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- EMDB-48707: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48707
タイトルClostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
マップデータClostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
試料
  • 複合体: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Toxin A
    • タンパク質・ペプチド: mCDIFA-248-25 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: mCDIFA-248-25 Fab Light Chain
キーワードToxin A / TcdA / C.diff / Complex / TRANSFERASE / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. ...TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huynh KW / Ammirati M / Kroh HK / Lacy DB / Han S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mouse monoclonal antibodies against Clostridioides difficile toxins TcdA and TcdB target diverse epitopes for neutralization
著者: Kroh HK / Jensen JL / Wellnitz S / Park JJ / Esadze A / Huynh KW / Ammirati M / Han S / Anderson AS / Lacy DB / Gribenko A
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48707.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.96 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.96 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.086 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.097952746 - 0.16811228
平均 (標準偏差)0.000021128444 (±0.0042613694)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 390.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab Halfmap 1

ファイルemd_48707_half_map_1.map
注釈Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab Halfmap 2

ファイルemd_48707_half_map_2.map
注釈Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab

全体名称: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
要素
  • 複合体: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Toxin A
    • タンパク質・ペプチド: mCDIFA-248-25 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: mCDIFA-248-25 Fab Light Chain

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超分子 #1: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab

超分子名称: Clostridioides difficile Toxin A with mCDIFA-248-25 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 358 KDa

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分子 #1: Toxin A

分子名称: Toxin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 308.331188 KDa
組換発現生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
配列文字列: MSLISKEELI KLAYSIRPRE NEYKTILTNL DEYNKLTTNN NENKYLQLKK LNESIDVFMN KYKTSSRNRA LSNLKKDILK EVILIKNSN TSPVEKNLHF VWIGGEVSDI ALEYIKQWAD INAEYNIKLW YDSEAFLVNT LKKAIVESST TEALQLLEEE I QNPQFDNM ...文字列:
MSLISKEELI KLAYSIRPRE NEYKTILTNL DEYNKLTTNN NENKYLQLKK LNESIDVFMN KYKTSSRNRA LSNLKKDILK EVILIKNSN TSPVEKNLHF VWIGGEVSDI ALEYIKQWAD INAEYNIKLW YDSEAFLVNT LKKAIVESST TEALQLLEEE I QNPQFDNM KFYKKRMEFI YDRQKRFINY YKSQINKPTV PTIDDIIKSH LVSEYNRDET VLESYRTNSL RKINSNHGID IR ANSLFTE QELLNIYSQE LLNRGNLAAA SDIVRLLALK NFGGVYLAVA MLPGIHSDLF KTISRPSSIG LDRWEMIKLE AIM KYKKYI NNYTSENFDK LDQQLKDNFK LIIESKSEKS EIFSKLENLN VSDLEIKIAF ALGSVINQAL ISKQGSYLTN LVIE QVKNR YQFLNQHLNP AIESDNNFTD TTKIFHDSLF NSATAENSMF LTKIAPYLQV GFMPEARSTI SLSGPGAYAS AYYDF INLQ ENTIEKTLKA SDLIEFKFPE NNLSQLTEQE INSLWSFDQA SAKYQFEKYV RDYTGGSLSE DNGVDFNKNT ALDKNY LLN NKIPSNNVEE AGSKNYVHYI IQLQGDDISY EATCNLFSKN PKNSIIIQRN MNESAKSYFL SDDGESILEL NKYRIPE RL KNKEKVKVTF IGHGKDEFNT SEFARLSVDS LSNEISSFLD TIKLDISPKN VEVNLLGANM FSYDFNVEET YPGKLLLS I MDKITSTLPD VNKNSITIGA NQYEVRINSE GRKELLAHSG KWINKEEAIM SDLSSKEYIF FDSIDNKLKA KSKNIPGLA SISEDIKTLL LDASVSPDTK FILNNLKLNI ESSIGDYIYY EKLEPVKNII HNSIDDLIDE FNLLENVSDE LYELKKLNNL DEKYLISFE DISKNNSTYS VRFINKSNGE SVYVETEKEI FSKYSEHITK EISTIKNSII TDVNGNLLDN IQLDHTSQVN T LNAAFFIQ SLIDYSSNKD VLNDLSTSVK VQLYAQLFST GLNTIYDSIQ LVNLISNAVN DTINVLPTIT EGIPIVSTIL DG INLGAAI KELLDEHDPL LKKELEAKVG VLAINMSLSI AATVASIVGI GAEVTIFLLP IAGISAGIPS LVNNELILHD KAT SVVNYF NHLSESKKYG PLKTEDDKIL VPIDDLVISE IDFNNNSIKL GTCNILAMEG GSGHTVTGNI DHFFSSPSIS SHIP SLSIY SAIGIETENL DFSKKIMMLP NAPSRVFWWE TGAVPGLRSL ENDGTRLLDS IRDLYPGKFY WRFYAFFDYA ITTLK PVYE DTNIKIKLDK DTRNFIMPTI TTNEIRNKLS YSFDGAGGTY SLLLSSYPIS TNINLSKDDL WIFNIDNEVR EISIEN GTI KKGKLIKDVL SKIDINKNKL IIGNQTIDFS GDIDNKDRYI FLTCELDDKI SLIIEINLVA KSYSLLLSGD KNYLISN LS NIIEKINTLG LDSKNIAYNY TDESNNKYFG AISKTSQKSI IHYKKDSKNI LEFYNDSTLE FNSKDFIAED INVFMKDD I NTITGKYYVD NNTDKSIDFS ISLVSKNQVK VNGLYLNESV YSSYLDFVKN SDGHHNTSNF MNLFLDNISF WKLFGFENI NFVIDKYFTL VGKTNLGYVE FICDNNKNID IYFGEWKTSS SKSTIFSGNG RNVVVEPIYN PDTGEDISTS LDFSYEPLYG IDRYINKVL IAPDLYTSLI NINTNYYSNE YYPEIIVLNP NTFHKKVNIN LDSSSFEYKW STEGSDFILV RYLEESNKKI L QKIRIKGI LSNTQSFNKM SIDFKDIKKL SLGYIMSNFK SFNSENELDR DHLGFKIIDN KTYYYDEDSK LVKGLININN SL FYFDPIE FNLVTGWQTI NGKKYYFDIN TGAALISYKI INGKHFYFNN DGVMQLGVFK GPDGFEYFAP ANTQNNNIEG QAI VYQSKF LTLNGKKYYF DNDSKAVTGW RIINNEKYYF NPNNAIAAVG LQVIDNNKYY FNPDTAIISK GWQTVNGSRY YFDT DTAIA FNGYKTIDGK HFYFDSDCVV KIGVFSTSNG FEYFAPANTY NNNIEGQAIV YQSKFLTLNG KKYYFDNNSK AVTGL QTID SKKYYFNTNT AEAATGWQTI DGKKYYFNTN TAEAATGWQT IDGKKYYFNT NTAIASTGYT IINGKHFYFN TDGIMQ IGV FKGPNGFEYF APANTDANNI EGQAILYQNE FLTLNGKKYY FGSDSKAVTG WRIINNKKYY FNPNNAIAAI HLCTINN DK YYFSYDGILQ NGYITIERNN FYFDANNESK MVTGVFKGPN GFEYFAPANT HNNNIEGQAI VYQNKFLTLN GKKYYFDN D SKAVTGWQTI DGKKYYFNLN TAEAATGWQT IDGKKYYFNL NTAEAATGWQ TIDGKKYYFN TNTFIASTGY TSINGKHFY FNTDGIMQIG VFKGPNGFEY FAPANTHNNN IEGQAILYQN KFLTLNGKKY YFGSDSKAVT GLRTIDGKKY YFNTNTAVAV TGWQTINGK KYYFNTNTSI ASTGYTIISG KHFYFNTDGI MQIGVFKGPD GFEYFAPANT DANNIEGQAI RYQNRFLYLH D NIYYFGNN SKAATGWVTI DGNRYYFEPN TAMGANGYKT IDNKNFYFRN GLPQIGVFKG SNGFEYFAPA NTDANNIEGQ AI RYQNRFL HLLGKIYYFG NNSKAVTGWQ TINGKVYYFM PDTAMAAAGG LFEIDGVIYF FGVDGVKAPG IYG

UniProtKB: Toxin A

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分子 #2: mCDIFA-248-25 Fab Heavy Chain

分子名称: mCDIFA-248-25 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.654594 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVKLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAA INGNGAKIYY PDTVKDRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSE DTALYSCARQ YGFYAGSPYY FDYWGLGTTL TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP V TVTWNSGS ...文字列:
EVKLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS NYAMSWVRQT PEKRLEWVAA INGNGAKIYY PDTVKDRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSE DTALYSCARQ YGFYAGSPYY FDYWGLGTTL TVSSAKTTPP SVYPLAPGSA AQTNSMVTLG CLVKGYFPEP V TVTWNSGS LSSGVHTFPA VLESDLYTLS SSVTVPSSPR PSETVTCNVA HPASSTKVDK KI

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分子 #3: mCDIFA-248-25 Fab Light Chain

分子名称: mCDIFA-248-25 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.726217 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQSHKF MSTSIGDRVS ITCKASQDVG TAVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGSGSGTY FTLSISNVQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVMTQSHKF MSTSIGDRVS ITCKASQDVG TAVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGSGSGTY FTLSISNVQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.125 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2511 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 52.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 527742
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model was generated from RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 212265
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: Initial Refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: Final Refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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