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- EMDB-48598: Structure of the Machupo virus glycoprotein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48598
タイトルStructure of the Machupo virus glycoprotein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Glycoprotein complex of Machupo virus
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードFusogen / glycoprotein / Complex / membrane / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mann CJ / Abraham J
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP5OD023084 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI700245 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32GM144273 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Molecular organization of the New World arenavirus spike glycoprotein complex.
著者: Colin J Mann / Pan Yang / Daniel Olal / Xiaoyi Fan / Katherine Nabel Smith / Lars E Clark / Florian Krammer / Yuemin Bian / Jonathan Abraham /
要旨: Of the multiple arenaviruses that cause haemorrhagic fevers in the Americas, all lack reliable therapeutic options, and only one has a vaccine. The arenavirus glycoprotein complex (GPC) binds ...Of the multiple arenaviruses that cause haemorrhagic fevers in the Americas, all lack reliable therapeutic options, and only one has a vaccine. The arenavirus glycoprotein complex (GPC) binds cellular receptors and mediates pH-dependent fusion of viral and host cell membranes during entry. GPC comprises GP1, GP2 and stable signal peptide (SSP) subunits. SSP remains associated with the mature glycoprotein complex and regulates pH-dependent membrane fusion through an unclear mechanism. We report cryo-EM structures of Junin virus and Machupo virus GPC stabilized in the prefusion conformation using an amino acid substitution in the transmembrane region of SSP at 3.0 Å and 2.9 Å resolution, respectively. Mutational analyses, cell-cell fusion assays and molecular dynamics simulations reveal how contacts in the membrane-proximal and transmembrane regions of GPC regulate pH-dependent membrane fusion. The structures may aid in the design of therapeutic antibody cocktails, small-molecule inhibitors and vaccines against arenaviruses.
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48598.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 350.4 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 350.4 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 350.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0017358533 - 1.8973867
平均 (標準偏差)0.00045564503 (±0.0150683485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 350.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_48598_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48598_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48598_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glycoprotein complex of Machupo virus

全体名称: Glycoprotein complex of Machupo virus
要素
  • 複合体: Glycoprotein complex of Machupo virus
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Glycoprotein complex of Machupo virus

超分子名称: Glycoprotein complex of Machupo virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3
由来(天然)生物種: Mammarenavirus machupoense (ウイルス) / 株: Carvallo

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分子 #1: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus machupoense (ウイルス) / 株: Carvallo
分子量理論値: 6.351606 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGQLISFFQE IPVFLQEALN IALVAVSLIA VIAGIINLYK SGLFQFIFFL LLAGRSCS

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #2: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
分子量理論値: 23.528803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DGTFKIGLHT EFQSVTLTMQ RLLANHSNEL PSLCMLNNSF YYMRGGVNTF LIRVSDISVL MKEYDVSIYE PEDLGNCLNK SDSSWAIHW FSNALGHDWL MDPPMLCRNK TKKEGSNIQF NISKADDARV YGKKIRNGMR HLFRGFHDPC EEGKVCYLTI N QCGDPSSF ...文字列:
DGTFKIGLHT EFQSVTLTMQ RLLANHSNEL PSLCMLNNSF YYMRGGVNTF LIRVSDISVL MKEYDVSIYE PEDLGNCLNK SDSSWAIHW FSNALGHDWL MDPPMLCRNK TKKEGSNIQF NISKADDARV YGKKIRNGMR HLFRGFHDPC EEGKVCYLTI N QCGDPSSF DYCGVNHLSK CQFDHVNTLH FLVRSKTHLN FERSLK

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #3: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
分子量理論値: 27.117402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AFFSWSLTDS SGKDMPGGYC LEEWMLIAAK MKCFGNTAVA KCNQNHDSEF CDMLRLFDYN KNAIKTLNDE AKKEINLLSQ AVNALISDN LLMKNKIKEL MSIPYCNYTK FWYVNHTLTG QHTLPRCWLI RNGSYLNTSE FRNDWILESD HLISEMLSKE Y AERQGKTP ...文字列:
AFFSWSLTDS SGKDMPGGYC LEEWMLIAAK MKCFGNTAVA KCNQNHDSEF CDMLRLFDYN KNAIKTLNDE AKKEINLLSQ AVNALISDN LLMKNKIKEL MSIPYCNYTK FWYVNHTLTG QHTLPRCWLI RNGSYLNTSE FRNDWILESD HLISEMLSKE Y AERQGKTP ITLVDICFWS TIFFTASLFL HLVGIPTHRH LKGEACPLPH KLDSFGGCRC GKYPRLKKPT IWHKRH

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 53.43 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31197
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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