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- EMDB-48776: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48776
タイトルMfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
マップデータ
試料
  • 複合体: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードRNA polymerase / MFD / Transcription-coupled repair / TCR / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / damaged DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / hydrolase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Brewer JJ / Darst SA / Campbell EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
著者: Brewer JJ / Darst SA / Campbell EA
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.9 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.93
最小 - 最大-17.131526999999998 - 28.055641000000001
平均 (標準偏差)0.062342677 (±0.7776025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_48776_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48776_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48776_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L...

全体名称: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
要素
  • 複合体: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-repair-coupling factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (49-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
    • DNA: DNA (55-MER)
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L...

超分子名称: Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex + ADP-BeF3 - L1 state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#8
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Transcription-repair-coupling factor

分子名称: Transcription-repair-coupling factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 132.234703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHSSGL EVLFQGPHMP EQYRYTLPVK AGEQRLLGEL TGAACATLVA EIAERHAGPV VLIAPDMQNA LRLHDEISQF TDQMVMNLA DWETLPYDSF SPHQDIISSR LSTLYQLPTM QRGVLIVPVN TLMQRVCPHS FLHGHALVMK KGQRLSRDAL R TQLDSAGY ...文字列:
HHHHHHSSGL EVLFQGPHMP EQYRYTLPVK AGEQRLLGEL TGAACATLVA EIAERHAGPV VLIAPDMQNA LRLHDEISQF TDQMVMNLA DWETLPYDSF SPHQDIISSR LSTLYQLPTM QRGVLIVPVN TLMQRVCPHS FLHGHALVMK KGQRLSRDAL R TQLDSAGY RHVDQVMEHG EYATRGALLD LFPMGSELPY RLDFFDDEID SLRVFDVDSQ RTLEEVEAIN LLPAHEFPTD KA AIELFRS QWRDTFEVKR DPEHIYQQVS KGTLPAGIEY WQPLFFSEPL PPLFSYFPAN TLLVNTGDLE TSAERFQADT LAR FENRGV DPMRPLLPPQ SLWLRVDELF SELKNWPRVQ LKTEHLPTKA ANANLGFQKL PDLAVQAQQK APLDALRKFL ETFD GPVVF SVESEGRREA LGELLARIKI APQRIMRLDE ASDRGRYLMI GAAEHGFVDT VRNLALICES DLLGERVARR RQDSR RTIN PDTLIRNLAE LHIGQPVVHL EHGVGRYAGM TTLEAGGITG EYLMLTYAND AKLYVPVSSL HLISRYAGGA EENAPL HKL GGDAWSRARQ KAAEKVRDVA AELLDIYAQR AAKEGFAFKH DREQYQLFCD SFPFETTPDQ AQAINAVLSD MCQPLAM DR LVCGDVGFGK TEVAMRAAFL AVDNHKQVAV LVPTTLLAQQ HYDNFRDRFA NWPVRIEMIS RFRSAKEQTQ ILAEVAEG K IDILIGTHKL LQSDVKFKDL GLLIVDEEHR FGVRHKERIK AMRANVDILT LTATPIPRTL NMAMSGMRDL SIIATPPAR RLAVKTFVRE YDSMVVREAI LREILRGGQV YYLYNDVENI QKAAERLAEL VPEARIAIGH GQMRERELER VMNDFHHQRF NVLVCTTII ETGIDIPTAN TIIIERADHF GLAQLHQLRG RVGRSHHQAY AWLLTPHPKA MTTDAQKRLE AIASLEDLGA G FALATHDL EIRGAGELLG EEQSGSMETI GFSLYMELLE NAVDALKAGR EPSLEDLTSQ QTEVELRMPS LLPDDFIPDV NT RLSFYKR IASAKTENEL EEIKVELIDR FGLLPDPART LLDIARLRQQ AQKLGIRKLE GNEKGGVIEF AEKNHVNPAW LIG LLQKQP QHYRLDGPTR LKFIQDLSER KTRIEWVRQF MRELEENAIA

UniProtKB: Transcription-repair-coupling factor

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.897453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL ...文字列:
SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL LVDACYSPVE RIAYNVEAAR VEQRTDLDKL VIEMETNGTI DPEEAIRRAA TILAEQLEAF VDLRDV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.560562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK ...文字列:
VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK VLYNARIIPY RGSWLDFEFD PKDNLFVRID RRRKLPATII LRALNYTTEQ ILDLFFEKVI FEIRDNKLQM EL VPERLRG ETASFDIEAN GKVYVEKGRR ITARHIRQLE KDDVKLIEVP VEYIAGKVVA KDYIDESTGE LICAANMELS LDL LAKLSQ SGHKRIETLF TNDLDHGPYI SETLRVDPTN DRLSALVEIY RMMRPGEPPT REAAESLFEN LFFSEDRYDL SAVG RMKFN RSLLREEIEG SGILSKDDII DVMKKLIDIR NGKGEVDDID HLGNRRIRSV GEMAENQFRV GLVRVERAVK ERLSL GDLD TLMPQDMINA KPISAAVKEF FGSSQLSQFM DQNNPLSEIT HKRRISALGP GGLTRERAGF EVRDVHPTHY GRVCPI ETP EGPNIGLINS LSVYAQTNEY GFLETPYRKV TDGVVTDEIH YLSAIEEGNY VIAQANSNLD EEGHFVEDLV TCRSKGE SS LFSRDQVDYM DVSTQQVVSV GASLIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPTL RADKPLVGTG MERAVAVDSG VTAVAKRG G VVQYVDASRI VIKVNEDEMY PGEAGIDIYN LTKYTRSNQN TCINQMPCVS LGEPVERGDV LADGPSTDLG ELALGQNMR VAFMPWNGYN FEDSILVSER VVQEDRFTTI HIQELACVSR DTKLGPEEIT ADIPNVGEAA LSKLDESGIV YIGAEVTGGD ILVGKVTPK GETQLTPEEK LLRAIFGEKA SDVKDSSLRV PNGVSGTVID VQVFTRDGVE KDKRALEIEE MQLKQAKKDL S EELQILEA GLFSRIRAVL VAGGVEAEKL DKLPRDRWLE LGLTDEEKQN QLEQLAEQYD ELKHEFEKKL EAKRRKITQG DD LAPGVLK IVKVYLAVKR RIQPGDKMAG RHGNKGVISK INPIEDMPYD ENGTPVDIVL NPLGVPSRMN IGQILETHLG MAA KGIGDK INAMLKQQQE VAKLREFIQR AYDLGADVRQ KVDLSTFSDE EVMRLAENLR KGMPIATPVF DGAKEAEIKE LLKL GDLPT SGQIRLYDGR TGEQFERPVT VGYMYMLKLN HLVDDKMHAR STGSYSLVTQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW ALEAY GAAY TLQEMLTVKS DDVNGRTKMY KNIVDGNHQM EPGMPESFNV LLKEIRSLGI NIELED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.507422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EFDAIKIALA SPDMIRSWSF GEVKKPETIN YRTFKPERDG LFCARIFGPV KDYECLCGKY KRLKHRGVIC EKCGVEVTQT KVRRERMGH IELASPTAHI WFLKSLPSRI GLLLDMPLRD IERVLYFESY VVIEGGMTNL ERQQILTEEQ YLDALEEFGD E FDAKMGAE ...文字列:
EFDAIKIALA SPDMIRSWSF GEVKKPETIN YRTFKPERDG LFCARIFGPV KDYECLCGKY KRLKHRGVIC EKCGVEVTQT KVRRERMGH IELASPTAHI WFLKSLPSRI GLLLDMPLRD IERVLYFESY VVIEGGMTNL ERQQILTEEQ YLDALEEFGD E FDAKMGAE AIQALLKSMD LEQECEQLRE ELNETNSETK RKKLTKRIKL LEAFVQSGNK PEWMILTVLP VLPPDLRPLV PL DGGRFAT SDLNDLYRRV INRNNRLKRL LDLAAPDIIV RNEKRMLQEA VDALLDNGRR GRAITGSNKR PLKSLADMIK GKQ GRFRQN LLGKRVDYSG RSVITVGPYL RLHQCGLPKK MALELFKPFI YGKLELRGLA TTIKAAKKMV EREEAVVWDI LDEV IREHP VLLNRAPTLH RLGIQAFEPV LIEGKAIQLH PLVCAAYNAD FDGDQMAVHV PLTLEAQLEA RALMMSTNNI LSPAN GEPI IVPSQDVVLG LYYMTRDCVN AKGEGMVLTG PKEAERLYRS GLASLHARVK VRITEYEKDA NGELVAKTSL KDTTVG RAI LWMIVPKGLP YSIVNQALGK KAISKMLNTC YRILGLKPTV IFADQIMYTG FAYAARSGAS VGIDDMVIPE KKHEIIS EA EAEVAEIQEQ FQSGLVTAGE RYNKVIDIWA AANDRVSKAM MDNLQTETVI NRDGQEEKQV SFNSIYMMAD SGARGSAA Q IRQLAGMRGL MAKPDGSIIE TPITANFREG LNVLQYFIST HGARKGLADT ALKTANSGYL TRRLVDVAQD LVVTEDDCG THEGIMMTPV IEGGDVKEPL RDRVLGRVTA EDVLKPGTAD ILVPRNTLLH EQWCDLLEEN SVDAVKVRSV VSCDTDFGVC AHCYGRDLA RGHIINKGEA IGVIAAQSIG EPGTQLTMRT FHIGGAASRA AAESSIQVKN KGSIKLSNVK SVVNSSGKLV I TSRNTELK LIDEFGRTKE SYKVPYGAVL AKGDGEQVAG GETVANWDPH TMPVITEVSG FVRFTDMIDG QTITRQTDEL TG LSSLVVL DSAERTAGGK DLRPALKIVD AQGNDVLIPG TDMPAQYFLP GKAIVQLEDG VQISSGDTLA RIPQESGGTK DIT GGLPRV ADLFEARRPK EPAILAEISG IVSFGKETKG KRRLVITPVD GSDPYEEMIP KWRQLNVFEG ERVERGDVIS DGPE APHDI LRLRGVHAVT RYIVNEVQDV YRLQGVKIND KHIEVIVRQM LRKATIVNAG SSDFLEGEQV EYSRVKIANR ELEAN GKVG ATYSRDLLGI TKASLATESF ISAASFQETT RVLTEAAVAG KRDELRGLKE NVIVGRLIPA GTGYAYHQDR MRRRA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAW8PRI5

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #6: DNA (49-MER)

分子名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 19.748631 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #8: DNA (55-MER)

分子名称: DNA (55-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 19.630492 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT) (DA)(DT)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT) (DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)

+
分子 #7: RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.509968 KDa
配列文字列:
GCAUUCAAAG CGGAGAGGUA

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6alh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96588
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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