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- EMDB-48873: Structure of AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48873
タイトルStructure of AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 Hemagglutinin
マップデータ
試料
  • 複合体: AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab AG2-G02
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab AG2-G02
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
キーワードInfluenza / Antibody / Immune system / Hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gopal AB / Wu NC / Lv H / Pholcharee T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI167910 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 Hemagglutinin
著者: Gopal AB / Wu NC / Lv H / Pholcharee T
履歴
登録2025年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48873.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.529 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.121
最小 - 最大-0.0018049262 - 1.8024011
平均 (標準偏差)0.00066434435 (±0.019412134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 380.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48873_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48873_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/...

全体名称: AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 hemagglutinin
要素
  • 複合体: AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab AG2-G02
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab AG2-G02
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin

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超分子 #1: AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/...

超分子名称: AG2-G02 Fab in complex with influenza H3N8 A/Mallard/Alberta/362/2017 hemagglutinin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Hemagglutinin was expressed recombinantly in SF9 cells. AG2-G02 Fab was expressed recombinantly in Expi293F cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Mallard/Alberta/362/2017
分子量理論値: 55.422828 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GRDCTLIDAL LGDPHCDVFQ DETWDLYVER SSAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPASGFFS RLNWLTKSGS AYPVLNVTMP N NDNFDKLY ...文字列:
ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GRDCTLIDAL LGDPHCDVFQ DETWDLYVER SSAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPASGFFS RLNWLTKSGS AYPVLNVTMP N NDNFDKLY VWGVHHPSTN QEQTSLYVQA SGRVTVSTRR SQQTIIPNIG SRPWVRGQSG RISIYWTIVK PGDVLVINSN GN LIAPRGY FKMRTGKSSI MRSDAPIDTC ISECITPNGS IPNDKPFQNV NKITYGACPK YVKQSTLKLA TGMRNVPEKQ TRG LFGAKA GFIENGWEGM IDGWYGFRHQ NSEGTGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRVIE KTNEKFHQIE KEFSEVEGRI QDLE KYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTRRQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIESIRNGT YDHDI YRDE ALNNRFQIKG V

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Variable domain of the heavy chain of Fab AG2-G02

分子名称: Variable domain of the heavy chain of Fab AG2-G02 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.807328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVQSGAEM KKPGASVKVS CKASGYTFSA YYIHWVRQAP GQGLEWMGRI NTDSGGTNFA QQFEGRVTMT RDTSISTAYM ELSSLRSDD TAVYYCARGY DFWLGSYRAG GWFDPWGQGT LVTVSS

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分子 #3: Variable domain of the light chain of Fab AG2-G02

分子名称: Variable domain of the light chain of Fab AG2-G02 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.858151 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFRGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPQGF TFGPGTKVDI K

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分子 #4: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Mallard/Alberta/362/2017
分子量理論値: 55.449852 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GRDCTLIDAL LGDPHCDVFQ DETWDLYVER SSAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPASGFFS RLNWLTKSGS AYPVLNVTMP N NDNFDKLY ...文字列:
ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GRDCTLIDAL LGDPHCDVFQ DETWDLYVER SSAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPASGFFS RLNWLTKSGS AYPVLNVTMP N NDNFDKLY VWGVHHPSTN QEQTNLYVQA SGRVTVSTRR SQQTIIPNIG SRPWVRGQSG RISIYWTIVK PGDVLVINSN GN LIAPRGY FKMRTGKSSI MRSDAPIDTC ISECITPNGS IPNDKPFQNV NKITYGACPK YVKQSTLKLA TGMRNVPEKQ TRG LFGAKA GFIENGWEGM IDGWYGFRHQ NSEGTGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRVIE KTNEKFHQIE KEFSEVEGRI QDLE KYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTRRQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIESIRNGT YDHDI YRDE ALNNRFQIKG V

UniProtKB: Hemagglutinin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The sample was also mixed with octyl glucoside to 0.1% w/v of the detergent final concentration prior to applying to the grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was built directly into the map using automated model building algorithm ModelAngelo (DOI: 10.1038/s41586-024-07215-4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 326211
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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