EMDB-48864: MS2-pMS2 Icosahedral Reconstruction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-48864

タイトル

MS2-pMS2 Icosahedral Reconstruction

マップデータ

試料

ウイルス: Escherichia phage MS2 (ファージ)
- タンパク質・ペプチド: Capsid protein

キーワード

MS2 / VIRUS / VIRUS LIKE PARTICLE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage MS2 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Subramanian S / Makasarashvili N / Garmann RF / Parent KN

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140803	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM127751	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Measuring the selective packaging of RNA molecules by viral coat proteins in cells
著者: Rastandeh A / Makasarashvili N / Dhaliwal HK / Subramanian S / Villarreal DA / Baker S / Gamez ET / Parent KN / Garmann RF

履歴

登録	2025年2月1日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月6日	-
マップ公開	2025年8月6日	-
更新	2025年8月6日	-
現状	2025年8月6日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_48864.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_48864.map.gz	407.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-48864-v30.xml emd-48864.xml	17.2 KB 17.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_48864_fsc.xml	19.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_48864.png	246.2 KB
マスクデータ	emd_48864_msk_1.map	824 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-48864.cif.gz	5.5 KB
その他	emd_48864_half_map_1.map.gz emd_48864_half_map_2.map.gz	762.4 MB 762.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48864	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_48864_validation.pdf.gz	913.6 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_48864_full_validation.pdf.gz	913.1 KB	表示
XML形式データ	emd_48864_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_48864_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48864	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9n40MC 48865C 48866C 48867C 48868C 9n41C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_48864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 600 pix. = 499.2 Å	0.83 Å/pix. x 600 pix. = 499.2 Å	0.83 Å/pix. x 600 pix. = 499.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.832 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.1
最小 - 最大	-0.26587403 - 0.749214
平均 (標準偏差)	-0.000006968285 (±0.033692516)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_48864_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_48864_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_48864_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Escherichia phage MS2

全体	名称: Escherichia phage MS2 (ファージ)
要素	ウイルス: Escherichia phage MS2 (ファージ) タンパク質・ペプチド: Capsid protein

-
超分子 #1: Escherichia phage MS2

超分子	名称: Escherichia phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12022 / 生物種: Escherichia phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Capsid protein

分子	名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Escherichia phage MS2 (ファージ)
分子量	理論値: 13.738464 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: ASNFTQFVLV DNGGTGDVTV APSNFANGVA EWISSNSRSQ AYKVTCSVRQ SSAQNRKYTI KVEVPKVATQ TVGGVELPVA AWRSYLNME LTIPIFATNS DCELIVKAMQ GLLKDGNPIP SAIAANSGIY UniProtKB: Capsid protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	名称
50.0 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane
100.0 mM	sodium chloride
1.0 mM	EDTA

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.18 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 728471
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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