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- EMDB-48632: Mus musculus TASK-1 (KCNK3) in MSP1E3D1 lipid nanodisc at pH 6.0 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48632
タイトルMus musculus TASK-1 (KCNK3) in MSP1E3D1 lipid nanodisc at pH 6.0 and 100 mM KCl
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily K member 3
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードK2P / MEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / open rectifier potassium channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of action potential firing rate / detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / S100 protein binding / outward rectifier potassium channel activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration ...TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / open rectifier potassium channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of action potential firing rate / detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / S100 protein binding / outward rectifier potassium channel activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / sodium channel activity / cellular response to zinc ion / cochlea development / cellular response to acidic pH / cellular response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 3 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily K member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Docter TA / Brohawn SG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145869 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for pH gating of the two-pore domain K+ channel TASK-1
著者: Docter TA / Brohawn SG
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48632.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 301.824 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 301.824 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 301.824 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.2396518 - 2.0089483
平均 (標準偏差)0.00046364332 (±0.027433427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 301.824 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48632_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_48632_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C2 symmetric map

ファイルemd_48632_additional_2.map
注釈C2 symmetric map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48632_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_48632_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc

全体名称: TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc
要素
  • 複合体: TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily K member 3
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc

超分子名称: TASK-1 in MSP1E3D1 lipid nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 60 KDa

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分子 #1: Potassium channel subfamily K member 3

分子名称: Potassium channel subfamily K member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 30.211213 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MKRQNVRTLA LIVCTFTYLL VGAAVFDALE SEPEMIERQR LELRQLELRA RYNLSEGGYE ELERVVLRLK PHKAGVQWRF AGSFYFAIT VITTIGYGHA APSTDGGKVF CMFYALLGIP LTLVMFQSLG ERINTFVRYL LHRAKRGLGM RHAEVSMANM V LIGFVSCI ...文字列:
MKRQNVRTLA LIVCTFTYLL VGAAVFDALE SEPEMIERQR LELRQLELRA RYNLSEGGYE ELERVVLRLK PHKAGVQWRF AGSFYFAIT VITTIGYGHA APSTDGGKVF CMFYALLGIP LTLVMFQSLG ERINTFVRYL LHRAKRGLGM RHAEVSMANM V LIGFVSCI STLCIGAAAF SYYERWTFFQ AYYYCFITLT TIGFGDYVAL QKDQALQTQP QYVAFSFVYI LTGLTVIGAF LN LVVLRFM TMNAEDEKRS NSLEVLFQ

UniProtKB: Potassium channel subfamily K member 3

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC6H13NO4SMES
100.0 mMKClPotassium chloride
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rv2

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 106442
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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