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万見
- EMDB-48650: Structure of HKU5 spike C-terminal domain in complex with ACE2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48650
タイトルStructure of HKU5 spike C-terminal domain in complex with ACE2 from Pipistrellus abramus
マップデータ
試料
  • 複合体: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875)
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードImmune system / ACE2 / bat coronavirus / merbecovirus / HKU5 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pipistrellus abramus bat coronavirus HKU5-related (ウイルス) / Pipistrellus abramus (アブラコウモリ) / Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Li N / Tsybovsky Y / Teng I / Zhou T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: HKU5 bat merbecoviruses engage bat and mink ACE2 as entry receptors.
著者: Mia Madel Alfajaro / Emma L Keeler / Ning Li / Nicholas J Catanzaro / I-Ting Teng / Zhe Zhao / Michael W Grunst / Boyd Yount / Alexandra Schäfer / Danyi Wang / Arthur S Kim / Aleksandra ...著者: Mia Madel Alfajaro / Emma L Keeler / Ning Li / Nicholas J Catanzaro / I-Ting Teng / Zhe Zhao / Michael W Grunst / Boyd Yount / Alexandra Schäfer / Danyi Wang / Arthur S Kim / Aleksandra Synowiec / Mario A Peña-Hernández / Samantha Zepeda / Ridwan Arinola / Ramandeep Kaur / Bridget L Menasche / Jin Wei / Gabriel A Russell / John Huck / Jaewon Song / Aaron Ring / Akiko Iwasaki / Rohit K Jangra / Sanghyun Lee / David R Martinez / Walther Mothes / Pradeep D Uchil / John G Doench / Alicen B Spaulding / Ralph S Baric / Leonid Serebryannyy / Yaroslav Tsybovsky / Tongqing Zhou / Daniel C Douek / Craig B Wilen /
要旨: Identifying receptors for bat coronaviruses is critical for spillover risk assessment, countermeasure development, and pandemic preparedness. While Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS- ...Identifying receptors for bat coronaviruses is critical for spillover risk assessment, countermeasure development, and pandemic preparedness. While Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) uses DPP4 for entry, the receptors of many MERS-related betacoronaviruses remain unknown. The bat merbecovirus HKU5 was previously shown to have an entry restriction in human cells. Using both pseudotyped and full-length virus, we show that HKU5 uses Pipistrellus abramus bat ACE2 but not human ACE2 or DPP4 as a receptor. Cryo-electron microscopy analysis of the virus-receptor complex and structure-guided mutagenesis reveal a spike and ACE2 interaction that is distinct from other ACE2-using coronaviruses. MERS-CoV vaccine sera poorly neutralize HKU5 informing pan-merbecovirus vaccine design. Notably, HKU5 can also engage American mink and stoat ACE2, revealing mustelids as potential intermediate hosts. These findings highlight the versatility of merbecovirus receptor use and underscore the need for continued surveillance of bat and mustelid species.
履歴
登録2025年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å		1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å		1 Å/pix.
x 360 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-1.1549621 - 1.8808463
平均 (標準偏差)-0.00007989818 (±0.035520297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48650_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_48650_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_48650_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48650_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48650_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875)

全体名称: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875)
要素
  • 複合体: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875)
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875)

超分子名称: ACE2-ACT66266.1 in complex with HKU5-CTD (ABN10875) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pipistrellus abramus bat coronavirus HKU5-related (ウイルス)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pipistrellus abramus (アブラコウモリ)
分子量理論値: 92.874102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSSSWLLLS LVAVAGAQYT TEEEARRFLV KFNHEAENLS HESALASWDY NTNITDENAK KMNEADNKWS DFYKEQSKIA QGFPLQEIK DPIIKLQLQI LQQNGSSVLT AEKRKRLSTI LTTMSTIYST GKVCNPNNPQ QCFTLSGLED IMEKSKDYHE R LWVWEGWR ...文字列:
MSSSSWLLLS LVAVAGAQYT TEEEARRFLV KFNHEAENLS HESALASWDY NTNITDENAK KMNEADNKWS DFYKEQSKIA QGFPLQEIK DPIIKLQLQI LQQNGSSVLT AEKRKRLSTI LTTMSTIYST GKVCNPNNPQ QCFTLSGLED IMEKSKDYHE R LWVWEGWR SEVGKQLRPL YEEYVELKNE MARGNNYKDY GDYWRGDYET EGEKGYNYSR NYLMEDVDRI FLEIKPLYEQ LH AYVRAKL MKAYPSHISP TGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YNLTVPLEKE PNIDVTDTMK KQSWDAEKIF KEAEKFYSSV GLP NMTPGF WRDSMLTEPS DGRQVVCHPT AWDLGKNDFR IKMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAN QSYLLRNGAN EGFH EAVGE VMSLSVATPK HLKGMGLLPS DFSENNETEI NFLLKQALTI VGTLPFTYML EKWRWMVFEG KIPKEQWMEK WWEMK REIV GVVEPLPHDE TYCDPASLFH VANDYSFIRY FTRTILEFQF QEALCRTAKH QGPLHKCDIS NSTEAGKKLN DMLKLG KST PWTYALEKIA ETKEMDAKPL LNYFNPLFRW LKEQNGNSVG WSVDSSPYSN QSIKVRISLK SALGEKAYEW NENEMYL FQ SSVAYAMRVY FLKAKNESIP FRAEDVRVSD EKKRVSFKFF VTSPTNMSDI IPRSEVEDAI RMSRSRINDA FRLDDNTL E FLGVQPTLGP PYQPPVTIWL IVFGVVMGVV VIGIGVLIFT GIRDRKKRNQ AENEENPYSS VNLSKGENNP GFQSGDDVQ TSF

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
分子量理論値: 149.814 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIRSVLVLMC SLTFIGNLTR GQSVDMGHNG TGSCLDSQVQ PDYFESVHTT WPMPIDTSKA EGVIYPNGKS YSNITLTYTG LYPKANDLG KQYLFSDGHS APGRLNNLFV SNYSSQVESF DDGFVVRIGA AANKTGTTVI SQSTFKPIKK IYPAFLLGHS V GNYTPSNR ...文字列:
MIRSVLVLMC SLTFIGNLTR GQSVDMGHNG TGSCLDSQVQ PDYFESVHTT WPMPIDTSKA EGVIYPNGKS YSNITLTYTG LYPKANDLG KQYLFSDGHS APGRLNNLFV SNYSSQVESF DDGFVVRIGA AANKTGTTVI SQSTFKPIKK IYPAFLLGHS V GNYTPSNR TGRYLNHTLV ILPDGCGTIL HAFYCVLHPR TQQNCAGETN FKSLSLWDTP ASDCVSGSYN QEATLGAFKV YF DLINCTF RYNYTITEDE NAEWFGITQD TQGVHLYSSR KENVFRNNMF HFATLPVYQK ILYYTVIPRS IRSPFNDRKA WAA FYIYKL HPLTYLLNFD VEGYITKAVD CGYDDLAQLQ CSYESFEVET GVYSVSSFEA SPRGEFIEQA TTQECDFTPM LTGT PPPIY NFKRLVFTNC NYNLTKLLSL FQVSEFSCHQ VSPSSLATGC YSSLTVDYFA YSTDMSSYLQ PGSAGAIVQF NYKQD FSNP TCRVLATVPQ NLTTITKPSN YAYLTECYKT SAYGKNYLYN APGAYTPCLS LASRGFSTKY QSHSDGELTT TGYIYP VTG NLQMAFIISV QYGTDTNSVC PMQALRNDTS IEDKLDVCVE YSLHGITGRG VFHNCTSVGL RNQRFVYDTF DNLVGYH SD NGNYYCVRPC VSVPVSVIYD KASNSHATLF GSVACSHVTT MMSQFSRMTK TNLLARTTPG PLQTTVGCAM GFINSSMV V DECQLPLGQS LCAIPPTTSS RVRRATSGAS DVFQIATLNF TSPLTLAPIN STGFVVAVPT NFTFGVTQEF IETTIQKIT VDCKQYVCNG FKKCEDLLKE YGQFCSKINQ ALHGANLRQD ESIANLFSSI KTQNTQPLQA GLNGDFNLTM LQIPQVTTGE RKYRSTIED LLFNKVTIAD PGYMQGYDEC MQQGPQSARD LICAQYVAGY KVLPPLYDPY MEAAYTSSLL GSIAGASWTA G LSSFAAIP FAQSIFYRLN GVGITQQVLS ENQKIIANKF NQALGAMQTG FTTTNLAFNK VQDAVNANAM ALSKLAAELS NT FGAISSS ISDILARLDT VEQEAQIDRL INGRLTSLNA FVAQQLVRTE AAARSAQLAQ DKVNECVKSQ SKRNGFCGTG THI VSFAIN APNGLYFFHV GYQPTSHVNA TAAYGLCNTE NPQKCIAPID GYFVLNQTTS TVADSDQQWY YTGSSFFHPE PITE ANSKY VSMDVKFENL TNRLPPPLLS NSTDLDFKEE LEEFFKNVSS QGPNFQEISK INTTLLNLNT ELMVLSEVVK QLNES YIDL KELGNYTFYQ KWPWYIWLGF IAGLVALALC VFFILCCTGC GTSCLGKLKC NRCCDSYDEY EVEKIHVH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10702 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2125866
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 242675
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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