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万見
- EMDB-48539: CryoEM Structure of the Candida albicans Group I Intron-Compound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48539
タイトルCryoEM Structure of the Candida albicans Group I Intron-Compound 11 Complex under Magnesium Condition
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of group I intron with inhibitor substrate
    • RNA: RNA (332-MER)
  • リガンド: N~4~-(2-aminoethyl)-N~4~-methylpyrimidine-2,4-diamine
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードIntron / Group I / Splicing / RNA
生物種Candida albicans (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Chung K / Xu L / Liu T / Pyle A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Molecular insights into de novo small-molecule recognition by an intron RNA structure.
著者: Tianshuo Liu / Ling Xu / Kevin Chung / Luke J Sisto / Jimin Hwang / Chengxin Zhang / Michael C Van Zandt / Anna Marie Pyle /
要旨: Despite the promise of vastly expanding the druggable genome, rational design of RNA-targeting ligands remains challenging as it requires the rapid identification of hits and visualization of the ...Despite the promise of vastly expanding the druggable genome, rational design of RNA-targeting ligands remains challenging as it requires the rapid identification of hits and visualization of the resulting cocomplexes for guiding optimization. Here, we leveraged high-throughput screening, medicinal chemistry, and structural biology to identify a de novo splicing inhibitor against a large and highly folded fungal group I intron. High-resolution cryoEM structures of the intron in different liganded states not only reveal molecular interactions that rationalize experimental structure-activity relationship but also shed light on a unique strategy whereby RNA-associated metal ions and RNA conformation exhibit exceptional plasticity in response to small-molecule binding. This study reveals general principles that govern RNA-ligand recognition, the interplay between chemical bonding specificity, and dynamic responses within an RNA target.
履歴
登録2025年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å		0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å		0.74 Å/pix.
x 320 pix.
= 237.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-2.66162 - 3.6683002
平均 (標準偏差)-0.00047459645 (±0.048292346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 237.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48539_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_48539_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48539_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48539_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of group I intron with inhibitor substrate

全体名称: Complex of group I intron with inhibitor substrate
要素
  • 複合体: Complex of group I intron with inhibitor substrate
    • RNA: RNA (332-MER)
  • リガンド: N~4~-(2-aminoethyl)-N~4~-methylpyrimidine-2,4-diamine
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of group I intron with inhibitor substrate

超分子名称: Complex of group I intron with inhibitor substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)

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分子 #1: RNA (332-MER)

分子名称: RNA (332-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 106.727062 KDa
配列文字列: CGCUAGGGAU AAACUGUUUG UCCCUUUAUA UAGAGAUAUA UAGAAUAACA AUCGGGUGAA UUGCAAGAAU ACCACCCACC UCCUUUGGA GGUGGGUGAC AAUUUGCAGC GAAGUAUAUA UUAGCUUAAU AAUAAAAUAU UAUUUAGAUA UAUAAACGUU C AACGACUA ...文字列:
CGCUAGGGAU AAACUGUUUG UCCCUUUAUA UAGAGAUAUA UAGAAUAACA AUCGGGUGAA UUGCAAGAAU ACCACCCACC UCCUUUGGA GGUGGGUGAC AAUUUGCAGC GAAGUAUAUA UUAGCUUAAU AAUAAAAUAU UAUUUAGAUA UAUAAACGUU C AACGACUA GAAGGUGAGU AAGCUAACAA UAACCCUUCC ACGAGCGCCC GACAUCUUAA UGAACCAACA AUUACAAUUA AU UAAAGGU CAUUAUGAUG AUGACAUAGU CUGAACUAAA UAGUGAUAUU UAGAUAUAAU AUUUAAAUGA UAUUAUGAUA ACA AAAUUG AACAGG

GENBANK: GENBANK: NC_018046.1

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分子 #2: N~4~-(2-aminoethyl)-N~4~-methylpyrimidine-2,4-diamine

分子名称: N~4~-(2-aminoethyl)-N~4~-methylpyrimidine-2,4-diamine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1BNU
分子量理論値: 167.212 Da

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 26 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM K-HEPES pH 7.5 and 10 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1y0q

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 612762
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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