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- EMDB-48730: D7 Herpes Virus Simplex Neutralizing Nanobody Bound to HSV Glycop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48730
タイトルD7 Herpes Virus Simplex Neutralizing Nanobody Bound to HSV Glycoprotein gD
マップデータ
試料
  • 複合体: D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Nb Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein D
  • リガンド: water
キーワードNeutralizing Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein D / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Viadiu H / Abernathy E / Lee CV / Hung M / Yu Y / Xing W / Yu X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Identification and engineering of potent bispecific antibodies that protect against herpes simplex virus recurrent disease.
著者: Chingwei V Lee / Hector Viadiu / Apurva Kalamkar / David I Bernstein / Andrew Pae / Xinchao Yu / Sylvia Wong / Fernando J Bravo / Sheng Ding / Elbert Seto / Magdeleine Hung / Yu Yu / Weimei ...著者: Chingwei V Lee / Hector Viadiu / Apurva Kalamkar / David I Bernstein / Andrew Pae / Xinchao Yu / Sylvia Wong / Fernando J Bravo / Sheng Ding / Elbert Seto / Magdeleine Hung / Yu Yu / Weimei Xing / Giuseppe A Papalia / Wei Kan / Brian Carr / Majlinda Thomas / Leah Tong / Priyanka Desai / Nadine Jarrousse / Alexandre Mercier / Meghan M Holdorf / Simon P Fletcher / Emma Abernathy /
要旨: Herpes simplex virus (HSV) causes lifelong infections, including oral and genital herpes. There is no vaccine, and current antivirals are only partially effective at reducing symptoms and ...Herpes simplex virus (HSV) causes lifelong infections, including oral and genital herpes. There is no vaccine, and current antivirals are only partially effective at reducing symptoms and transmission. Therapeutic antibodies offer a potentially long-acting treatment option, although efforts to pursue this have been limited. We performed an alpaca immunization campaign and discovered high-affinity antibodies that both neutralized and completely blocked cell-to-cell spread (CCS), a key mechanism by which HSV evades neutralizing antibodies. Unexpectedly, we found that engineering antibodies into a bispecific format targeting two viral glycoproteins dramatically increased antiviral potency. Solving the structures of three antibodies using cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed a mechanistic understanding of how the bispecific format could enhance potency. Lastly, these bispecific antibodies significantly reduced lesion development in the guinea pig model of genital herpes, demonstrating that delayed dosing after latency establishment can reduce disease and confirming their potential as a transformative treatment option.
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48730.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.28 Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.28 Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.72315675 - 0.92928773
平均 (標準偏差)0.000035820718 (±0.014707955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 233.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48730_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48730_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D

全体名称: D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D
要素
  • 複合体: D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Nb Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein D
  • リガンド: water

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超分子 #1: D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D

超分子名称: D7 Neutralizing Nanobody bound to the HSV Glycoprotein D
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: There are 4 molecules in the complex. A HSV Glycoprotein D monomer neutrilized by the D7 Nanobody and one tool Fab to enable CryoEM studies (light and heavy chains).
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Anti-Nb Fab Heavy chain

分子名称: Anti-Nb Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 26.328123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNFS YYSIHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSSYTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARG YQYWQYHASW YWNGGLDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNFS YYSIHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSSYTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARG YQYWQYHASW YWNGGLDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDKTHTGS HH HHHH

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分子 #2: Ig-like domain-containing protein

分子名称: Ig-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 23.171703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSSSSLITFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDSQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSSSSLITFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDSQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

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分子 #3: D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D

分子名称: D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.588184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGSIPS IWIMYWYRQA PGKGRELVAQ ITNFGTTVYA DSVKGRFTIS SDASKNTVYL QMNSLRAED TAVYYCNLDV TLGPSRGAYW GKGTPVTVSS HHHHHH

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分子 #4: Glycoprotein D

分子名称: Glycoprotein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 36.577203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KYALADPSLK MADPNRFRGK NLPVLDQLTD PPGVKRVYHI QPSLEDPFQP PSIPITVYYA VLERACRSVL LHAPSEAPQI VRGASDEAR KHTYNLTIAW YRMGDNCAIP ITVMEYTECP YNKSLGVCPI RTQPRWSYYD SFSAVSEDNL GFLMHAPAFE T AGTYLRLV ...文字列:
KYALADPSLK MADPNRFRGK NLPVLDQLTD PPGVKRVYHI QPSLEDPFQP PSIPITVYYA VLERACRSVL LHAPSEAPQI VRGASDEAR KHTYNLTIAW YRMGDNCAIP ITVMEYTECP YNKSLGVCPI RTQPRWSYYD SFSAVSEDNL GFLMHAPAFE T AGTYLRLV KINDWTEITQ FILEHRARAS CKYALPLRIP PAACLTSKAY QQGVTVDSIG MLPRFIPENQ RTVALYSLKI AG WHGPKPP YTSTLLPPEL SDTTNATQPE LVPEDPEDSA LLEDPAGTVS SQIPPNWHIP SIQDVAPHGG GSHHHHHHHH GSD YKDDDD K

UniProtKB: Glycoprotein D

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1489 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 83.0 K / 最高: 83.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 165000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4900000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 128 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 228770
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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