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万見
- EMDB-48561: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48561
タイトルMycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2
マップデータCryoEM map
試料
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2.
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードRNA polymerase / Transcription / TRANSFERASE-INHIBITOR complex / Elongation / Transcription Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Bosch B / Lilic M / Campbell EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-inhibition of Transcription Reduces Rifampicin Resistance and Enhances Killing of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Barbara B / Lilic M / Campbell EA
履歴
登録2025年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48561.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.212
最小 - 最大-3.2385898 - 4.59342
平均 (標準偏差)0.0014890257 (±0.107759684)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 327.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: CryoEM map half A

ファイルemd_48561_half_map_1.map
注釈CryoEM map half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM map half B

ファイルemd_48561_half_map_2.map
注釈CryoEM map half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex boun...

全体名称: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2.
要素
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2.
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*C)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
  • リガンド: N-[2-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)phenyl]-Nalpha-(2-fluorobenzoyl)-D-phenylalaninamide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex boun...

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 130.018828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLEGCILADS RQSKTAASPS PSRPQSSSNN SVPGAPNRVS FAKLREPLEV PGLLDVQTDS FEWLIGSPRW RESAAERGDV NPVGGLEEV LYELSPIEDF SGSMSLSFSD PRFDDVKAPV DECKDKDMTY AAPLFVTAEF INNNTGEIKS QTVFMGDFPM M TEKGTFII ...文字列:
MLEGCILADS RQSKTAASPS PSRPQSSSNN SVPGAPNRVS FAKLREPLEV PGLLDVQTDS FEWLIGSPRW RESAAERGDV NPVGGLEEV LYELSPIEDF SGSMSLSFSD PRFDDVKAPV DECKDKDMTY AAPLFVTAEF INNNTGEIKS QTVFMGDFPM M TEKGTFII NGTERVVVSQ LVRSPGVYFD ETIDKSTDKT LHSVKVIPSR GAWLEFDVDK RDTVGVRIDR KRRQPVTVLL KA LGWTSEQ IVERFGFSEI MRSTLEKDNT VGTDEALLDI YRKLRPGEPP TKESAQTLLE NLFFKEKRYD LARVGRYKVN KKL GLHVGE PITSSTLTEE DVVATIEYLV RLHEGQTTMT VPGGVEVPVE TDDIDHFGNR RLRTVGELIQ NQIRVGMSRM ERVV RERMT TQDVEAITPQ TLINIRPVVA AIKEFFGTSQ LSQFMDQNNP LSGLTHKRRL SALGPGGLSR ERAGLEVRDV HPSHY GRMC PIETPEGPNI GLIGSLSVYA RVNPFGFIET PYRKVVDGVV SDEIVYLTAD EEDRHVVAQA NSPIDADGRF VEPRVL VRR KAGEVEYVPS SEVDYMDVSP RQMVSVATAM IPFLEHDDAN RALMGANMQR QAVPLVRSEA PLVGTGMELR AAIDAGD VV VAEESGVIEE VSADYITVMH DNGTRRTYRM RKFARSNHGT CANQCPIVDA GDRVEAGQVI ADGPCTDDGE MALGKNLL V AIMPWEGHNY EDAIILSNRL VEEDVLTSIH IEEHEIDARD TKLGAEEITR DIPNISDEVL ADLDERGIVR IGAEVRDGD ILVGKVTPKG ETELTPEERL LRAIFGEKAR EVRDTSLKVP HGESGKVIGI RVFSREDEDE LPAGVNELVR VYVAQKRKIS DGDKLAGRH GNKGVIGKIL PVEDMPFLAD GTPVDIILNT HGVPRRMNIG QILETHLGWC AHSGWKVDAA KGVPDWAARL P DELLEAQP NAIVSTPVFD GAQEAELQGL LSCTLPNRDG DVLVDADGKA MLFDGRSGEP FPYPVTVGYM YIMKLHHLVD DK IHARSTG PYSMITQQPL GGKAQFGGQR FGEMECWAMQ AYGAAYTLQE LLTIKSDDTV GRVKVYEAIV KGENIPEPGI PES FKVLLK ELQSLCLNVE VLSSDGAAIE LREGEDEDLE RAAANLGINL SRNESASVED LA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 147.097094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMLDVNFFD ELRIGLATAE DIRQWSYGEV KKPETINYRT LKPEKDGLFC EKIFGPTRDW ECYCGKYKRV RFKGIICERC GVEVTRAKV RRERMGHIEL AAPVTHIWYF KGVPSRLGYL LDLAPKDLEK IIYFAAYVIT SVDEEMRHNE LSTLEAEMAV E RKAVEDQR ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 11.85114 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.521557 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)

+
分子 #6: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP...

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.589572 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)

+
分子 #7: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.509968 KDa
配列文字列:
GCAUUCAAAG CGGAGAGGUA

+
分子 #8: N-[2-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)phenyl]-Nalpha-(2-f...

分子名称: N-[2-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)phenyl]-Nalpha-(2-fluorobenzoyl)-D-phenylalaninamide
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: A1BNV
分子量理論値: 495.566 Da

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 73 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8e95

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 347600
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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