal Fc receptor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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