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- EMDB-48769: Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48769
タイトルStructure of PorKN from Porphyromonas gingivalis
マップデータunsharpened
試料
  • 複合体: PorKN
    • タンパク質・ペプチド: PorK
    • タンパク質・ペプチド: Gliding motility protein GldN
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: water
キーワードT9SS Type 9 Secretion System C33 assembly periplasmic assembly membrane protein / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating oxidase activity
類似検索 - 分子機能
Gliding motility associated protein GldN / Gliding motility associated protein GldN / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gliding motility protein GldN / Lipoprotein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lea SM / Deme JC / Berks BC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A central role for disulfide bonds in Bacteroidota protein transportation and gliding motility
著者: Liu X / Avaramova M / Deme JC / Lundgren C / Jones RM / Lea SM / Berks BC
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48769.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.04 Å		1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.04 Å		1.03 Å/pix.
x 512 pix.
= 527.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02938 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.351
最小 - 最大-0.8995842 - 2.5108318
平均 (標準偏差)0.0011971553 (±0.044342954)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 527.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48769_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_48769_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpened volume

ファイルemd_48769_additional_1.map
注釈sharpened volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48769_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48769_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PorKN

全体名称: PorKN
要素
  • 複合体: PorKN
    • タンパク質・ペプチド: PorK
    • タンパク質・ペプチド: Gliding motility protein GldN
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: PorKN

超分子名称: PorKN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

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分子 #1: PorK

分子名称: PorK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83)
分子量理論値: 55.967539 KDa
配列文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT ...文字列:
MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT HDRKLNPDQM VYRYEVYDYR SAALREHQLK AAKRNLNTDI KVDPNAVVMI SKDTAFVDES GNIISETITR PL SSEYDFL NTYIVPIYPD ETCWVNDFPN ARTEIYTRMY FNHPGYDDYP VVGISWEQAQ AFCAWRSEFF RKGIRLPEGQ IMD DFRLPT EAEWEYAARM GDSNNKYPWS TEDLRTGRGC FLGNFKPGEG DYTADGHLIP SRVSSFSPND FGLYDMAGNV AEWT STAFS ESGLKQMSDI NPELEYKAAL TDPYILKQKV VRGGSWKDVA RFIRSATRSH EYQNVGRSYI GFRCVRTSIA FSSGK APKS SRRSTKK

UniProtKB: Lipoprotein, putative

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分子 #2: Gliding motility protein GldN

分子名称: Gliding motility protein GldN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83)
分子量理論値: 41.729207 KDa
配列文字列: MFMKVFKAVI GAILAATVSI SSVAQENTNN RSPQVGRAPR NTEVEQTTTL SNRAQEFNRR LTQKTDNAPW RRVVYRRVDL MEESNAVLY YPPRPIGDRK NLFSTIFGLI NSNSLDVYEY LDGFEAFTDQ YKIKFQEFLD RFGIYYQPST NKNAELFKVA D SDIPSAEV ...文字列:
MFMKVFKAVI GAILAATVSI SSVAQENTNN RSPQVGRAPR NTEVEQTTTL SNRAQEFNRR LTQKTDNAPW RRVVYRRVDL MEESNAVLY YPPRPIGDRK NLFSTIFGLI NSNSLDVYEY LDGFEAFTDQ YKIKFQEFLD RFGIYYQPST NKNAELFKVA D SDIPSAEV KAYYVKEEWY FTPTNSDVDI KIQAICPIMT GQDEFGEVRN QPLFWIPYEN IRPYIARERV MLSSLNNTRN ST IDDFFRL NLYKGDIVKT ENLHNRALAE YCPTPDSMKM ESKRIDKELQ GFRDGLFVTQ DTTWMKQAET KKSKGKKLEK ARG KNITSR TRGQGEGAAE TEAVEPKKQK ASKNKAATRS VRRRK

UniProtKB: Gliding motility protein GldN

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 676608
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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