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万見
- EMDB-48568: PTCH1 in complex with Fab6H3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48568
タイトルPTCH1 in complex with Fab6H3
マップデータ
試料
  • 複合体: PTCH1 in complex with Fab6H3
    • タンパク質・ペプチド: Protein patched homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: 6H3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 6H3 Fab heavy chain
キーワードPTCH1 / Antibody / hedgehog signaling / cryo-EM / membrane protein. / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate axis specification / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / response to chlorate / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions ...neural plate axis specification / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / response to chlorate / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions / epidermal cell fate specification / spinal cord motor neuron differentiation / prostate gland development / limb morphogenesis / Activation of SMO / negative regulation of cell division / patched binding / somite development / dorsal/ventral neural tube patterning / smooth muscle tissue development / cellular response to cholesterol / pharyngeal system development / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / cell fate determination / commissural neuron axon guidance / metanephric collecting duct development / regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Class B/2 (Secretin family receptors) / embryonic limb morphogenesis / negative regulation of multicellular organism growth / ciliary membrane / cholesterol binding / branching involved in ureteric bud morphogenesis / smoothened signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / spermatid development / dendritic growth cone / keratinocyte proliferation / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / response to retinoic acid / axonal growth cone / heart morphogenesis / Hedgehog 'off' state / response to mechanical stimulus / negative regulation of stem cell proliferation / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / liver regeneration / animal organ morphogenesis / protein localization to plasma membrane / stem cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / neural tube closure / Hedgehog 'on' state / brain development / protein processing / caveola / endocytic vesicle membrane / apical part of cell / glucose homeostasis / response to estradiol / heparin binding / regulation of protein localization / midbody / in utero embryonic development / postsynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane receptor, patched / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein patched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Hu Q / Qi X / Li X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149533 米国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Inhibiting hedgehog signal by a patched-1 antibody.
著者: Qinli Hu / Xiaofeng Qi / Linda Donnelly / Xiaochun Li /
履歴
登録2025年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.9 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.9 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.287
最小 - 最大-1.106707 - 1.7919387
平均 (標準偏差)0.0038261702 (±0.044401746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48568_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48568_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PTCH1 in complex with Fab6H3

全体名称: PTCH1 in complex with Fab6H3
要素
  • 複合体: PTCH1 in complex with Fab6H3
    • タンパク質・ペプチド: Protein patched homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: 6H3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 6H3 Fab heavy chain

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超分子 #1: PTCH1 in complex with Fab6H3

超分子名称: PTCH1 in complex with Fab6H3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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分子 #1: Protein patched homolog 1

分子名称: Protein patched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 122.175109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASAGNAAEP QDRGGGGSGC IGAPGRPAGG GRRRRTGGLR RAAAPDRDYL HRPSYCDAAF ALEQISKGKA TGRKAPLWLR AKFQRLLFK LGCYIQKNCG KFLVVGLLIF GAFAVGLKAA NLETNVEELW VEVGGRVSRE LNYTRQKIGE EAMFNPQLMI Q TPKEEGAN ...文字列:
MASAGNAAEP QDRGGGGSGC IGAPGRPAGG GRRRRTGGLR RAAAPDRDYL HRPSYCDAAF ALEQISKGKA TGRKAPLWLR AKFQRLLFK LGCYIQKNCG KFLVVGLLIF GAFAVGLKAA NLETNVEELW VEVGGRVSRE LNYTRQKIGE EAMFNPQLMI Q TPKEEGAN VLTTEALLQH LDSALQASRV HVYMYNRQWK LEHLCYKSGE LITETGYMDQ IIEYLYPCLI ITPLDCFWEG AK LQSGTAY LLGKPPLRWT NFDPLEFLEE LKKINYQVDS WEEMLNKAEV GHGYMDRPCL NPADPDCPAT APNKNSTKPL DMA LVLNGG CHGLSRKYMH WQEELIVGGT VKNSTGKLVS AHALQTMFQL MTPKQMYEHF KGYEYVSHIN WNEDKAAAIL EAWQ RTYVE VVHQSVAQNS TQKVLSFTTT TLDDILKSFS DVSVIRVASG YLLMLAYACL TMLRWDCSKS QGAVGLAGVL LVALS VAAG LGLCSLIGIS FNAATTQVLP FLALGVGVDD VFLLAHAFSE TGQNKRIPFE DRTGECLKRT GASVALTSIS NVTAFF MAA LIPIPALRAF SLQAAVVVVF NFAMVLLIFP AILSMDLYRR EDRRLDIFCC FTSPCHCLEP PCTKWTLSSF AEKHYAP FL LKPKAKVVVI FLFLGLLGVS LYGTTRVRDG LDLTDIVPRE TREYDFIAAQ FKYFSFYNMY IVTQKADYPN IQHLLYDL H RSFSNVKYVM LEENKQLPKM WLHYFRDWLQ GLQDAFDSDW ETGKIMPNNY KNGSDDGVLA YKLLVQTGSR DKPIDISQL TKQRLVDADG IINPSAFYIY LTAWVSNDPV AYAASQANIR PHRPEWVHDK ADYMPETRLR IPAAEPIEYA QFPFYLNGLR DTSDFVEAI EKVRTICSNY TSLGLSSYPN GYPFLFWEQY IGLRHWLLLF ISVVLACTFL VCAVFLLNPW TAGIIVMVLA L MTVELFGM MGLIGIKLSA VPVVILIASV GIGVEFTVHV ALAFLTAIGD KNRRAVLALE HMFAPVLDGA VSTLLGVLML AG SEFDFIV RYFFAVLAIL TILGVLNGLV LLPVLLSFFG PYPEVSPAND YKDDDDK

UniProtKB: Protein patched homolog 1, Protein patched homolog 1

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分子 #2: 6H3 Fab light chain

分子名称: 6H3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.96813 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
VLTQSPAIMS ASLGERVTLT CTASSSVTSS YLHWYQQKPG SSPKLWIYST SNLPFGVSPR FSGSGSGTSF SLTISSMEAE DAATYYCHQ FHRSPYTFGG GTK

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分子 #3: 6H3 Fab heavy chain

分子名称: 6H3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.267724 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSRKL SCVASGFTLS DYGMHWVRQA PEKGLEWVAY IGSDSYTIYH ADTMKGRFTI SRDNAKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCGRN YGMDYWGQGT S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 258693
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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