EMDB-49113: Icosahedral head of Acinetobacter baumannii phage Mystique: full ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49113

タイトル

Icosahedral head of Acinetobacter baumannii phage Mystique: full particles only

マップデータ

試料

ウイルス: Mystique (ファージ)

キーワード

Mystique / Acinetobacter / phage / bacteriophage / VIRUS

生物種

Mystique (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.45 Å

データ登録者

Alseth EO / Roush C / Irby I / Kopylov M / Bobe D / Diggs M / Nguyen K / Xu H / Schmidt-Krey I / Bryksin AV / Rather PN

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Icosahedral head of Acinetobacter baumannii phage Mystique: full particles only
著者: Alseth EO / Roush C / Irby I / Kopylov M / Bobe D / Diggs M / Nguyen K / Xu H / Schmidt-Krey I / Bryksin AV / Rather PN

履歴

登録	2025年2月7日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年3月5日	-
マップ公開	2025年3月5日	-
更新	2025年3月5日	-
現状	2025年3月5日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49113.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49113.map.gz	487.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49113-v30.xml emd-49113.xml	16.6 KB 16.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49113_fsc.xml	21.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49113.png	135 KB
マスクデータ	emd_49113_msk_1.map	1000 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-49113.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_49113_additional_1.map.gz emd_49113_half_map_1.map.gz emd_49113_half_map_2.map.gz	940.7 MB 927.2 MB 927.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49113 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49113	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.73 Å/pix. x 640 pix. = 1108.992 Å	1.73 Å/pix. x 640 pix. = 1108.992 Å	1.73 Å/pix. x 640 pix. = 1108.992 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.7328 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.537
最小 - 最大	-0.3736947 - 1.4629676
平均 (標準偏差)	0.02271643 (±0.1446895)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_49113_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_49113_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_49113_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_49113_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Mystique

全体	名称: Mystique (ファージ)
要素	ウイルス: Mystique (ファージ)

-
超分子 #1: Mystique

超分子	名称: Mystique / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 38018 / 生物種: Mystique / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: AB5075

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.6
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.17 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3207
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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