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- EMDB-48895: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48895
タイトルAmino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
マップデータAmino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
試料
  • 複合体: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 (GluK2)
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin and tolloid-like protein 2 (Neto2)
キーワードKainate receptor / GluK2 / Ion Channel / Neto2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor complex / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of JNK cascade ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor complex / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of JNK cascade / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / receptor clustering / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / kainate selective glutamate receptor activity / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / modulation of excitatory postsynaptic potential / ionotropic glutamate receptor complex / positive regulation of synaptic transmission / behavioral fear response / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / PDZ domain binding / synaptic transmission, glutamatergic / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / intracellular protein transport / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / intracellular calcium ion homeostasis / terminal bouton / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / perikaryon / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / Spermadhesin, CUB domain superfamily / CUB domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / Spermadhesin, CUB domain superfamily / CUB domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuropilin and tolloid-like protein 2 / Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Gangwar SP / Yelshanskaya MV / Yen LY / Newton TP / Sobolevsky AI
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01 AR078814 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21 NS139087 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
著者: Gangwar SP / Yelshanskaya MV / Yen LY / Newton TP / Sobolevsky AI
履歴
登録2025年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.21532014 - 0.37216803
平均 (標準偏差)0.00017934502 (±0.007433499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Consensus map for GluK2-2xNeto2 in the open state,...

ファイルemd_48895_additional_1.map
注釈Consensus map for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state,...

ファイルemd_48895_half_map_1.map
注釈Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state,...

ファイルemd_48895_half_map_2.map
注釈Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in com...

全体名称: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
要素
  • 複合体: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 (GluK2)
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin and tolloid-like protein 2 (Neto2)

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超分子 #1: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in com...

超分子名称: Amino-terminal domain for GluK2-2xNeto2 in the open state, in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 and agonist kainate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 (GluK2)

分子名称: Glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 (GluK2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSFE ASKKACDQLS LGVAAIFGPS HSSSANAVQS ICNALGVPHI QTRWKHQVSD NKDSFYVSLY PDFSSLSRAI LDLVQFFKWK ...文字列:
MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSFE ASKKACDQLS LGVAAIFGPS HSSSANAVQS ICNALGVPHI QTRWKHQVSD NKDSFYVSLY PDFSSLSRAI LDLVQFFKWK TVTVVYDDST GLIRLQELIK APSRYNLRLK IRQLPADTKD AKPLLKEMKR GKEFHVIFDC SHEMAAGILK QALAMGMMTE YYHYIFTTLD LFALDVEPYR YSGVNMTGFR ILNTENTQVS SIIEKWSMER LQAPPKPDSG LLDGFMTTDA ALMYDAVHVV SVAVQQFPQM TVSSLQCNRH KPWRFGTRFM SLIKEAHWEG LTGRITFNKT NGLRTDFDLD VISLKEEGLE KIGTWDPASG LNMTESQKGK PANITDSLSN RSLIVTTILE EPYVLFKKSD KPLYGNDRFE GYCIDLLREL STILGFTYEI RLVEDGKYGA QDDVNGQWNG MVRELIDHKA DLAVAPLAIT YVREKVIDFS KPFMTLGISI LYRKPNGTNP GVFSFLNPLS PDIWMYVLLA CLGVSCVLFV IARFSPYEWY NPHPCNPDSD VVENNFTLLN SFWFGVGALM QQGSELMPKA LSTRIVGGIW WFFTLIIISS YTANLAAFLT VERMESPIDS ADDLAKQTKI EYGAVEDGAT MTFFKKSKIS TYDKMWAFMS SRRQSVLVKS NEEGIQRVLT SDYAFLMEST TIEFVTQRNC NLTQIGGLID SKGYGVGTPM GSPYRDKITI AILQLQEEGK LHMMKEKWWR GNGCPEEESK EASALGVQNI GGIFIVLAAG LVLSVFVAVG EFLYKSKKNA QLEKRSFCSA MVEELRMSLK CQRRLKHKPQ APVIVKTEEV INMHTFNDRR LPGKETMA

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

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分子 #2: Neuropilin and tolloid-like protein 2 (Neto2)

分子名称: Neuropilin and tolloid-like protein 2 (Neto2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: MALEQLCAVL KVLLITVLVV EGIAVAQKTQ DGQNIGIKHV PATQCGIWVR TSNGGHFASP NYPDSYPPNK ECIYILEAAP RQRIELTFDE RYYIEPSFEC RFDHLEVRDG PFGFSPLIDR YCGMKSPALI RSTGRFMWIK FSSDEELEGL GFRAKYSFIP DPDFTYLGGI ...文字列:
MALEQLCAVL KVLLITVLVV EGIAVAQKTQ DGQNIGIKHV PATQCGIWVR TSNGGHFASP NYPDSYPPNK ECIYILEAAP RQRIELTFDE RYYIEPSFEC RFDHLEVRDG PFGFSPLIDR YCGMKSPALI RSTGRFMWIK FSSDEELEGL GFRAKYSFIP DPDFTYLGGI LNPIPDCQFE LSGADGIVRS SQVEQEEKTK PGQAVDCIWT IKATPKAKIY LRFLDYQMEH SNECKRNFVA VYDGSSAIEN LKAKFCSTVA NDVMLKTGVG VIRMWADEGS RLSRFRMLFT SFVEPPCTSS TFFCHSNMCI NNSLVCNGVQ NCAYPWDENH CKEKKKAGLF EQITKTHGTI IGVTSGIVLV LLIISILVQV KQPRKKVMAC KTAFNKTGFQ EVFDPPHYEL FSLREKEISA DLADLSEELD NYQKLRRSST ASRCIHDHHC GSQASSVKQS RTNLSSMELP FRNDFAQPQP MKTFNSTFKK SSYTFKQTHD CPEQALEDRV MEEIPCEIYV RGRDDSAQAS ISIDF

UniProtKB: Neuropilin and tolloid-like protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMSodium Chloride
0.05 %Digitonin
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116689
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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