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万見
- EMDB-48927: The Turkey Parvovirus Capsid structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48927
タイトルThe Turkey Parvovirus Capsid structure
マップデータ
試料
  • ウイルス: Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCapsid / Aveparvovirus / Turkey Parvovirus / cryo-EM / TuPV / VIRUS
機能・相同性Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2
機能・相同性情報
生物種Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hsi J / Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-2236414 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Birds of a Feather Flock Together: Structural Characterization of Red-Crowned Crane and Turkey Aveparvoviruses
著者: Hsi J / Mietzsch M / Patney M / Chen S / Sawh-Gopal A / Chipman P / McKenna R
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48927.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 360. Å		0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 360. Å		0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-7.913453 - 16.039439999999999
平均 (標準偏差)0.000000000103233 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-250-250-250
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48927_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48927_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Turkey parvovirus 260

全体名称: Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Turkey parvovirus 260

超分子名称: Turkey parvovirus 260 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 740934 / 生物種: Turkey parvovirus 260 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Turkey parvovirus 260 (ウイルス)
分子量理論値: 60.426852 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADENEPDQS GIPMELSDGP GTVGGGGGGG IGHSTGNWNC DTIWAENTCK TYASRHCVCL MRDMDQYKAI GNANGQHGLD TENQTQYFG FSTPWNYIDF NQYSVHFSPR DWQQLVNNYS RWRPRAVHVK IFNLQVIQKT VTDSGTQYSN DLTGTIQIFA D QEGRYPRL ...文字列:
MADENEPDQS GIPMELSDGP GTVGGGGGGG IGHSTGNWNC DTIWAENTCK TYASRHCVCL MRDMDQYKAI GNANGQHGLD TENQTQYFG FSTPWNYIDF NQYSVHFSPR DWQQLVNNYS RWRPRAVHVK IFNLQVIQKT VTDSGTQYSN DLTGTIQIFA D QEGRYPRL LYPNQTTLMG PFPSNIYYLP QYAYMTSMFN SGGPTVSSWW GFPTRESAFY CLDESPSQML RTGNEWETTF VF PSSTQWC NNKISTVSIT QRQNPLYDTW NVNGRGDDAK RGNFCTWRSP WYPGPYIYLT DTSAASQRLE NLANVAVGPD GMP LAPGMP QYRSESDKDE YLHTFWVPKK VKMNEGDIRN AQIDVSTATK VQVDTSTLYN TCPRSGYMST VSQGGAPAPI VWSG CVPGM IWDNRPATYF DPIWQQFPET DEQFKIISQL GGIPVKESPG HIFVKVTPKP TGAANGLIDE YCTFTCTVEI EWELE PLNT HRWNMRSMIS YETTDAKAGR QIVDENGQYQ VNVNSADITR LYMTKRAPRT N

UniProtKB: VP2

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 120 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.99 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9500000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35131
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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