[日本語] English
万見
- EMDB-49124: Consensus reconstruction of the Dp71L-PP1A-eIF2alpha holophosphat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49124
タイトルConsensus reconstruction of the Dp71L-PP1A-eIF2alpha holophosphatase stabilized by G-actin/DNAseI
マップデータ
試料
  • 複合体: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha
キーワードPhosphatase / complex / ISR / TRANSLATION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Reineke LC / Dalwadi U / Croll T / Arthur C / Lee DJ / Frost A / Costa-Mattioli M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Harnessing the Evolution of Proteostasis Networks to Reverse Cognitive Dysfunction.
要旨: The integrated stress response (ISR) is a highly conserved network essential for maintaining cellular homeostasis and cognitive function. Here, we investigated how persistent ISR activation impacts ...The integrated stress response (ISR) is a highly conserved network essential for maintaining cellular homeostasis and cognitive function. Here, we investigated how persistent ISR activation impacts cognitive performance, primarily focusing on a PPP1R15B genetic variant associated with intellectual disability. By generating a novel mouse model that mimics this human condition, we revealed that this variant destabilizes the PPP1R15B•PP1 phosphatase complex, resulting in chronic ISR activation, impaired protein synthesis, and deficits in long-term memory. Importantly, we found that the cognitive and synaptic deficits in mice are directly due to ISR activation. Leveraging insights from evolutionary biology, we characterized DP71L, a viral orthologue of PPP1R15B, through detailed molecular and structural analyses, uncovering its mechanism of action as a potent pan-ISR inhibitor. Remarkably, we found that DP71L not only buffers cognitive decline associated with a wide array of conditions-including Down syndrome, Alzheimer's disease and aging-but also enhances long-term synaptic plasticity and memory in healthy mice. These findings highlight the promise of utilizing evolutionary insight to inform innovative therapeutic strategies.
履歴
登録2025年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49124.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0275
最小 - 最大-0.047511872 - 0.11990514
平均 (標準偏差)0.00041689456 (±0.002514175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 297.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_49124_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49124_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, ...

全体名称: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha
要素
  • 複合体: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha

-
超分子 #1: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, ...

超分子名称: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKClPotassium chloride
1.0 mMMnCl2Manganese chloride
0.2 mMATPAdenosine triphosphate
0.2 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
1.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 25
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 uL volume, -5 blot force, 1.5 blot time.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5236 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1315944
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 309745
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 80 / 平均メンバー数/クラス: 7290
詳細: A final 2D classification was carried out to exclude poorly aligning or noisy particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る