EMDB-48769: Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-48769

タイトル

Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis

マップデータ

unsharpened

試料

複合体: PorKN
- タンパク質・ペプチド: PorK
- タンパク質・ペプチド: Gliding motility protein GldN
リガンド: CALCIUM ION
リガンド: alpha-D-mannopyranose
リガンド: water

キーワード

T9SS Type 9 Secretion System C33 assembly periplasmic assembly membrane protein / PROTEIN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

formylglycine-generating oxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Lea SM / Deme JC / Berks BC

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A central role for disulfide bonds in Bacteroidota protein transportation and gliding motility
著者: Liu X / Avaramova M / Deme JC / Lundgren C / Jones RM / Lea SM / Berks BC

履歴

登録	2025年1月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月16日	-
マップ公開	2025年4月16日	-
更新	2025年4月16日	-
現状	2025年4月16日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_48769.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_48769.map.gz	424.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-48769-v30.xml emd-48769.xml	19.5 KB 19.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_48769_fsc.xml	16.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_48769.png	108.9 KB
マスクデータ	emd_48769_msk_1.map emd_48769_msk_2.map	512 MB 512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-48769.cif.gz	6.4 KB
その他	emd_48769_additional_1.map.gz emd_48769_half_map_1.map.gz emd_48769_half_map_2.map.gz	483.7 MB 474.7 MB 474.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48769 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48769	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_48769_validation.pdf.gz	899.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_48769_full_validation.pdf.gz	898.8 KB	表示
XML形式データ	emd_48769_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_48769_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48769 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48769	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mzuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (2) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

EMDBのページ

EMDB (EBI/PDBe) /

EMDataResource

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (2)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_48769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

unsharpened

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.03 Å/pix. x 512 pix. = 527.04 Å	1.03 Å/pix. x 512 pix. = 527.04 Å	1.03 Å/pix. x 512 pix. = 527.04 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.02938 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.351
最小 - 最大	-0.8995842 - 2.5108318
平均 (標準偏差)	0.0011971553 (±0.044342954)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_48769_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイル

emd_48769_msk_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpened volume

ファイル

emd_48769_additional_1.map

注釈

sharpened volume

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイル

emd_48769_half_map_1.map

注釈

half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイル

emd_48769_half_map_2.map

注釈

half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : PorKN

全体	名称: PorKN
要素	複合体: PorKN タンパク質・ペプチド: PorK タンパク質・ペプチド: Gliding motility protein GldN リガンド: CALCIUM ION リガンド: alpha-D-mannopyranose リガンド: water

-
超分子 #1: PorKN

超分子	名称: PorKN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

-
分子 #1: PorK

分子	名称: PorK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83)
分子量	理論値: 55.967539 KDa
配列	文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT ...文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT HDRKLNPDQM VYRYEVYDYR SAALREHQLK AAKRNLNTDI KVDPNAVVMI SKDTAFVDES GNIISETITR PL SSEYDFL NTYIVPIYPD ETCWVNDFPN ARTEIYTRMY FNHPGYDDYP VVGISWEQAQ AFCAWRSEFF RKGIRLPEGQ IMD DFRLPT EAEWEYAARM GDSNNKYPWS TEDLRTGRGC FLGNFKPGEG DYTADGHLIP SRVSSFSPND FGLYDMAGNV AEWT STAFS ESGLKQMSDI NPELEYKAAL TDPYILKQKV VRGGSWKDVA RFIRSATRSH EYQNVGRSYI GFRCVRTSIA FSSGK APKS SRRSTKK UniProtKB: Lipoprotein, putative

-
分子 #2: Gliding motility protein GldN

分子	名称: Gliding motility protein GldN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 株: (strain ATCC BAA-308 / W83)
分子量	理論値: 41.729207 KDa
配列	文字列: MFMKVFKAVI GAILAATVSI SSVAQENTNN RSPQVGRAPR NTEVEQTTTL SNRAQEFNRR LTQKTDNAPW RRVVYRRVDL MEESNAVLY YPPRPIGDRK NLFSTIFGLI NSNSLDVYEY LDGFEAFTDQ YKIKFQEFLD RFGIYYQPST NKNAELFKVA D SDIPSAEV ...文字列: MFMKVFKAVI GAILAATVSI SSVAQENTNN RSPQVGRAPR NTEVEQTTTL SNRAQEFNRR LTQKTDNAPW RRVVYRRVDL MEESNAVLY YPPRPIGDRK NLFSTIFGLI NSNSLDVYEY LDGFEAFTDQ YKIKFQEFLD RFGIYYQPST NKNAELFKVA D SDIPSAEV KAYYVKEEWY FTPTNSDVDI KIQAICPIMT GQDEFGEVRN QPLFWIPYEN IRPYIARERV MLSSLNNTRN ST IDDFFRL NLYKGDIVKT ENLHNRALAE YCPTPDSMKM ESKRIDKELQ GFRDGLFVTQ DTTWMKQAET KKSKGKKLEK ARG KNITSR TRGQGEGAAE TEAVEPKKQK ASKNKAATRS VRRRK UniProtKB: Gliding motility protein GldN

-
分子 #4: CALCIUM ION

分子	名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量	理論値: 40.078 Da

-
分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子	名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MAN
分子量	理論値: 180.156 Da
Chemical component information	ChemComp-MAN: alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

-
分子 #6: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 676608
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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-ハーフマップ: half map B

-試料の構成要素

-全体 : PorKN

-超分子 #1: PorKN

-分子 #1: PorK

-分子 #2: Gliding motility protein GldN

-分子 #4: CALCIUM ION

-分子 #5: alpha-D-mannopyranose

-分子 #6: water

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分子 #1: PorK

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