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万見
- EMDB-48575: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48575
タイトルG002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Rab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: G002-293-0536 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: G002-293-0536 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードG002 / clinical trial / HIV-1 / VRC01 / human antibody / vaccine / Env / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Phulera S / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Vaccination with mRNA-encoded nanoparticles drives early maturation of HIV bnAb precursors in humans.
著者: Jordan R Willis / Madhu Prabhakaran / Michelle Muthui / Ansuya Naidoo / Troy Sincomb / Weiwei Wu / Christopher A Cottrell / Elise Landais / Allan C deCamp / Nahid R Keshavarzi / Oleksandr ...著者: Jordan R Willis / Madhu Prabhakaran / Michelle Muthui / Ansuya Naidoo / Troy Sincomb / Weiwei Wu / Christopher A Cottrell / Elise Landais / Allan C deCamp / Nahid R Keshavarzi / Oleksandr Kalyuzhniy / Jeong Hyun Lee / Linda M Murungi / Wilfrida A Ogonda / Nicole L Yates / Martin M Corcoran / Swastik Phulera / Joel Musando / Amanda Tsai / Gabrielle Lemire / Yiakon Sein / Michael Muteti / Praveen Alamuri / Jennifer A Bohl / Drienna Holman / Sunny Himansu / Brett Leav / Caroline Reuter / Li-An Lin / Baoyu Ding / Chunla He / Walter L Straus / Kellie J MacPhee / Isabel Regadas / Diana V Nyabundi / Ruth Chirchir / Omu Anzala / John N Kimotho / Caleb Kibet / Kelli Greene / Hongmei Gao / Erica Beatman / Kiara Benson / Dominick Laddy / David M Brown / Rhianna Bronson / Jalen Jean-Baptiste / Suprabhath Gajjala / Zahra Rikhtegaran-Tehrani / Alison Benner / Mukundhan Ramaswami / Danny Lu / Nushin Alavi / Sonya Amirzehni / Michael Kubitz / Ryan Tingle / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Alessia Liguori / Claudia Flynn / Katherine McKenney / Xiaoya Zhou / D Collins Owuor / Sharon A Owuor / Soo-Young Kim / Michael Duff / Ju Yeong Kim / Grace Gibson / Sabyasachi Baboo / Jolene Diedrich / Torben Schiffner / Marisa Shields / Mabela Matsoso / Jennifer Santos / Kristen Syvertsen / Allison Kennedy / Melissa Schroeter / Johan Vekemans / John R Yates / James C Paulson / Ollivier Hyrien / Adrian B McDermott / Pholo Maenetje / Julien Nyombayire / Etienne Karita / Rosine Ingabire / Vinodh Edward / Vincent Muturi-Kioi / Janine Maenza / Adrienne E Shapiro / M Juliana McElrath / Srilatha Edupuganti / Barbara S Taylor / David Diemert / Gabriel Ozorowski / Richard A Koup / David Montefiori / Andrew B Ward / Gunilla B Karlsson Hedestam / Georgia Tomaras / Devin J Hunt / Daniel Muema / Devin Sok / Dagna S Laufer / Sarah F Andrews / Eunice W Nduati / William R Schief /
要旨: A leading HIV vaccine strategy requires a priming immunogen to induce broadly neutralizing antibody (bnAb) precursors, followed by a series of heterologous boosters to elicit somatic hypermutation ...A leading HIV vaccine strategy requires a priming immunogen to induce broadly neutralizing antibody (bnAb) precursors, followed by a series of heterologous boosters to elicit somatic hypermutation (SHM) and produce bnAbs. In two randomized, open-label phase 1 human clinical trials, IAVI G002 in the United States and IAVI G003 in Rwanda and South Africa (IAVI, International Aids Vaccine Initiative), we evaluated the safety and immunogenicity of mRNA-encoded nanoparticles as priming immunogens (both trials) and first-boosting immunogens (IAVI G002). The vaccines were generally safe and well tolerated, except that 18% of IAVI G002 participants experienced skin reactions. Priming induced bnAb precursors with substantial frequencies and SHM; heterologous boosting elicited increased SHM, affinity, and neutralization activity toward bnAb development; and elicited antibodies exhibited precise bnAb structural mimicry. The results establish clinical proof of concept that heterologous boosting can advance bnAb precursor maturation and demonstrate bnAb priming in Africa, where the HIV burden is highest.
履歴
登録2025年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 402.08 Å		1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 402.08 Å		1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 402.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.90376985 - 1.288565
平均 (標準偏差)-0.0001747449 (±0.024590008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 402.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48575_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48575_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48575_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20...

全体名称: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
要素
  • 複合体: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Rab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: G002-293-0536 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: G002-293-0536 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20...

超分子名称: G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #5, #4, #2-#3

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分子 #1: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140

分子名称: 001428_T278M_L14 SOSIP gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Envelope glycoprotein gp160 with 001428_T278M_L14 SOSIP gp140 engineered mutations
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 72.345602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGVENLWVT VYYGVPVWKE ARTTLFCASD AKAYETEVHN VWATHACVPT DPNPQEMVLG NVTENFNMWK NDMVDQMHED VISLWAQSL KPCVKLTPLC VTLECTQVNA TQGNTTQVNV TQVNGDEMKN CSFNTTTEIR DKKQKAYALF YRLDLVPLER E NRGDSNSA ...文字列:
ETGVENLWVT VYYGVPVWKE ARTTLFCASD AKAYETEVHN VWATHACVPT DPNPQEMVLG NVTENFNMWK NDMVDQMHED VISLWAQSL KPCVKLTPLC VTLECTQVNA TQGNTTQVNV TQVNGDEMKN CSFNTTTEIR DKKQKAYALF YRLDLVPLER E NRGDSNSA SKYILINCNT SAITQACPKV NFDPIPIHYC TPAGYAILKC NNKTFNGTGS CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LL LNGSLAE EEIIIRSENL MDNVKTIIVH LDQSVEIVCT RPNNNTVKSI RIGPGQTFYY TGDIIGNIRE AHCNISEKKW HEM LRRVSE KLAEHFPNKT IKFTSSSGGD LEITTHSFNC RGEFFYCNTS GLFNSTYMPN GTYMPNGTNN SNSTIILPCR IKQI INMWQ EVGRAMYAPP IAGNITCNSN ITGLLLVRDG GKNNNTEIFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV EIKPLGVAPT RCKRR VVGS HSGSGGSGSG GHAAVGLGAV SLGFLGAAGS TMGAASITLT VQARQLLSGI VQQQSNLLQA PEPQQHLLQD THWGIK QLQ TRVLAIEHYL KDQQLLGIWG CSGKLICCTA VPWNSSWSNK SLTDIWDNMT WMQWDREVSN YTGIIYRLLE DSQNQQE RN EQDLLALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: G002-293-0536 Fab heavy chain

分子名称: G002-293-0536 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.206357 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPRFGGVNY AQKFQGRVTM TRDTSIRTAH MELSRLISD DTAFYYCARG RFADSVWNLL FWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPRFGGVNY AQKFQGRVTM TRDTSIRTAH MELSRLISD DTAFYYCARG RFADSVWNLL FWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC

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分子 #3: G002-293-0536 Fab light chain

分子名称: G002-293-0536 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.943395 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQGIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISGLQP EDIATYYCQ KYEFFGGGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQGIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISGLQP EDIATYYCQ KYEFFGGGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #4: RM20A3 Fab light chain

分子名称: RM20A3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 22.82715 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列:
ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #5: RM20A3 Rab heavy chain

分子名称: RM20A3 Rab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.079055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 47344
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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