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- EMDB-49093: Eptesicus fuscus ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49093
タイトルEptesicus fuscus ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: VsCoV-a7-S RBD
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードVirus / HKU25 clade MERS-related coronaviruses / ACE2 / Glycoprotein / Receptor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
生物種Merbecovirus (ウイルス) / Eptesicus fuscus (オオクビワコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: ACE2 utilization of HKU25 clade MERS-related coronaviruses with broad geographic distribution.
著者: Chen Liu / Young-Jun Park / Cheng-Bao Ma / Cameron Stuart / Risako Gen / Yu-Cheng Sun / Xiao Yang / Mei-Yi Lin / Qing Xiong / Jun-Yu Si / Peng Liu / David Veesler / Huan Yan /
要旨: Dipeptidyl peptidase-4 (DPP4) is a well-established receptor for several MERS-related coronaviruses (MERSr-CoVs) isolated from humans, camels, pangolins, and bats (1-6). However, the receptor usage ...Dipeptidyl peptidase-4 (DPP4) is a well-established receptor for several MERS-related coronaviruses (MERSr-CoVs) isolated from humans, camels, pangolins, and bats (1-6). However, the receptor usage of many genetically diverse bat MERSr-CoVs with broad geographical distributions remains poorly understood. Recent studies have identified angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as an entry receptor for multiple merbecovirus clades. Here, using viral antigen and pseudovirus-based functional assays, we demonstrate that several bat merbecoviruses from the HKU25 clade previously thought to utilize DPP4 (7), employ ACE2 as their functional receptor. Cryo-electron microscopy analysis revealed that HsItaly2011 and VsCoV-a7 recognize ACE2 with a binding mode sharing similarity with that of HKU5 but involving remodeled interfaces and distinct ortholog selectivity, suggesting a common evolutionary origin of ACE2 utilization for these two clades of viruses. EjCoV-3, a strain closely related to the DPP4-using MERSr-CoV BtCoV-422, exhibited relatively broad ACE2 ortholog tropism and could utilize human ACE2 albeit suboptimally. Despite differences in entry mechanisms and spike proteolytic activation compared to MERS-CoV, these viruses remain sensitive to several broadly neutralizing antibodies and entry inhibitors. These findings redefine our understanding of the evolution of receptor usage among MERSr-CoVs and highlight the versatility of ACE2 as a functional receptor for diverse coronaviruses.
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_49093.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0011 Å
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表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-3.0689044 - 4.741046
平均 (標準偏差)0.00017871315 (±0.08017742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_49093_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49093_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49093_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex

全体名称: ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex
要素
  • 複合体: ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: VsCoV-a7-S RBD
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex

超分子名称: ACE2 peptidase domain bound to VsCoV-a7 RBD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Merbecovirus (ウイルス) / 株: VsCoV-a7

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GenBank XM_008154928.2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Eptesicus fuscus (オオクビワコウモリ)
分子量理論値: 89.451859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGSSWLFLS LVAVTAAQST TEKNATIFLE NFNSEAEDLS HESALASWNY NTNITDENAQ KMNEADSKWS AFYEKQSKLA QTYPLQEIQ NLTIKLQLQV LQQNGSSVLT ADKSKRLSTI LTTMSTIYST GKVCNPNNPQ ECLTLSGLED IMEKSKDYNQ R LWVWEGWR ...文字列:
MSGSSWLFLS LVAVTAAQST TEKNATIFLE NFNSEAEDLS HESALASWNY NTNITDENAQ KMNEADSKWS AFYEKQSKLA QTYPLQEIQ NLTIKLQLQV LQQNGSSVLT ADKSKRLSTI LTTMSTIYST GKVCNPNNPQ ECLTLSGLED IMEKSKDYNQ R LWVWEGWR SEVGKQLRPL YEEYVVLKNE MARGNNYEDY GDYWRGDYET EGENGYNYSR SQLTEDVDRI FLEIKPLYEH LH AYVRAKL MDTYPSRISP TGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YNLTVPFEQK PNIDVTDAMK EQSWDAEKIF KEAEKFYMSV GLP SMTPGF WNNSMLTEPG DGRKVVCHPT AWDLGKNDFR IKMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAT QPYLLRNGAN EGFH EAVGE VMSLSVATPK HLKGMGLLPS DFSEDNETEI NFLLKQALNI VGTLPFTYML EKWRWMVFKG EIPKEQWMKK WWEMK REIV GVVEPLPHDE TYCDPASLFH VANDYSFIRY FTRTIFEFQF QEALCQIAKH QGPLHKCDIS NSTEAGNKLL EMLKLG KSK PWTFALEKIT GTKKMDAKPL LNYFEPLFTW LKEQNGNSVG WHSGNYVGWS SDWSPYADQS IKVRISLKSA LGEKAYE WN DNEMYLFRSS VAYAMREYFL KVKNQTIPFR AEDVWVNDVK PRVSFKFFVT SPTNMSDIIP RSEVEDAIRM SRSRINAA F RLDDNSLEFL GIQPTLGPPY QPPVTIGLND IFEAQKIEWH EGGSHHHHHH HH

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分子 #2: VsCoV-a7-S RBD

分子名称: VsCoV-a7-S RBD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GenBank BDI08829.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Merbecovirus (ウイルス) / 株: VsCoV-a7
分子量理論値: 29.494377 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTECDFTSML TAVPPQVYNF SRLVFTNCNY NLTKLLSLFQ VTEFSCHQVS PDALASGCY SSLTVDYFAY PSYLASYLHP GSTGEIAQYN YKQDFSNPTC RILATVPANL TIPKPARYMW LTQCYSYSAF G NTPLYVKP ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTECDFTSML TAVPPQVYNF SRLVFTNCNY NLTKLLSLFQ VTEFSCHQVS PDALASGCY SSLTVDYFAY PSYLASYLHP GSTGEIAQYN YKQDFSNPTC RILATVPANL TIPKPARYMW LTQCYSYSAF G NTPLYVKP SQYTPCLSLA SQGFDADSQT HRDTVNKMAA TGRIAAMSGN LQMAFVISVQ YGTDANSVCP MQAVRLVPRG SS SGGSGLN DIFEAQKIEW HEGGSHHHHH HHH

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 163 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 578871
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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