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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of porcine Fab 24-1G23 in complex with influenza H1N1 A/Hawaii/70/2019 hemagglutinin | |||||||||
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![]() | Influenza / Hemagglutinin / Antibody / Immune response / Pig / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
![]() | Lv H / Pholcharee T / Wu NC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of broadly neutralizing porcine antibodies to influenza hemagglutinin stem 著者: Lv H / Pholcharee T / Wu NC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 158.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.2 MB 165.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 621.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 620.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9mtlMC ![]() 9mtfC ![]() 9mtgC ![]() 9mthC ![]() 9mtiC ![]() 9mtjC ![]() 9mtkC ![]() 9mtmC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_48613_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_48613_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : A complex of hemagglutinin from A A/Hawaii/70/2019 with pig Fab 2...
全体 | 名称: A complex of hemagglutinin from A A/Hawaii/70/2019 with pig Fab 24-1G17 |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of hemagglutinin from A A/Hawaii/70/2019 with pig Fab 2...
超分子 | 名称: A complex of hemagglutinin from A A/Hawaii/70/2019 with pig Fab 24-1G17 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Hemagglutinin was expressed recombinantly in SF9 cells. Fab 24-1G17 was expressed recombinantly in Expi293F cells. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 76.19 KDa |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 36.484098 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DTLCIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDKHNGK LCKLRGVAPL HLGKCNIAGW ILGNPECESL STARSWSYIV ETSNSDNGT CYPGDFINYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK TSSWPNHDSD KGVTAACPHA GAKSFYKNLI WLVKKGNSYP K LNQTYIND ...文字列: DTLCIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDKHNGK LCKLRGVAPL HLGKCNIAGW ILGNPECESL STARSWSYIV ETSNSDNGT CYPGDFINYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK TSSWPNHDSD KGVTAACPHA GAKSFYKNLI WLVKKGNSYP K LNQTYIND KGKEVLVLWG IHHPPTIAAQ ESLYQNADAY VFVGTSRYSK KFKPEIATRP KVRDQEGRMN YYWTLVEPGD KI TFEATGN LVVPRYAFTM ERDAGSGIII SDTPVHDCNT TCQTPEGAIN TSLPFQNVHP ITIGKCPKYV KSTKLRLATG LRN VPSIQS R UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G23
分子 | 名称: Heavy chain of Fab from porcine antibody 24-1G23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.840352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EEKLVESGGG LVQPGGSLRL SCVGSGFTFS STYIGWVRQA PGGGLEWLGS ISVNGDITDY AESAEGRFTI SKDNSQNMAW LQMNSLRTE DTARYYCATG RFFGIVVTYA MNLWGPGVEV VVSSASTKGP S |
-分子 #3: Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G23
分子 | 名称: Light chain of Fab from porcine antibody 24-1G23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.289744 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QTVIQEPAMS VSPGGTVTLT CAFRSGSVTT SNYPSWFQQT PGQPPRLLIY NTNSRPTGVP SRFSGRISGN KAALTITGAQ TEDEADYFC ALYKTALNVR FGGGTHLTVL GQPKAAP |
-分子 #4: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.004217 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDKITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRNQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREKID UniProtKB: Hemagglutinin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | The sample was also mixed with octyl glucoside to 0.1% w/v of the detergent final concentration piror to applying on the grid. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.35 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |