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- EMDB-48941: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48941
タイトルEndogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
マップデータEndogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
試料
  • 複合体: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
    • タンパク質・ペプチド: Gametocyte surface protein P230
    • タンパク質・ペプチド: 18F25 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 18F25 Kappa Chain
キーワード6-Cys / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性: / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Jackman JJ / Yoo R / Ivanochko D / Hailemariam S / Bekkering E / Julien JP
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structure of endogenous Pfs230:Pfs48/45 in complex with potent malaria transmission-blocking antibodies.
著者: Bekkering ET / Yoo R / Hailemariam S / Heide F / Ivanochko D / Jackman M / Proellochs NI / Stoter R / van Gemert GJ / Maeda A / Yuguchi T / Wanders OT / van Daalen RC / Inklaar MR / Andrade ...著者: Bekkering ET / Yoo R / Hailemariam S / Heide F / Ivanochko D / Jackman M / Proellochs NI / Stoter R / van Gemert GJ / Maeda A / Yuguchi T / Wanders OT / van Daalen RC / Inklaar MR / Andrade CM / Jansen PWTC / Vermeulen M / Bousema T / Takashima E / Rubinstein JL / Kooij TWA / Jore MM / Julien JP
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0597
最小 - 最大-0.24064481 - 0.8917581
平均 (標準偏差)0.00076595636 (±0.008657658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_48941_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_48941_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25

全体名称: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
要素
  • 複合体: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25
    • タンパク質・ペプチド: Gametocyte surface protein P230
    • タンパク質・ペプチド: 18F25 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 18F25 Kappa Chain

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超分子 #1: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25

超分子名称: Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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分子 #1: Gametocyte surface protein P230

分子名称: Gametocyte surface protein P230 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 363.70175 KDa
配列文字列: MKKIITLKNL FLIILVYIFS EKKDLRCNVI KGNNIKDDED KRFHLFYYSH NLFKTPETKE KKNKKECFYK NGGIYNLSKE IRMRKDTSV KIKQRTCPFH KEGSSFEMGS KNITCFYPIV GKKERKTLDT IIIKKNVTND HVVSSDMHSN VQEKNMILIR N IDKENKND ...文字列:
MKKIITLKNL FLIILVYIFS EKKDLRCNVI KGNNIKDDED KRFHLFYYSH NLFKTPETKE KKNKKECFYK NGGIYNLSKE IRMRKDTSV KIKQRTCPFH KEGSSFEMGS KNITCFYPIV GKKERKTLDT IIIKKNVTND HVVSSDMHSN VQEKNMILIR N IDKENKND IQNVEEKIQR DTYENKDYES DDTLIEWFDD NTNEENFLLT FLKRCLMKIF SSPKRKKTVV QKKHKSNFFI NS SLKYIYM YLTPSDSFNL VRRNRNLDEE DMSPRDNFVI DDEEEEEEEE EEEEEEEEEE EEEEEEEYDD YVYEESGDET EEQ LQEEHQ EEVGAESSEE SFNDEDEDSV EARDGDMIRV DEYYEDQDGD TYDSTIKNED VDEEVGEEVG EEVGEEVGEE VGEE VGEEV GEEVGEEVGE EEGEEVGEGV GEEVGEEEGE EVGEEEGEYV DEKERQGEIY PFGDEEEKDE GGESFTYEKS EVDKT DLFK FIEGGEGDDV YKVDGSKVLL DDDTISRVSK KHTARDGEYG EYGEAVEDGE NVIKIIRSVL QSGALPSVGV DELDKI DLS YETTESGDTA VSEDSYDKYA SNNTNKEYVC DFTDQLKPTE SGPKVKKCEV KVNEPLIKVK IICPLKGSVE KLYDNIE YV PKKSPYVVLT KEETKLKEKL LSKLIYGLLI SPTVNEKENN FKEGVIEFTL PPVVHKATVF YFICDNSKTE DDNKKGNR G IVEVYVEPYG NKINGCAFLD EDEEEEKYGN QIEEDEHNEK IKMKTFFTQN IYKKNNIYPC YMKLYSGDIG GILFPKNIK STTCFEEMIP YNKEIKWNKE NKSLGNLVNN SVVYNKEMNA KYFNVQYVHI PTSYKDTLNL FCSIILKEEE SNLISTSYLV YVSINEELN FSLFDFYESF VPIKKTIQVA QKNVNNKEHD YTCDFTDKLD KTVPSTANGK KLFICRKHLK EFDTFTLKCN V NKTQYPNI EIFPKTLKDK KEVLKLDLDI QYQMFSKFFK FNTQNAKYLN LYPYYLIFPF NHIGKKELKN NPTYKNHKDV KY FEQSSVL SPLSSADSLG KLLNFLDTQE TVCLTEKIRY LNLSINELGS DNNTFSVTFQ VPPYIDIKEP FYFMFGCNNN KGE GNIGIV ELLISKQEEK IKGCNFHESK LDYFNENISS DTHECTLHAY ENDIIGFNCL ETTHPNEVEV EVEDAEIYLQ PENC FNNVY KGLNSVDITT ILKNAQTYNI NNKKTPTFLK IPPYNLLEDV EISCQCTIKQ VVKKIKVIIT KNDTVLLKRE VQSES TLDD KIYKCEHENF INPRVNKTFD ENVEYTCNIK IENFFNYIQI FCPAKDLGIY KNIQMYYDIV KPTRVPQFKK FNNEEL HKL IPNSEMLHKT KEMLILYNEE KVDLLHFYVF LPIYIKDIYE FNIVCDNSKT MWKNQLGGKV IYHITVSKRE QKVKGCS FD NEHAHMFSYN KTNVKNCIID AKPKDLIGFV CPSGTLKLTN CFKDAIVHTN LTNINGILYL KNNLANFTYK HQFNYMEI P ALMDNDISFK CICVDLKKKK YNVKSPLGPK VLRALYKKLN IKFDNYVTGT DQNKYLMTYM DLHLSHKRNY LKELFHDLG KKKPADTDAN PESIIESLSI NESNESGPFP TGDVDAEHLI LEGYDTWESL YDEQLEEVIY NDIESLELKD IEQYVLQVNL KAPKLMMSA QIHNNRHVCD FSKNNLIVPE SLKKKEELGG NPVNIHCYAL LKPLDTLYVK CPTSKDNYEA AKVNISENDN E YELQVISL IEKRFHNFET LESKKPGNGD VVVHNGVVDT GPVLDNSTFE KYFKNIKIKP DKFFEKVINE YDDTEEEKDL ES ILPGAIV SPMKVLKKKD PFTSYAAFVV PPIVPKDLHF KVECNNTEYK DENQYISGYN GIIHIDISNS NRKINGCDFS TNN SSILTS SVKLVNGETK NCEININNNE VFGIICDNET NLDPEKCFHE IYSKDNKTVK KFREVIPNID IFSLHNSNKK KVAY AKVPL DYINKLLFSC SCKTSHTNTI GTMKVTLNKD EKEEEDFKTA QGIKHNNVHL CNFFDNPELT FDNNKIVLCK IDAEL FSEV IIQLPIFGTK NVEEGVQNEE YKKFSLKPSL VFDDNNNDIK VIGKEKNEVS ISLALKGVYG NRIFTFDKNG KKGEGI SFF IPPIKQDTDL KFIINETIDN SNIKQRGLIY IFVRKNVSEN SFKLCDFTTG STSLMELNSQ VKEKKCTVKI KKGDIFG LK CPKGFAIFPQ ACFSNVLLEY YKSDYEDSEH INYYIHKDKK YNLKPKDVIE LMDENFRELQ NIQQYTGISN ITDVLHFK N FNLGNLPLNF KNHYSTAYAK VPDTFNSIIN FSCNCYNPEK HVYGTMQVES DNRNFDNIKK NENVIKNFLL PNIEKYALL LDDEERQKKI KQQQEEEQQE QILKDQDDRL SRHDDYNKNH TYILYDSNEH ICDYEKNESL ISTLPNDTKK IQKSICKINA KALDVVTIK CPHTKNFTPK DYFPNSSLIT NDKKIVITFD KKNFVTYIDP TKKTFSLKDI YIQSFYGVSL DHLNQIKKIH E EWDDVHLF YPPHNVLHNV VLNNHIVNLS SALEGVLFMK SKVTGDETAT KKNTTLPTDG VSSILIPPYV KEDITFHLFC GK STTKKPN KKNTSLALIH IHISSNRNII HGCDFLYLEN QTNDAISNNN NNSYSIFTHN KNTENNLICD ISLIPKTVIG IKC PNKKLN PQTCFDEVYY VKQEDVPSKT ITADKYNTFS KDKIGNILKN AISINNPDEK DNTYTYLILP EKFEEELIDT KKVL ACTCD NKYIIHMKIE KSTMDKIKID EKKTIGKDIC KYDVTTKVAT CEIIDTIDSS VLKEHHTVHY SITLSRWDKL IIKYP TNEK THFENFFVNP FNLKDKVLYN YNKPINIEHI LPGAITTDIY DTRTKIKQYI LRIPPYVHKD IHFSLEFNNS LSLTKQ NQN IIYGNVAKIF IHINQGYKEI HGCDFTGKYS HLFTYSKKPL PNDDDICNVT IGNNTFSGFA CLSHFELKPN NCFSSVY DY NEANKVKKLF DLSTKVELDH IKQNTSGYTL SYIIFNKEST KLKFSCTCSS NYSNYTIRIT FDPNYIIPEP QSRAIIKY V DLQDKNFAKY LRKL

UniProtKB: Gametocyte surface protein P230

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分子 #2: 18F25 Heavy Chain

分子名称: 18F25 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.50332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQSGAE LARPGASVKL SCKASGYTFT NYWMQWVKQR PGQGLEWFGA IYPGDGDTRY TQKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLASE DSAVYYCARS LYLGAMDYWG QGTSVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLQQSGAE LARPGASVKL SCKASGYTFT NYWMQWVKQR PGQGLEWFGA IYPGDGDTRY TQKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLASE DSAVYYCARS LYLGAMDYWG QGTSVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSC

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分子 #3: 18F25 Kappa Chain

分子名称: 18F25 Kappa Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.530119 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVT NDVAWYQQKP GQSPKLLIYS ASYRYTGVPD RFTGSGSGTD FIFTISSVQA EDLAVYYCQ QHYSAPPTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVT NDVAWYQQKP GQSPKLLIYS ASYRYTGVPD RFTGSGSGTD FIFTISSVQA EDLAVYYCQ QHYSAPPTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKClpotassium chloride
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: The Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2 was used for freezing..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
詳細: The Falcon 4i Direct Electron Detector was used. Images were collected at average electron doses per image of 50 and 53.7 during two data collections.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.0) / 使用した粒子像数: 137749
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelmodel generated in-house
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

9n6u

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.9)
得られたモデル

PDB-9n5o:
Endogenous Pfs230D7-8 in complex with 18F25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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